test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.json.binding.v1.BioJSReleasePojo;
   4 import jalview.json.binding.v1.BioJSRepositoryPojo;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.net.MalformedURLException;
   9 import java.net.URISyntaxException;
  10 import java.net.URL;
  11 import java.net.URLConnection;
  12 import java.util.TreeMap;
  13
  14 import org.testng.Assert;
  15 import org.testng.AssertJUnit;
  16 import org.testng.annotations.Test;
  17
  18
  19 public class BioJsHTMLOutputTest
  20 {
  21
  22   @Test(groups ={ "Functional" })
  23   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  24   {
  25     String bjsTemplate = null;
  26     try
  27     {
  28       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  29       try
  30       {
  31         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  32         // version of BioJS template
  33         Thread.sleep(1000 * 3);
  34       } catch (InterruptedException e)
  35       {
  36         e.printStackTrace();
  37       }
  38       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  39       // System.out.println(bjsTemplate);
  40     } catch (IOException e)
  41     {
  42       e.printStackTrace();
  43     }
  44     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  45   }
  46
  47   @Test(groups =
  48   { "Functional" }, expectedExceptions = NullPointerException.class)
  49   public void expectedNullPointerException()
  50   {
  51     try
  52     {
  53       BioJsHTMLOutput.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  54     } catch (URISyntaxException e)
  55     {
  56       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  57       e.printStackTrace();
  58     }
  59   }
  60
  61   @Test(groups ={ "Functional" })
  62   public void getBioJsMSAVersions()
  63   {
  64     TreeMap<String, File> versions = null;
  65     try
  66     {
  67       BioJsHTMLOutput
  68               .refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  69       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  70     } catch (URISyntaxException e)
  71     {
  72       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  73       e.printStackTrace();
  74     }
  75     AssertJUnit.assertNotNull("No versions found", versions);
  76     AssertJUnit.assertTrue("One or more Templates required", versions.size() > 0);
  77     System.out
  78             .println("Number of discovered versions : "
  79             + versions.size());
  80     for (String v : versions.keySet())
  81     {
  82       System.out.println("version : " + v);
  83       System.out.println("File : " + versions.get(v));
  84     }
  85
  86     System.out.println("\nCurrent latest version : "
  87             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  88     AssertJUnit.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
  89             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  90
  91   }
  92
  93   @Test(groups =
  94   { "Network" })
  95   public void testBioJsUpdate()
  96   {
  97     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
  98     AssertJUnit.assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
  99     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
 100     AssertJUnit.assertNotNull("Null response read from url!", response);
 101     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 102     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 103     System.out
 104 .println(">>> latest version : "
 105             + repository.getLatestReleaseVersion());
 106     System.out.println(">>> repo count : "
 107             + repository.getReleases().size());
 108     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 109     {
 110       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 111       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 112       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 113     }
 114   }
 115
 116   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 117   {
 118     try
 119     {
 120       final URL url = new URL(urlString);
 121       final URLConnection conn = url.openConnection();
 122       conn.connect();
 123       return true;
 124     } catch (MalformedURLException e)
 125     {
 126       throw new RuntimeException(e);
 127     } catch (IOException e)
 128     {
 129       return false;
 130     }
 131   }
 132 }