test/jalview/io/AnnotatedPDBFileInputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
   5 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.gui.AlignFrame;
   9
  10 import org.junit.Before;
  11 import org.junit.Test;
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  13 public class AnnotatedPDBFileInputTest
  14 {
  15
  16   AlignmentI al;
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  18   @Before
  19   public void setup() throws Exception
  20   {
  21     FileLoader loader = new FileLoader(false);
  22     AlignFrame af = loader.LoadFileWaitTillLoaded("examples/1gaq.txt",
  23             FormatAdapter.FILE);
  24     al = af.getViewport().getAlignment();
  25   }
  26
  27   @Test
  28   public void checkNoDuplicates()
  29   {
  30     // not strictly a requirement, but strange things may happen if multiple
  31     // instances of the same annotation are placed in the alignment annotation
  32     // vector
  33     assertNotNull(al.getAlignmentAnnotation());
  34     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  35     AlignmentAnnotation[] avec = al.getAlignmentAnnotation();
  36     for (int p = 0; p < avec.length; p++)
  37     {
  38       for (int q = p + 1; q < avec.length; q++)
  39       {
  40         assertNotEquals(
  41                 "Found a duplicate annotation row " + avec[p].label,
  42                 avec[p], avec[q]);
  43       }
  44     }
  45   }
  46
  47   @Test
  48   public void checkAnnotationWiring()
  49   {
  50     assertTrue(al.getAlignmentAnnotation() != null);
  51     // verify that all sequence annotation is doubly referenced
  52     for (AlignmentAnnotation aa : al.getAlignmentAnnotation())
  53     {
  54       if (aa.sequenceRef != null)
  55       {
  56         assertTrue(al.getSequences().contains(aa.sequenceRef));
  57         assertNotNull(aa.sequenceRef.getAnnotation());
  58         boolean found = false;
  59         for (AlignmentAnnotation sqan : aa.sequenceRef.getAnnotation())
  60         {
  61           if (sqan == aa)
  62           {
  63             found = true;
  64             break;
  65           }
  66         }
  67         assertTrue(
  68                 "Couldn't find sequence associated annotation "
  69                         + aa.label
  70                         + " on the sequence it is associated with.\nSequence associated editing will fail.",
  71                 found);
  72       }
  73     }
  74   }
  75 }