test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 import java.util.ArrayList;
   9 import java.util.Arrays;
  10 import java.util.List;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class EmblEntryTest
  15 {
  16   @Test(groups = "Functional")
  17   public void testGetCdsRanges()
  18   {
  19     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  20
  21     /*
  22      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
  23      */
  24     EmblFeature cds = new EmblFeature();
  25     cds.setLocation("join(10..20,complement(30..40),50..60,70..80,complement(110..120))");
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  27     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
  28     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110]",
  29             Arrays.toString(exons));
  30   }
  31
  32   @Test(groups = "Functional")
  33   public void testParseCodingFeature()
  34   {
  35     // not the whole sequence but enough for this test...
  36     SequenceI dna = new Sequence("J03321", "GGATCCGTAAGTTAGACGAAATT");
  37     List<SequenceI> peptides = new ArrayList<SequenceI>();
  38     EmblFile ef = EmblTestHelper.getEmblFile();
  39     EmblFeature feature = null;
  40     for (EmblFeature feat : ef.getEntries().get(0).getFeatures())
  41     {
  42       if ("CDS".equals(feat.getName()))
  43       {
  44         feature = feat;
  45         break;
  46       }
  47     }
  48
  49     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  50     testee.parseCodingFeature(feature, "EMBL", dna, peptides);
  51   }
  52 }