test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import java.util.Vector;
   6
   7 import jalview.bin.Cache;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   9 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  10 import jalview.datamodel.SequenceI;
  11 import jalview.io.DataSourceType;
  12 import jalview.io.FileLoader;
  13
  14 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 /**
  18  * Tests for methods of base class of annotation column or colour chooser
  19  */
  20 public class AnnotationRowFilterTest
  21 {
  22   AlignFrame af;
  23
  24   private AnnotationRowFilter testee;
  25
  26   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  27   public void setUp()
  28   {
  29     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  30     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS",
  31             Boolean.TRUE.toString());
  32     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  33             DataSourceType.FILE);
  34     testee = new AnnotationRowFilter(af.viewport, af.alignPanel)
  35     {
  36       @Override
  37       public void valueChanged(boolean updateAllAnnotation)
  38       {
  39       }
  40
  41       @Override
  42       public void updateView()
  43       {
  44       }
  45
  46       @Override
  47       public void reset()
  48       {
  49       }
  50     };
  51   }
  52
  53   /**
  54    * Test the method that builds the drop-down list of annotations to choose
  55    * from for colour by annotation or select columns by annotation
  56    */
  57   @Test(groups = "Functional")
  58   public void testGetAnnotationItems()
  59   {
  60     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
  61     SequenceI seq1 = al.findSequenceMatch("FER_CAPAA")[0];
  62     SequenceI seq2 = al.findSequenceMatch("FER_BRANA")[0];
  63
  64     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("ann1Label", "ann1",
  65             null);
  66     al.addAnnotation(ann1);
  67     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Significance",
  68             "ann2", null);
  69     al.addAnnotation(ann2);
  70     /*
  71      * a second Significance alignment annotation
  72      */
  73     AlignmentAnnotation ann2a = new AlignmentAnnotation("Significance",
  74             "ann2", null);
  75     al.addAnnotation(ann2a);
  76
  77     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("Jronn", "Jronn",
  78             null);
  79     ann3.setSequenceRef(seq1);
  80     al.addAnnotation(ann3);
  81     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("Jronn", "Jronn",
  82             null);
  83     ann4.setSequenceRef(seq2);
  84     al.addAnnotation(ann4);
  85     AlignmentAnnotation ann5 = new AlignmentAnnotation("Jnet", "Jnet", null);
  86     ann5.setSequenceRef(seq2);
  87     al.addAnnotation(ann5);
  88     /*
  89      * a second Jnet annotation for FER_BRANA
  90      */
  91     AlignmentAnnotation ann6 = new AlignmentAnnotation("Jnet", "Jnet", null);
  92     ann6.setSequenceRef(seq2);
  93     al.addAnnotation(ann6);
  94
  95     /*
  96      * drop-down items with 'Per-sequence only' not checked
  97      */
  98     Vector<String> items = testee.getAnnotationItems(false);
  99     assertEquals(
 100             items.toString(),
 101             "[Conservation, Quality, Consensus, ann1Label, Significance, Significance_1, Jronn_FER_CAPAA, Jronn_FER_BRANA, Jnet_FER_BRANA, Jnet_FER_BRANA_2]");
 102     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann1), "ann1Label");
 103     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann2), "Significance");
 104     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann2a), "Significance_1");
 105     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann3), "Jronn_FER_CAPAA");
 106     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann4), "Jronn_FER_BRANA");
 107     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann5), "Jnet_FER_BRANA");
 108     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann6), "Jnet_FER_BRANA_2");
 109
 110     /*
 111      * drop-down items with 'Per-sequence only' checked
 112      */
 113     items = testee.getAnnotationItems(true);
 114     assertEquals(items.toString(), "[Jronn, Jnet]");
 115     // the first annotation of the type is associated with the menu item
 116     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann3), "Jronn");
 117     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann5), "Jnet");
 118   }
 119 }