test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertSame;
  25
  26 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  27 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class CalculationChooserTest
  36 {
  37   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  38   public void setUp()
  39   {
  40     // read-only Jalview properties
  41     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  42     Cache.applicationProperties.setProperty("BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE",
  43             Boolean.FALSE.toString());
  44   }
  45
  46   @Test(groups = "Functional")
  47   public void testGetApplicableScoreModels()
  48   {
  49     ScoreModels models = ScoreModels.getInstance();
  50     ScoreModelI blosum62 = models.getBlosum62();
  51     ScoreModelI pam250 = models.getPam250();
  52     ScoreModelI dna = models.getDefaultModel(false);
  53
  54     /*
  55      * peptide models for PCA
  56      */
  57     List<ScoreModelI> filtered = CalculationChooser
  58             .getApplicableScoreModels(false, true);
  59     assertEquals(filtered.size(), 5);
  60     assertSame(filtered.get(0), blosum62);
  61     assertSame(filtered.get(1), pam250);
  62     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Mat3di");
  63     assertEquals(filtered.get(4).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  64
  65     /*
  66      * peptide models for Tree are the same
  67      */
  68     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(false, false);
  69     assertEquals(filtered.size(), 5);
  70     assertSame(filtered.get(0), blosum62);
  71     assertSame(filtered.get(1), pam250);
  72     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Mat3di");
  73     assertEquals(filtered.get(3).getName(), "PID");
  74     assertEquals(filtered.get(4).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  75
  76     /*
  77      * nucleotide models for PCA
  78      */
  79     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, true);
  80     assertEquals(filtered.size(), 3);
  81     assertSame(filtered.get(0), dna);
  82     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  83     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  84
  85     /*
  86      * nucleotide models for Tree are the same
  87      */
  88     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, false);
  89     assertEquals(filtered.size(), 3);
  90     assertSame(filtered.get(0), dna);
  91     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
  92     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
  93
  94     /*
  95      * enable inclusion of BLOSUM62 for nucleotide PCA (JAL-2962)
  96      */
  97     Cache.applicationProperties.setProperty("BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE",
  98             Boolean.TRUE.toString());
  99
 100     /*
 101      * nucleotide models for Tree are unchanged
 102      */
 103     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, false);
 104     assertEquals(filtered.size(), 3);
 105     assertSame(filtered.get(0), dna);
 106     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
 107     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
 108
 109     /*
 110      * nucleotide models for PCA add BLOSUM62 as last option
 111      */
 112     filtered = CalculationChooser.getApplicableScoreModels(true, true);
 113     assertEquals(filtered.size(), 4);
 114     assertSame(filtered.get(0), dna);
 115     assertEquals(filtered.get(1).getName(), "PID");
 116     assertEquals(filtered.get(2).getName(), "Sequence Feature Similarity");
 117     assertSame(filtered.get(3), blosum62);
 118   }
 119 }