test/jalview/ext/jmol/JmolCommandsTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.gui.AlignFrame;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  34 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  35 import jalview.structure.StructureMapping;
  36 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38
  39 import java.util.HashMap;
  40
  41 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  42 import org.testng.annotations.Test;
  43
  44 public class JmolCommandsTest
  45 {
  46
  47   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  48   public void setUpJvOptionPane()
  49   {
  50     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  51     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  52   }
  53
  54   @Test(groups = { "Functional" })
  55   public void testGetColourBySequenceCommand_noFeatures()
  56   {
  57     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "MHRSQTRALK");
  58     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "MRLEITQSGD");
  59     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  60     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 800, 500);
  61     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(af.getViewport());
  62     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[][] { { seq1 }, { seq2 } };
  63     String[] files = new String[] { "seq1.pdb", "seq2.pdb" };
  64     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  65             .getStructureSelectionManager(null);
  66
  67     // need some mappings!
  68
  69     StructureMappingcommandSet[] commands = JmolCommands
  70             .getColourBySequenceCommand(ssm, files, seqs, sr, af.alignPanel);
  71   }
  72
  73   @Test(groups = { "Functional" })
  74   public void testGetColourBySequenceCommands_hiddenColumns()
  75   {
  76     /*
  77      * load these sequences, coloured by Strand propensity,
  78      * with columns 2-4 hidden
  79      */
  80     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "MHRSQSSSGG");
  81     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "MVRSNGGSSS");
  82     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  83     AlignFrame af = new AlignFrame(al, 800, 500);
  84     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand.toString());
  85     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  86     cs.addElement(2);
  87     cs.addElement(3);
  88     cs.addElement(4);
  89     af.getViewport().setColumnSelection(cs);
  90     af.hideSelColumns_actionPerformed(null);
  91     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(af.getViewport());
  92     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[][] { { seq1 }, { seq2 } };
  93     String[] files = new String[] { "seq1.pdb", "seq2.pdb" };
  94     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  95             .getStructureSelectionManager(null);
  96
  97     /*
  98      * map residues 1-10 to residues 21-30 (atoms 105-150) in structures
  99      */
 100     HashMap<Integer, int[]> map = new HashMap<>();
 101     for (int pos = 1; pos <= seq1.getLength(); pos++)
 102     {
 103       map.put(pos, new int[] { 20 + pos, 5 * (20 + pos) });
 104     }
 105     StructureMapping sm1 = new StructureMapping(seq1, "seq1.pdb", "pdb1",
 106             "A", map, null);
 107     ssm.addStructureMapping(sm1);
 108     StructureMapping sm2 = new StructureMapping(seq2, "seq2.pdb", "pdb2",
 109             "B", map, null);
 110     ssm.addStructureMapping(sm2);
 111
 112     StructureMappingcommandSet[] commands = JmolCommands
 113             .getColourBySequenceCommand(ssm, files, seqs, sr, af.alignPanel);
 114     assertEquals(commands.length, 2);
 115     assertEquals(commands[0].commands.length, 1);
 116
 117     String chainACommand = commands[0].commands[0];
 118     // M colour is #82827d == (130, 130, 125) (see strand.html help page)
 119     assertTrue(chainACommand
 120             .contains("select 21:A/1.1;color[130,130,125]")); // first one
 121     // H colour is #60609f == (96, 96, 159)
 122     assertTrue(chainACommand.contains(";select 22:A/1.1;color[96,96,159]"));
 123     // hidden columns are Gray (128, 128, 128)
 124     assertTrue(chainACommand
 125             .contains(";select 23-25:A/1.1;color[128,128,128]"));
 126     // S and G are both coloured #4949b6 == (73, 73, 182)
 127     assertTrue(chainACommand
 128             .contains(";select 26-30:A/1.1;color[73,73,182]"));
 129
 130     String chainBCommand = commands[1].commands[0];
 131     // M colour is #82827d == (130, 130, 125)
 132     assertTrue(chainBCommand
 133             .contains("select 21:B/2.1;color[130,130,125]"));
 134     // V colour is #ffff00 == (255, 255, 0)
 135     assertTrue(chainBCommand
 136 .contains(";select 22:B/2.1;color[255,255,0]"));
 137     // hidden columns are Gray (128, 128, 128)
 138     assertTrue(chainBCommand
 139             .contains(";select 23-25:B/2.1;color[128,128,128]"));
 140     // S and G are both coloured #4949b6 == (73, 73, 182)
 141     assertTrue(chainBCommand
 142             .contains(";select 26-30:B/2.1;color[73,73,182]"));
 143   }
 144 }