test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9 import jalview.gui.AlignFrame;
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  11 import org.junit.Before;
  12 import org.junit.Test;
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  14 public class AnnotatedPDBFileInputTest
  15 {
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  17   AlignmentI al;
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  19   String pdbStr = "examples/2GIS.pdb";
  20   @Before
  21   public void setup() throws Exception
  22   {
  23     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  24     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded(pdbStr,
  25             FormatAdapter.FILE);
  26     al = af.getViewport().getAlignment();
  27   }
  28
  29   @Test
  30   public void checkNoDuplicates()
  31   {
  32     // not strictly a requirement, but strange things may happen if multiple
  33     // instances of the same annotation are placed in the alignment annotation
  34     // vector
  35     assertNotNull(al.getAlignmentAnnotation());
  36     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  37     AlignmentAnnotation[] avec = al.getAlignmentAnnotation();
  38     for (int p = 0; p < avec.length; p++)
  39     {
  40       for (int q = p + 1; q < avec.length; q++)
  41       {
  42         assertNotEquals(
  43                 "Found a duplicate annotation row " + avec[p].label,
  44                 avec[p], avec[q]);
  45       }
  46     }
  47   }
  48
  49   @Test
  50   public void checkPDBannotationSource()
  51   {
  52
  53     for (SequenceI asq : al.getSequences())
  54     {
  55       for (AlignmentAnnotation aa : asq.getAnnotation())
  56       {
  57
  58         System.out.println("CalcId: " + aa.getCalcId());
  59         assertTrue(MCview.PDBfile.isCalcIdForFile(aa.getCalcId(), pdbStr));
  60       }
  61     }
  62   }
  63
  64   @Test
  65   public void checkAnnotationWiring()
  66   {
  67     assertTrue(al.getAlignmentAnnotation() != null);
  68     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  69     for (AlignmentAnnotation aa : al.getAlignmentAnnotation())
  70     {
  71       if (aa.sequenceRef != null)
  72       {
  73         assertTrue(al.getSequences().contains(aa.sequenceRef));
  74         assertNotNull(aa.sequenceRef.getAnnotation());
  75         boolean found = false;
  76         for (AlignmentAnnotation sqan : aa.sequenceRef.getAnnotation())
  77         {
  78           if (sqan == aa)
  79           {
  80             found = true;
  81             break;
  82           }
  83         }
  84         assertTrue(
  85                 "Couldn't find sequence associated annotation "
  86                         + aa.label
  87                         + " on the sequence it is associated with.\nSequence associated editing will fail.",
  88                 found);
  89       }
  90     }
  91   }
  92 }