test/jalview/gui/PopupMenuTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  24 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.bin.Cache;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.Annotation;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  36 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.io.DataSourceType;
  42 import jalview.io.FileFormat;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  45 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.UrlConstants;
  48
  49 import java.awt.Component;
  50 import java.io.IOException;
  51 import java.util.ArrayList;
  52 import java.util.Collections;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55
  56 import javax.swing.JMenu;
  57 import javax.swing.JMenuItem;
  58 import javax.swing.JPopupMenu;
  59 import javax.swing.JSeparator;
  60
  61 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  62 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  63 import org.testng.annotations.Test;
  64
  65 public class PopupMenuTest
  66 {
  67
  68   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  69   public void setUpJvOptionPane()
  70   {
  71     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  72     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  73   }
  74
  75   // 4 sequences x 13 positions
  76   final static String TEST_DATA = ">FER_CAPAA Ferredoxin\n"
  77           + "TIETHKEAELVG-\n"
  78           + ">FER_CAPAN Ferredoxin, chloroplast precursor\n"
  79           + "TIETHKEAELVG-\n"
  80           + ">FER1_SOLLC Ferredoxin-1, chloroplast precursor\n"
  81           + "TIETHKEEELTA-\n" + ">Q93XJ9_SOLTU Ferredoxin I precursor\n"
  82           + "TIETHKEEELTA-\n";
  83
  84   AlignmentI alignment;
  85
  86   AlignmentPanel parentPanel;
  87
  88   PopupMenu testee = null;
  89
  90   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  91   public void setUp() throws IOException
  92   {
  93     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  94     String inMenuString = ("EMBL-EBI Search | http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$"
  95             + SEQUENCE_ID
  96             + "$"
  97             + "|"
  98             + "UNIPROT | http://www.uniprot.org/uniprot/$" + DB_ACCESSION + "$")
  99             + "|"
 100             + ("INTERPRO | http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/$"
 101                     + DB_ACCESSION + "$")
 102             + "|"
 103             +
 104             // Gene3D entry tests for case (in)sensitivity
 105             ("Gene3D | http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk/Gene3D/search?sterm=$"
 106                     + DB_ACCESSION + "$&mode=protein");
 107
 108     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(
 109             UrlConstants.DEFAULT_LABEL, inMenuString, "");
 110     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 111
 112     alignment = new FormatAdapter().readFile(TEST_DATA,
 113             DataSourceType.PASTE, FileFormat.Fasta);
 114     AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, 700, 500);
 115     parentPanel = new AlignmentPanel(af, af.getViewport());
 116     testee = new PopupMenu(parentPanel, null, null);
 117     int i = 0;
 118     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 119     {
 120       final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 121               "label" + i, "desc" + i, i);
 122       annotation.setCalcId("calcId" + i);
 123       seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 124       annotation.setSequenceRef(seq);
 125     }
 126   }
 127
 128   @Test(groups = { "Functional" })
 129   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noSequenceSelected()
 130   {
 131     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 132     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 133     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 134     assertFalse(menu.isEnabled());
 135     // now try null list
 136     menu.setEnabled(true);
 137     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, null);
 138     assertFalse(menu.isEnabled());
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 143    * are no reference annotations to add to the alignment. The menu item should
 144    * be disabled.
 145    */
 146   @Test(groups = { "Functional" })
 147   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_noReferenceAnnotations()
 148   {
 149     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 150
 151     /*
 152      * Initial state is that sequences have annotations, and have dataset
 153      * sequences, but the dataset sequences have no annotations. Hence nothing
 154      * to add.
 155      */
 156     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 157
 158     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 159     assertFalse(menu.isEnabled());
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where all
 164    * reference annotations are already on the alignment. The menu item should be
 165    * disabled.
 166    */
 167   @Test(groups = { "Functional" })
 168   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_alreadyAdded()
 169   {
 170     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 171     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 172
 173     // make up new annotations and add to dataset sequences, sequences and
 174     // alignment
 175     attachReferenceAnnotations(seqs, true, true);
 176
 177     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 178     assertFalse(menu.isEnabled());
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 183    * several reference annotations are on the dataset but not on the sequences.
