test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35 import jalview.io.FileLoader;
  36 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  37 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  38 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  39 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  40 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42
  43 import java.util.List;
  44
  45 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  46 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  47 import org.testng.annotations.Test;
  48
  49 public class AlignFrameTest
  50 {
  51   AlignFrame af;
  52
  53   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  54   public void setUpJvOptionPane()
  55   {
  56     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  57     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  58   }
  59
  60   @Test(groups = "Functional")
  61   public void testHideFeatureColumns()
  62   {
  63     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  64     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  65     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5,
  66             Float.NaN, null));
  67     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10,
  68             Float.NaN, null));
  69     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  70             Float.NaN, null));
  71     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  72             Float.NaN, null));
  73     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  74     AlignFrame af = new AlignFrame(al, al.getWidth(), al.getHeight());
  75
  76     /*
  77      * hiding a feature not present does nothing
  78      */
  79     assertFalse(af.hideFeatureColumns("exon", true));
  80     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  81     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns()
  82             .isEmpty());
  83     assertFalse(af.hideFeatureColumns("exon", false));
  84     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  85     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns()
  86             .isEmpty());
  87
  88     /*
  89      * hiding a feature in all columns does nothing
  90      */
  91     assertFalse(af.hideFeatureColumns("Metal", true));
  92     assertTrue(af.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  93     List<int[]> hidden = af.getViewport().getColumnSelection()
  94             .getHiddenColumns();
  95     assertTrue(hidden.isEmpty());
  96
  97     /*
  98      * hide a feature present in some columns
  99      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 100      * [1-3], [6-8] base zero
 101      */
 102     assertTrue(af.hideFeatureColumns("Turn", true));
 103     hidden = af.getViewport().getColumnSelection().getHiddenColumns();
 104     assertEquals(2, hidden.size());
 105     assertEquals(1, hidden.get(0)[0]);
 106     assertEquals(3, hidden.get(0)[1]);
 107     assertEquals(6, hidden.get(1)[0]);
 108     assertEquals(8, hidden.get(1)[1]);
 109   }
 110
 111   @BeforeMethod
 112   public void setUp()
 113   {
 114     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 115             DataSourceType.FILE);
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 120    * <ul>
 121    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 122    * colours</li>
 123    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 124    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 125    * Conservation)</li>
 126    * </ul>
 127    */
 128   @Test
 129   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 130   {
 131     AlignViewport av = af.getViewport();
 132     AlignmentI al = av.getAlignment();
 133
 134     /*
 135      * Colour alignment by Buried Index
 136      */
 137     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 138     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 139     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 140     assertFalse(av.getViewportColourScheme().conservationApplied());
 141     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getThreshold(), 0);
 142
 143     /*
 144      * Apply Conservation 20%
 145      */
 146     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 147     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 148     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 149             "label.conservation_colour_increment",
 150             new String[] { "Background" }));
 151     assertTrue(sp.isForConservation());
 152     sp.valueChanged(20);
 153     assertTrue(av.getViewportColourScheme().conservationApplied());
 154     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getConservationInc(), 20);
 155
 156     /*
 157      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 158      */
 159     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 160     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 161     assertFalse(sp.isForConservation());
 162     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 163             "label.percentage_identity_threshold",
 164             new String[] { "Background" }));
 165     sp.valueChanged(10);
 166     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getThreshold(), 10);
 167     assertTrue(av.getViewportColourScheme().conservationApplied());
 168     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getConservationInc(), 20);
 169
 170     /*
 171      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 172      * and 40% PID threshold
 173      */
 174     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 175     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 176     sg.setStartRes(15);
 177     sg.setEndRes(25);
 178     av.setSelectionGroup(sg);
 179
 180     /*
 181      * apply 30% Conservation to group
 182      */
 183     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 184     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 185             .toString());
 186     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 187     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 188     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 189     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 190     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 191     assertTrue(sp.isForConservation());
 192     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 193             "label.conservation_colour_increment",
 194             new String[] { sg.getName() }));
 195     sp.valueChanged(30);
 196     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 197     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 198
 199     /*
 200      * apply 40% PID threshold to group
 201      */
 202     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 203     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 204     assertFalse(sp.isForConservation());
 205     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 206             "label.percentage_identity_threshold",
 207             new String[] { sg.getName() }));
 208     sp.valueChanged(40);
 209     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 210     // conservation threshold is unchanged:
 211     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 212     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 213
 214     /*
 215      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 216      * should be unaffected
 217      */
 218     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 219     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 220     assertTrue(av.getViewportColourScheme().conservationApplied());
 221     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getConservationInc(), 20);
 222     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getThreshold(), 10);
 223     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 224     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 225     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 226     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 227
 228     /*
 229      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 230      * - group colour should change, but not colour thresholds
 231      */
 232     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 233     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 234     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 235     assertTrue(av.getViewportColourScheme().conservationApplied());
 236     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getConservationInc(), 20);
 237     assertEquals(av.getViewportColourScheme().getThreshold(), 10);
 238     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 239     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 240     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 241     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 242   }
 243 }