test/jalview/gui/DesktopTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.util.Iterator;
  32
  33 import javax.swing.SwingUtilities;
  34
  35 import org.junit.Assert;
  36 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 import jalview.api.FeatureColourI;
  42 import jalview.bin.Cache;
  43 import jalview.bin.Jalview;
  44 import jalview.datamodel.Alignment;
  45 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  46 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  47 import jalview.datamodel.Sequence;
  48 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  49 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.io.DataSourceType;
  52 import jalview.io.FileLoader;
  53 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  54 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  55 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  56 import jalview.schemes.FeatureColour;
  57 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  58 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  59 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  60 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  61 import jalview.util.MessageManager;
  62
  63 public class DesktopTests
  64 {
  65
  66   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  67   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  68   {
  69     setUpJvOptionPane();
  70     /*
  71      * use read-only test properties file
  72      */
  73     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  74     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
  75   }
  76
  77   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  78   public void tearDown()
  79   {
  80     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  81   }
  82
  83   /**
  84    *
  85    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
  86    * for colour Above PID testing
  87    */
  88   public AlignFrame loadTestFile()
  89   {
  90     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  91     Cache.applicationProperties.setProperty("SHOW_IDENTITY",
  92             Boolean.TRUE.toString());
  93     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  94             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  95
  96     /*
  97      * wait for Consensus thread to complete
  98      */
  99     do
 100     {
 101       try
 102       {
 103         Thread.sleep(50);
 104       } catch (InterruptedException x)
 105       {
 106       }
 107     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 108     return af;
 109   }
 110
 111   public static void setUpJvOptionPane()
 112   {
 113     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 114     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 115   }
 116
 117   @Test(groups = { "Functional" })
 118   public void testInternalCopyPaste()
 119   {
 120     AlignFrame internalSource = loadTestFile();
 121
 122     try
 123     {
 124       SwingUtilities.invokeAndWait(new Runnable()
 125       {
 126         @Override
 127         public void run()
 128         {
 129           internalSource.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 130           internalSource.copy_actionPerformed();
 131           Desktop.instance.paste();
 132         }
 133       });
 134     } catch (Exception x)
 135     {
 136       Assert.fail("Unexpected exception " + x);
 137     }
 138     AlignFrame[] alfs = Desktop.getAlignFrames();
 139     Assert.assertEquals("Expect just 2 alignment frames", 2, alfs.length);
 140     // internal paste should yield a new alignment window with shared dataset
 141     AlignmentI dataset = internalSource.getViewport().getAlignment()
 142             .getDataset();
 143     Assert.assertNotNull(dataset);
 144
 145     for (AlignFrame alf : alfs)
 146     {
 147       Assert.assertTrue(
 148               "Internal paste should yield alignment with same dataset.",
 149               dataset == alf.getViewport().getAlignment().getDataset());
 150     }
 151
 152   }
 153 }