test/jalview/gui/AnnotationRowFilterTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileLoader;
  31
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 /**
  38  * Tests for methods of base class of annotation column or colour chooser
  39  */
  40 public class AnnotationRowFilterTest
  41 {
  42   AlignFrame af;
  43
  44   private AnnotationRowFilter testee;
  45
  46   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  47   public void setUp()
  48   {
  49     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  50     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS",
  51             Boolean.TRUE.toString());
  52     Cache.setPropertyNoSave(
  53             Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, Boolean.TRUE.toString());
  54     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
  55             DataSourceType.FILE);
  56     testee = new AnnotationRowFilter(af.viewport, af.alignPanel)
  57     {
  58       @Override
  59       public void valueChanged(boolean updateAllAnnotation)
  60       {
  61       }
  62
  63       @Override
  64       public void updateView()
  65       {
  66       }
  67
  68       @Override
  69       public void reset()
  70       {
  71       }
  72     };
  73   }
  74
  75   /**
  76    * Test the method that builds the drop-down list of annotations to choose
  77    * from for colour by annotation or select columns by annotation
  78    */
  79   @Test(groups = "Functional")
  80   public void testGetAnnotationItems()
  81   {
  82     AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
  83     SequenceI seq1 = al.findSequenceMatch("FER_CAPAA")[0];
  84     SequenceI seq2 = al.findSequenceMatch("FER_BRANA")[0];
  85
  86     AlignmentAnnotation ann1 = new AlignmentAnnotation("ann1Label", "ann1",
  87             null);
  88     al.addAnnotation(ann1);
  89     AlignmentAnnotation ann2 = new AlignmentAnnotation("Significance",
  90             "ann2", null);
  91     al.addAnnotation(ann2);
  92     /*
  93      * a second Significance alignment annotation
  94      */
  95     AlignmentAnnotation ann2a = new AlignmentAnnotation("Significance",
  96             "ann2", null);
  97     al.addAnnotation(ann2a);
  98
  99     AlignmentAnnotation ann3 = new AlignmentAnnotation("Jronn", "Jronn",
 100             null);
 101     ann3.setSequenceRef(seq1);
 102     al.addAnnotation(ann3);
 103     AlignmentAnnotation ann4 = new AlignmentAnnotation("Jronn", "Jronn",
 104             null);
 105     ann4.setSequenceRef(seq2);
 106     al.addAnnotation(ann4);
 107     AlignmentAnnotation ann5 = new AlignmentAnnotation("Jnet", "Jnet", null);
 108     ann5.setSequenceRef(seq2);
 109     al.addAnnotation(ann5);
 110     /*
 111      * a second Jnet annotation for FER_BRANA
 112      */
 113     AlignmentAnnotation ann6 = new AlignmentAnnotation("Jnet", "Jnet", null);
 114     ann6.setSequenceRef(seq2);
 115     al.addAnnotation(ann6);
 116
 117     /*
 118      * drop-down items with 'Per-sequence only' not checked
 119      */
 120     Vector<String> items = testee.getAnnotationItems(false);
 121     assertEquals(
 122             items.toString(),
 123             "[Conservation, Quality, Consensus, Occupancy, ann1Label, Significance, Significance_1, Jronn_FER_CAPAA, Jronn_FER_BRANA, Jnet_FER_BRANA, Jnet_FER_BRANA_2]");
 124     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann1), "ann1Label");
 125     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann2), "Significance");
 126     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann2a), "Significance_1");
 127     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann3), "Jronn_FER_CAPAA");
 128     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann4), "Jronn_FER_BRANA");
 129     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann5), "Jnet_FER_BRANA");
 130     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann6), "Jnet_FER_BRANA_2");
 131
 132     /*
 133      * drop-down items with 'Per-sequence only' checked
 134      */
 135     items = testee.getAnnotationItems(true);
 136     assertEquals(items.toString(), "[Jronn, Jnet]");
 137     // the first annotation of the type is associated with the menu item
 138     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann3), "Jronn");
 139     assertEquals(testee.getAnnotationMenuLabel(ann5), "Jnet");
 140   }
 141 }