 184    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 185    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 186    */
 187   @Test(groups = { "Functional" })
 188   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu()
 189   {
 190     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 191     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 192
 193     // make up new annotations and add to dataset sequences
 194     attachReferenceAnnotations(seqs, false, false);
 195
 196     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 197     assertTrue(menu.isEnabled());
 198     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 199     String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify; word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 200             + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 201     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where
 206    * several reference annotations are on the dataset and the sequences but not
 207    * on the alignment. The menu item should be enabled, and acquire a tooltip
 208    * which lists the annotation sources (calcIds) and type (labels).
 209    */
 210   @Test(groups = { "Functional" })
 211   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_notOnAlignment()
 212   {
 213     JMenuItem menu = new JMenuItem();
 214     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 215
 216     // make up new annotations and add to dataset sequences and sequences
 217     attachReferenceAnnotations(seqs, true, false);
 218
 219     testee.configureReferenceAnnotationsMenu(menu, seqs);
 220     assertTrue(menu.isEnabled());
 221     String s = MessageManager.getString("label.add_annotations_for");
 222     String expected = "<html><style> p.ttip {width: 350; text-align: justify; word-wrap: break-word;}</style><p class=\"ttip\">"
 223             + s + "<br/>Jmol/secondary structure<br/>PDB/Temp</p></html>";
 224     assertEquals(expected, menu.getToolTipText());
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Generate annotations and add to dataset sequences and (optionally)
 229    * sequences and/or alignment
 230    *
 231    * @param seqs
 232    * @param addToSequence
 233    * @param addToAlignment
 234    */
 235   private void attachReferenceAnnotations(List<SequenceI> seqs,
 236           boolean addToSequence, boolean addToAlignment)
 237   {
 238     // PDB.secondary structure on Sequence0
 239     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 240             "secondary structure", "", 0);
 241     annotation.annotations = new Annotation[] { new Annotation(2f) };
 242     annotation.setCalcId("PDB");
 243     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 244     if (addToSequence)
 245     {
 246       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 247     }
 248     if (addToAlignment)
 249     {
 250       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 251     }
 252
 253     // PDB.Temp on Sequence1
 254     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", 0);
 255     annotation.setCalcId("PDB");
 256     annotation.annotations = new Annotation[] { new Annotation(2f) };
 257     seqs.get(1).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 258     if (addToSequence)
 259     {
 260       seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 261     }
 262     if (addToAlignment)
 263     {
 264       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 265     }
 266
 267     // JMOL.secondary structure on Sequence0
 268     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "", 0);
 269     annotation.setCalcId("Jmol");
 270     annotation.annotations = new Annotation[] { new Annotation(2f) };
 271     seqs.get(0).getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(annotation);
 272     if (addToSequence)
 273     {
 274       seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 275     }
 276     if (addToAlignment)
 277     {
 278       this.alignment.addAnnotation(annotation);
 279     }
 280   }
 281
 282   /**
 283    * Test building the 'add reference annotations' menu for the case where there
 284    * are two alignment views:
 285    * <ul>
 286    * <li>in one view, reference annotations have been added (are on the
 287    * datasets, sequences and alignment)</li>
 288    * <li>in the current view, reference annotations are on the dataset and
 289    * sequence, but not the alignment</li>
 290    * </ul>
 291    * The menu item should be enabled, and acquire a tooltip which lists the
 292    * annotation sources (calcIds) and type (labels).
 293    */
 294   @Test(groups = { "Functional" })
 295   public void testConfigureReferenceAnnotationsMenu_twoViews()
 296   {
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Test for building menu options including 'show' and 'hide' annotation
 301    * types.
