test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4
   5 import java.util.Arrays;
   6 import java.util.Vector;
   7
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class EmblEntryTest
  11 {
  12   @Test(groups = "Functional")
  13   public void testGetCdsRanges()
  14   {
  15     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  16
  17     /*
  18      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
  19      */
  20     EmblFeature cds = new EmblFeature();
  21     cds.setLocation("join(10..20,complement(30..40),50..60,70..80,complement(join(90..100,110..120)))");
  22
  23     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
  24     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110, 100, 90]",
  25             Arrays.toString(exons));
  26   }
  27 }