test/jalview/datamodel/PAEContactMatrixTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.*;
   4
   5 import org.testng.Assert;
   6 import org.testng.annotations.BeforeClass;
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  10 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
  11 import jalview.gui.JvOptionPane;
  12 import jalview.util.MapList;
  13 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
  14 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  15
  16 public class PAEContactMatrixTest
  17 {
  18   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  19   public void setUpJvOptionPane()
  20   {
  21     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  22     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  23   }
  24
  25   static float[][] PAEdata = {
  26       {1.0f,2.0f,3.0f,4.0f,5.0f},
  27       {2.0f,1.0f,2.0f,3.0f,4.0f},
  28       {3.0f,2.0f,1.0f,2.0f,3.0f},
  29       {4.0f,3.0f,2.0f,1.0f,2.0f},
  30       {5.0f,4.0f,3.0f,2.0f,1.0f}};
  31
  32   /**
  33    * test associations for a PAE matrix
  34    */
  35   @Test(groups = { "Functional" })
  36   public void testSeqAssociatedPAEMatrix()
  37   {
  38     Sequence seq = new Sequence("Seq","ASDQE");
  39     AlignmentAnnotation aa = seq.addContactList(new PAEContactMatrix(seq, PAEdata));
  40     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 0));
  41     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 0).getContactAt(0),1.0);
  42     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 1));
  43     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 1).getContactAt(1),1.0);
  44     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 2));
  45     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 2).getContactAt(2),1.0);
  46     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 3));
  47     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 3).getContactAt(3),1.0);
  48     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 4));
  49     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 4).getContactAt(4),1.0);
  50
  51     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()-1));
  52     assertNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()));
  53
  54     ContactListI cm = seq.getContactListFor(aa, seq.getStart());
  55     assertEquals(cm.getContactAt(seq.getStart()),1d);
  56     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0,0,4);
  57
  58
  59     // Now associated with sequence not starting at 1
  60     seq = new Sequence("Seq/5-9","ASDQE");
  61     ContactMatrixI paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
  62     aa = seq.addContactList(paematrix);
  63     assertNotNull(aa);
  64     // individual annotation elements need to be distinct for Matrix associated rows
  65     Annotation ae5=aa.getAnnotationForPosition(5);
  66     Annotation ae6=aa.getAnnotationForPosition(6);
  67     assertNotNull(ae5);
  68     assertNotNull(ae6);
  69     assertTrue(ae5!=ae6);
  70
  71     cm = seq.getContactListFor(aa, 0);
  72     assertEquals(cm.getContactAt(0),1d);
  73     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0, 0, 4);
  74
  75     // test clustering
  76     paematrix.setGroupSet(GroupSet.makeGroups(paematrix, 0.1f, false));
  77
  78     // remap - test the MappableContactMatrix.liftOver method
  79     SequenceI newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
  80     Mapping sqmap = new Mapping(seq, new MapList(new int[] {5,8,10,10},new int[] { 5,9}, 1, 1));
  81     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
  82
  83     MappableContactMatrixI remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
  84     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
  85
  86     AlignmentAnnotation newaa = newseq.addContactList(remapped);
  87     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(1)));
  88     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(4)));
  89     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(5)));
  90     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(6)));
  91     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(7)));
  92     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(8)));
  93     // no mapping for position 9
  94     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(9)));
  95     // last column
  96     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(10)));
  97
  98     // verify MappedPositions includes discontinuity
  99     int[] mappedCl = newseq.getContactListFor(newaa, 5).getMappedPositionsFor(0, 4);
 100     assertEquals(4,mappedCl.length,"getMappedPositionsFor doesn't support discontinuous mappings to contactList");
 101
 102     // make it harder.
 103
 104     SequenceI alseq = newseq.getSubSequence(6, 10);
 105     alseq.insertCharAt(2, 2, '-');
 106     AlignmentI alForSeq=new Alignment(new SequenceI[] { alseq });
 107     newaa = AlignmentUtils.addReferenceAnnotationTo(alForSeq, alseq, newaa, null);
 108     ContactListI alcl = alForSeq.getContactListFor(newaa, 1);
 109     assertNotNull(alcl);
 110     mappedCl = alcl.getMappedPositionsFor(0, 4);
 111     assertNotNull(mappedCl);
 112     assertEquals(4,mappedCl.length,"getMappedPositionsFor doesn't support discontinuous mappings to contactList");
 113
 114     // remap2 - test with original matrix map from 1-5 remapped to 5-9
 115
 116     seq = new Sequence("Seq/1-5","ASDQE");
 117     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 118     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 119     aa = seq.addContactList(paematrix);
 120
 121     newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
 122     sqmap = new Mapping(seq, new MapList(new int[] {5,9},new int[] { 1,5}, 1, 1));
 123
 124     remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 125     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 126
 127
 128     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 129     verify_mapping(newseq, newaa);
 130
 131     // remap3 - remap2 but mapping sense in liftover is reversed
 132
 133     seq = new Sequence("Seq/1-5","ASDQE");
 134     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 135     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 136     aa = seq.addContactList(paematrix);
 137
 138     newseq = new Sequence("Seq","ASDQEASDQEASDQE");
 139     sqmap = new Mapping(newseq, new MapList(new int[] { 1,5},new int[] {5,9},1, 1));
 140
 141     remapped = ((MappableContactMatrixI)paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 142     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 143
 144
 145     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 146     verify_mapping(newseq, newaa);
 147   }
 148   /**
 149    * checks that the PAE matrix is located at positions 1-9 in newseq, and columns are not truncated.
 150    * @param newseq
 151    * @param newaa
 152    */
 153   private void verify_mapping(SequenceI newseq, AlignmentAnnotation newaa)
 154   {
 155   assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(1)));
 156     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(4)));
 157     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(5)));
 158     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(6)));
 159     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(7)));
 160     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(8)));
 161     assertNotNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(9)));
 162     // last column should be null this time
 163     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1+newseq.findIndex(10)));
 164
 165     verifyPAEmatrix(newseq, newaa, 4, 4, 8);
 166   }
 167
 168   private void verifyPAEmatrix(SequenceI seq, AlignmentAnnotation aa, int topl, int rowl, int rowr)
 169   {
 170     int[] mappedCl;
 171     for (int f=rowl;f<=rowr;f++) {
 172       ContactListI clist = seq.getContactListFor(aa, f);
 173       assertNotNull(clist,"No ContactListI for position "+(f));
 174       assertEquals(clist.getContactAt(0), (double) f-topl+1,"for column "+f+" relative to "+topl);
 175       mappedCl = clist.getMappedPositionsFor(0, 0);
 176       assertNotNull(mappedCl);
 177       assertEquals(mappedCl[0],mappedCl[1]);
 178       assertEquals(mappedCl[0],seq.findIndex(seq.getStart()+topl));
 179       assertEquals(clist.getContactAt(f-topl),1d, "for column and row "+f+" relative to "+topl);
 180     }
 181   }
 182
 183 }