 302    */
 303   @Test(groups = { "Functional" })
 304   public void testBuildAnnotationTypesMenus()
 305   {
 306     JMenu showMenu = new JMenu();
 307     JMenu hideMenu = new JMenu();
 308     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 309
 310     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 311
 312     // PDB.secondary structure on Sequence0
 313     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 314             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 315     annotation.setCalcId("PDB");
 316     annotation.visible = true;
 317     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 318     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 319
 320     // JMOL.secondary structure on Sequence0 - hidden
 321     annotation = new AlignmentAnnotation("secondary structure", "",
 322             new Annotation[] {});
 323     annotation.setCalcId("JMOL");
 324     annotation.visible = false;
 325     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 326     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 327
 328     // Jpred.SSP on Sequence0 - hidden
 329     annotation = new AlignmentAnnotation("SSP", "", new Annotation[] {});
 330     annotation.setCalcId("JPred");
 331     annotation.visible = false;
 332     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 333     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 334
 335     // PDB.Temp on Sequence1
 336     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 337     annotation.setCalcId("PDB");
 338     annotation.visible = true;
 339     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 340     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 341
 342     /*
 343      * Expect menu options to show "secondary structure" and "SSP", and to hide
 344      * "secondary structure" and "Temp". Tooltip should be calcId.
 345      */
 346     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 347
 348     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 349     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 350
 351     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 352     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 353
 354     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 355     assertEquals(4, hideOptions.length);
 356     String all = MessageManager.getString("label.all");
 357     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 358     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 359     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 360             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 361     assertEquals("secondary structure",
 362             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 363     assertEquals("JMOL", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 364     assertEquals("SSP", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 365     assertEquals("JPred", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 366
 367     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 368     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 369     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 370             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 371     assertEquals("secondary structure",
 372             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 373     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 374     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 375     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 376   }
 377
 378   /**
 379    * Test for building menu options with only 'hide' annotation types enabled.
 380    */
 381   @Test(groups = { "Functional" })
 382   public void testBuildAnnotationTypesMenus_showDisabled()
 383   {
 384     JMenu showMenu = new JMenu();
 385     JMenu hideMenu = new JMenu();
 386     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 387
 388     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 389
 390     // PDB.secondary structure on Sequence0
 391     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 392             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 393     annotation.setCalcId("PDB");
 394     annotation.visible = true;
 395     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 396     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 397
 398     // PDB.Temp on Sequence1
 399     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 400     annotation.setCalcId("PDB");
 401     annotation.visible = true;
 402     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 403     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 404
 405     /*
 406      * Expect menu options to hide "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 407      * should be calcId. 'Show' menu should be disabled.
 408      */
 409     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 410
 411     assertFalse(showMenu.isEnabled());
 412     assertTrue(hideMenu.isEnabled());
 413
 414     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 415     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 416
 417     assertEquals(2, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 418     assertEquals(4, hideOptions.length);
 419     String all = MessageManager.getString("label.all");
 420     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 421     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 422     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 423             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 424
 425     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 426     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 427     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 428             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 429     assertEquals("secondary structure",
 430             ((JMenuItem) hideOptions[2]).getText());
 431     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[2]).getToolTipText());
 432     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getText());
 433     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) hideOptions[3]).getToolTipText());
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Test for building menu options with only 'show' annotation types enabled.
 438    */
 439   @Test(groups = { "Functional" })
 440   public void testBuildAnnotationTypesMenus_hideDisabled()
 441   {
 442     JMenu showMenu = new JMenu();
 443     JMenu hideMenu = new JMenu();
 444     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 445
 446     // make up new annotations and add to sequences and to the alignment
 447
 448     // PDB.secondary structure on Sequence0
 449     AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 450             "secondary structure", "", new Annotation[] {});
 451     annotation.setCalcId("PDB");
 452     annotation.visible = false;
 453     seqs.get(0).addAlignmentAnnotation(annotation);
 454     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 455
 456     // PDB.Temp on Sequence1
 457     annotation = new AlignmentAnnotation("Temp", "", new Annotation[] {});
 458     annotation.setCalcId("PDB2");
 459     annotation.visible = false;
 460     seqs.get(1).addAlignmentAnnotation(annotation);
 461     parentPanel.getAlignment().addAnnotation(annotation);
 462
 463     /*
 464      * Expect menu options to show "secondary structure" and "Temp". Tooltip
 465      * should be calcId. 'hide' menu should be disabled.
