test/jalview/gui/SequenceRendererTest.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import jalview.datamodel.Alignment;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.Sequence;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11
  12 import org.junit.Test;
  13
  14 public class SequenceRendererTest
  15 {
  16
  17   @Test
  18   public void testGetResidueBoxColour_zappo()
  19   {
  20     SequenceI seq = new Sequence("name", "MATVLGSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE...
  21     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[]
  22       { seq });
  23     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  24     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(av);
  25     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  26
  27     // @see ResidueProperties.zappo
  28     assertEquals(Color.pink, sr.getResidueColour(seq, 0, null)); // M
  29     assertEquals(Color.green, sr.getResidueColour(seq, 2, null)); // T
  30     assertEquals(Color.magenta, sr.getResidueColour(seq, 5, null)); // G
  31     assertEquals(Color.orange, sr.getResidueColour(seq, 12, null)); // F
  32   }
  33   // TODO more tests for getResidueBoxColour covering groups, feature rendering,
  34   // gaps, overview...
  35
  36 }