test/jalview/gui/AnnotationColumnChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.FileFormat;
  34 import jalview.io.FormatAdapter;
  35
  36 import java.io.IOException;
  37 import java.util.List;
  38
  39 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  40 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 /**
  44  * Unit tests for AnnotationChooser
  45  *
  46  * @author kmourao
  47  *
  48  */
  49 public class AnnotationColumnChooserTest
  50 {
  51   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  52   public void setUpJvOptionPane()
  53   {
  54     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  55     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  56   }
  57
  58   // 4 sequences x 13 positions
  59   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  60           + "TIETHKEAELVG-\n"
  61           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  62           + "TIETHKEAELVG-\n"
  63           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  64           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  65           + "TIETHKEEELTA-\n";
  66
  67   AnnotationChooser testee;
  68
  69   AlignmentPanel parentPanel;
  70
  71   AlignFrame af;
  72
  73   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  74   public void setUp() throws IOException
  75   {
  76     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  77     // pin down annotation sort order for test
  78     Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
  79             SequenceAnnotationOrder.NONE.name());
  80     final String TRUE = Boolean.TRUE.toString();
  81     Cache.applicationProperties.setProperty(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
  82             TRUE);
  83     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_QUALITY", TRUE);
  84     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_CONSERVATION", TRUE);
  85     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY", TRUE);
  86
  87     AlignmentI al = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
  88             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
  89     af = new AlignFrame(al, 700, 500);
  90     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
  91     addAnnotations();
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Add 4 annotations, 3 of them sequence-specific.
  96    *
  97    * <PRE>
  98    * ann1 - for sequence 0 - label 'IUPRED' ann2 - not sequence related - label
  99    * 'Beauty' ann3 - for sequence 3 - label 'JMol' ann4 - for sequence 2 - label
 100    * 'IUPRED' ann5 - for sequence 1 - label 'JMol'
 101    */
 102   private void addAnnotations()
 103   {
 104     Annotation an = new Annotation(2f);
 105     Annotation[] anns = new Annotation[] { an, an, an };
 106     AlignmentAnnotation ann0 = new AlignmentAnnotation("IUPRED", "", anns);
 107     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("Beauty", "", anns);
 108     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("JMol", "", anns);
 109     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("IUPRED", "", anns);
 110     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("JMol", "", anns);
 111     SequenceI[] seqs = parentPanel.getAlignment().getSequencesArray();
 112     ann0.setSequenceRef(seqs[0]);
 113     ann2.setSequenceRef(seqs[3]);
 114     ann3.setSequenceRef(seqs[2]);
 115     ann4.setSequenceRef(seqs[1]);
 116     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann0);
 117     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann1);
 118     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann2);
 119     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann3);
 120     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(ann4);
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Test reset
 125    */
 126   @Test(groups = { "Functional" })
 127   public void testReset()
 128   {
 129     AnnotationColumnChooser acc = new AnnotationColumnChooser(
 130             af.getViewport(), af.alignPanel);
 131
 132     HiddenColumns oldhidden = new HiddenColumns();
 133     oldhidden.hideColumns(10, 20);
 134     acc.setOldHiddenColumns(oldhidden);
 135
 136     HiddenColumns newHidden = new HiddenColumns();
 137     newHidden.hideColumns(0, 3);
 138     newHidden.hideColumns(22, 25);
 139     af.getViewport().setHiddenColumns(newHidden);
 140
 141     HiddenColumns currentHidden = af.getViewport().getAlignment()
 142             .getHiddenColumns();
 143     List<int[]> regions = currentHidden.getHiddenColumnsCopy();
 144     assertEquals(regions.get(0)[0], 0);
 145     assertEquals(regions.get(0)[1], 3);
 146     assertEquals(regions.get(1)[0], 22);
 147     assertEquals(regions.get(1)[1], 25);
 148
 149     // now reset hidden columns
 150     acc.reset();
 151     currentHidden = af.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 152     regions = currentHidden.getHiddenColumnsCopy();
 153     assertEquals(regions.get(0)[0], 10);
 154     assertEquals(regions.get(0)[1], 20);
 155   }
 156 }