 466      */
 467     testee.buildAnnotationTypesMenus(showMenu, hideMenu, seqs);
 468
 469     assertTrue(showMenu.isEnabled());
 470     assertFalse(hideMenu.isEnabled());
 471
 472     Component[] showOptions = showMenu.getMenuComponents();
 473     Component[] hideOptions = hideMenu.getMenuComponents();
 474
 475     assertEquals(4, showOptions.length); // includes 'All' and separator
 476     assertEquals(2, hideOptions.length);
 477     String all = MessageManager.getString("label.all");
 478     assertEquals(all, ((JMenuItem) showOptions[0]).getText());
 479     assertTrue(showOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 480     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 481             ((JSeparator) showOptions[1]).getOrientation());
 482     assertEquals("secondary structure",
 483             ((JMenuItem) showOptions[2]).getText());
 484     assertEquals("PDB", ((JMenuItem) showOptions[2]).getToolTipText());
 485     assertEquals("Temp", ((JMenuItem) showOptions[3]).getText());
 486     assertEquals("PDB2", ((JMenuItem) showOptions[3]).getToolTipText());
 487
 488     assertEquals(all, ((JMenuItem) hideOptions[0]).getText());
 489     assertTrue(hideOptions[1] instanceof JPopupMenu.Separator);
 490     assertEquals(JSeparator.HORIZONTAL,
 491             ((JSeparator) hideOptions[1]).getOrientation());
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Test for adding sequence id, dbref and feature links
 496    */
 497   @Test(groups = { "Functional" })
 498   public void testBuildLinkMenu()
 499   {
 500     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 501     final SequenceI seq0 = seqs.get(0);
 502     final SequenceI seq1 = seqs.get(1);
 503     final List<SequenceFeature> noFeatures = Collections
 504             .<SequenceFeature> emptyList();
 505     final String linkText = MessageManager.getString("action.link");
 506
 507     seq0.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "P83527"));
 508     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR001041"));
 509     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR012675"));
 510     seq0.addDBRef(new DBRefEntry("INTERPRO", "1", "IPR006058"));
 511     seq1.addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.UNIPROT, "1", "Q9ZTS2"));
 512     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("GENE3D", "1", "3.10.20.30"));
 513
 514     /*
 515      * check the Link Menu for the first sequence
 516      */
 517     JMenu linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq0, noFeatures);
 518     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 519     Component[] linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 520
 521     /*
 522      * menu items are ordered: SEQUENCE_ID search first, then dbrefs in order
 523      * of database name (and within that by order of dbref addition)
 524      */
 525     assertEquals(5, linkItems.length);
 526     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 527     assertEquals("INTERPRO|IPR001041",
 528             ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 529     assertEquals("INTERPRO|IPR012675",
 530             ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 531     assertEquals("INTERPRO|IPR006058",
 532             ((JMenuItem) linkItems[3]).getText());
 533     assertEquals("UNIPROT|P83527", ((JMenuItem) linkItems[4]).getText());
 534
 535     /*
 536      * check the Link Menu for the second sequence
 537      * note dbref GENE3D is matched to link Gene3D, the latter is displayed
 538      */
 539     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 540     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 541     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 542     assertEquals(3, linkItems.length);
 543     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 544     assertEquals("Gene3D|3.10.20.30", ((JMenuItem) linkItems[1]).getText());
 545     assertEquals("UNIPROT|Q9ZTS2", ((JMenuItem) linkItems[2]).getText());
 546
 547     /*
 548      * if there are no valid links the Links submenu is still shown, but
 549      * reduced to the EMBL-EBI lookup only (inserted by
 550      * CustomUrlProvider.choosePrimaryUrl())
 551      */
 552     String unmatched = "NOMATCH|http://www.uniprot.org/uniprot/$"
 553             + DB_ACCESSION + "$";
 554     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(null,
 555             unmatched, "");
 556     Preferences.sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 557
 558     linkMenu = PopupMenu.buildLinkMenu(seq1, noFeatures);
 559     assertEquals(linkText, linkMenu.getText());
 560     linkItems = linkMenu.getMenuComponents();
 561     assertEquals(1, linkItems.length);
 562     assertEquals("EMBL-EBI Search", ((JMenuItem) linkItems[0]).getText());
 563   }
 564
 565   @Test(groups = { "Functional" })
 566   public void testHideInsertions()
 567   {
 568     // get sequences from the alignment
 569     List<SequenceI> seqs = parentPanel.getAlignment().getSequences();
 570
 571     // add our own seqs to avoid problems with changes to existing sequences
 572     // (gap at end of sequences varies depending on how tests are run!)
