test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   8 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes.Datatype;
   9
  10 import java.util.Comparator;
  11 import java.util.HashMap;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  15 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18 import junit.extensions.PA;
  19
  20 public class FeatureAttributesTest
  21 {
  22
  23   /**
  24    * clear down attributes map before tests
  25    */
  26   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  27   public void setUp()
  28   {
  29     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  30     ((Map<?, ?>) PA.getValue(fa, "attributes")).clear();
  31   }
  32
  33   /**
  34    * clear down attributes map after tests
  35    */
  36   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  37   public void tearDown()
  38   {
  39     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  40     ((Map<?, ?>) PA.getValue(fa, "attributes")).clear();
  41   }
  42
  43   /**
  44    * Test the method that keeps attribute names in non-case-sensitive order,
  45    * including handling of 'compound' names
  46    */
  47   @Test(groups = "Functional")
  48   public void testAttributeNameComparator()
  49   {
  50     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  51     Comparator<String[]> comp = (Comparator<String[]>) PA.getValue(fa,
  52             "comparator");
  53
  54     assertEquals(
  55             comp.compare(new String[]
  56             { "CSQ" }, new String[] { "csq" }), 0);
  57
  58     assertTrue(
  59             comp.compare(new String[]
  60             { "CSQ", "a" }, new String[] { "csq" }) > 0);
  61
  62     assertTrue(
  63             comp.compare(new String[]
  64             { "CSQ" }, new String[] { "csq", "b" }) < 0);
  65
  66     assertTrue(
  67             comp.compare(new String[]
  68             { "CSQ", "AF" }, new String[] { "csq", "ac" }) > 0);
  69
  70     assertTrue(
  71             comp.compare(new String[]
  72             { "CSQ", "ac" }, new String[] { "csq", "AF" }) < 0);
  73   }
  74
  75   @Test(groups = "Functional")
  76   public void testGetMinMax()
  77   {
  78     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Pfam", "desc", 10, 20,
  79             "group");
  80     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  81     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  82     sf.setValue("domain", "xyz");
  83     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  84     sf.setValue("kd", "1.3");
  85     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "kd"), new float[] { 1.3f, 1.3f });
  86     sf.setValue("kd", "-2.6");
  87     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "kd"), new float[] { -2.6f, 1.3f });
  88     // setting 'mixed' character and numeric values wipes the min/max value
  89     sf.setValue("kd", "some text");
  90     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  91
  92     Map<String, String> csq = new HashMap<>();
  93     csq.put("AF", "-3");
  94     sf.setValue("CSQ", csq);
  95     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "CSQ", "AF"),
  96             new float[]
  97             { -3f, -3f });
  98     csq.put("AF", "4");
  99     sf.setValue("CSQ", csq);
 100     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "CSQ", "AF"),
 101             new float[]
 102             { -3f, 4f });
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Test the method that returns an attribute description, provided it is
 107    * recorded and unique
 108    */
 109   @Test(groups = "Functional")
 110   public void testGetDescription()
 111   {
 112     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
 113     // with no description returns null
 114     assertNull(fa.getDescription("Pfam", "kd"));
 115     // with a unique description, returns that value
 116     fa.addDescription("Pfam", "desc1", "kd");
 117     assertEquals(fa.getDescription("Pfam", "kd"), "desc1");
 118     // with ambiguous description, returns null
 119     fa.addDescription("Pfam", "desc2", "kd");
 120     assertNull(fa.getDescription("Pfam", "kd"));
 121   }
 122
 123   @Test(groups = "Functional")
 124   public void testDatatype()
 125   {
 126     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
 127     assertNull(fa.getDatatype("Pfam", "kd"));
 128     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Pfam", "desc", 10, 20,
 129             "group");
 130     sf.setValue("kd", "-1");
 131     sf.setValue("domain", "Metal");
 132     sf.setValue("phase", "1");
 133     sf.setValue("phase", "reverse");
 134     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "kd"), Datatype.Number);
 135     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "domain"), Datatype.Character);
 136     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "phase"), Datatype.Mixed);
 137   }
 138 }