test/jalview/gui/PairwiseAlignmentPanelTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.api.AlignViewportI;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.FileLoader;
  10 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  11
  12 import javax.swing.JTextArea;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 import junit.extensions.PA;
  17
  18 public class PairwiseAlignmentPanelTest
  19 {
  20   @Test(groups = "Functional")
  21   public void testConstructor_withSelectionGroup()
  22   {
  23     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  24             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  25     AlignViewportI viewport = af.getViewport();
  26     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
  27
  28     /*
  29      * select columns 29-36 of sequences 4 and 5 for alignment
  30      * Q93XJ9_SOLTU/23-29 L-KAISNV
  31      * FER1_PEA/26-32     V-TTTKAF
  32      */
  33     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  34     sg.addSequence(al.getSequenceAt(3), false);
  35     sg.addSequence(al.getSequenceAt(4), false);
  36     sg.setStartRes(28);
  37     sg.setEndRes(35);
  38     viewport.setSelectionGroup(sg);
  39
  40     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  41
  42     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText();
  43     String expected = "Score = 80.0\n" + "Length of alignment = 4\n"
  44             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)\n"
  45             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)\n\n"
  46             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF\n" + "                    ||.\n"
  47             + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI\n\n" + "Percentage ID = 50.00\n\n";
  48     assertEquals(text, expected);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * This test aligns the same sequences as testConstructor_withSelectionGroup
  53    * but as a complete alignment (no selection). Note that in fact the user is
  54    * currently required to make a selection in order to calculate pairwise
  55    * alignments, so this case does not arise.
  56    */
  57   @Test(groups = "Functional")
  58   public void testConstructor_noSelectionGroup()
  59   {
  60     String seqs = ">Q93XJ9_SOLTU/23-29\nL-KAISNV\n>FER1_PEA/26-32\nV-TTTKAF\n";
  61     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqs,
  62             DataSourceType.PASTE);
  63     AlignViewportI viewport = af.getViewport();
  64
  65     PairwiseAlignPanel testee = new PairwiseAlignPanel(viewport);
  66
  67     String text = ((JTextArea) PA.getValue(testee, "textarea")).getText();
  68     String expected = "Score = 80.0\n" + "Length of alignment = 4\n"
  69             + "Sequence     FER1_PEA/29-32 (Sequence length = 7)\n"
  70             + "Sequence Q93XJ9_SOLTU/23-26 (Sequence length = 7)\n\n"
  71             + "    FER1_PEA/29-32 TKAF\n" + "                    ||.\n"
  72             + "Q93XJ9_SOLTU/23-26 LKAI\n\n" + "Percentage ID = 50.00\n\n";
  73     assertEquals(text, expected);
  74   }
  75 }