 573     Sequence seqGap1 = new Sequence("GappySeq",
 574             "AAAA----AA-AAAAAAA---AAA-----------AAAAAAAAAA--");
 575     seqGap1.createDatasetSequence();
 576     seqs.add(seqGap1);
 577     Sequence seqGap2 = new Sequence("LessGappySeq",
 578             "AAAAAA-AAAAA---AAA--AAAAA--AAAAAAA-AAAAAA");
 579     seqGap2.createDatasetSequence();
 580     seqs.add(seqGap2);
 581     Sequence seqGap3 = new Sequence("AnotherGapSeq",
 582             "AAAAAA-AAAAAA--AAAAAA-AAAAAAAAAAA---AAAAAAAA");
 583     seqGap3.createDatasetSequence();
 584     seqs.add(seqGap3);
 585     Sequence seqGap4 = new Sequence("NoGaps",
 586             "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA");
 587     seqGap4.createDatasetSequence();
 588     seqs.add(seqGap4);
 589
 590     ColumnSelection sel = new ColumnSelection();
 591     parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns()
 592             .revealAllHiddenColumns(sel);
 593
 594     // get the Popup Menu for 7th sequence - no insertions
 595     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(7), null);
 596     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 597
 598     HiddenColumns hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 599     Iterator<int[]> it = hidden.iterator();
 600     assertFalse(it.hasNext());
 601
 602     // get the Popup Menu for GappySeq - this time we have insertions
 603     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(4), null);
 604     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 605     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 606     it = hidden.iterator();
 607
 608     assertTrue(it.hasNext());
 609     int[] region = it.next();
 610     assertEquals(region[0], 4);
 611     assertEquals(region[1], 7);
 612
 613     assertTrue(it.hasNext());
 614     region = it.next();
 615     assertEquals(region[0], 10);
 616     assertEquals(region[1], 10);
 617
 618     assertTrue(it.hasNext());
 619     region = it.next();
 620     assertEquals(region[0], 18);
 621     assertEquals(region[1], 20);
 622
 623     assertTrue(it.hasNext());
 624     region = it.next();
 625     assertEquals(region[0], 24);
 626     assertEquals(region[1], 34);
 627
 628     assertTrue(it.hasNext());
 629     region = it.next();
 630     assertEquals(region[0], 45);
 631     assertEquals(region[1], 46);
 632
 633     assertFalse(it.hasNext());
 634
 635     sel = new ColumnSelection();
 636     hidden.revealAllHiddenColumns(sel);
 637
 638     // make a sequence group and hide insertions within the group
 639     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 640     sg.setStartRes(8);
 641     sg.setEndRes(42);
 642     sg.addSequence(seqGap2, false);
 643     sg.addSequence(seqGap3, false);
 644     parentPanel.av.setSelectionGroup(sg);
 645
 646     // hide columns outside and within selection
 647     // only hidden columns outside the collection will be retained (unless also
 648     // gaps in the selection)
 649     hidden.hideColumns(1, 10);
 650     hidden.hideColumns(31, 40);
 651
 652     // get the Popup Menu for LessGappySeq in the sequence group
 653     testee = new PopupMenu(parentPanel, seqs.get(5), null);
 654     testee.hideInsertions_actionPerformed(null);
 655     hidden = parentPanel.av.getAlignment().getHiddenColumns();
 656     it = hidden.iterator();
 657
 658     assertTrue(it.hasNext());
 659     region = it.next();
 660     assertEquals(region[0], 1);
 661     assertEquals(region[1], 7);
 662
 663     assertTrue(it.hasNext());
 664     region = it.next();
 665     assertEquals(region[0], 13);
 666     assertEquals(region[1], 14);
 667
 668     assertTrue(it.hasNext());
 669     region = it.next();
 670     assertEquals(region[0], 34);
 671     assertEquals(region[1], 34);
 672   }
 673
 674 }