test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.MalformedURLException;
   6 import java.net.URISyntaxException;
   7 import java.net.URL;
   8 import java.net.URLConnection;
   9 import java.util.TreeMap;
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  11 import org.testng.Assert;
  12 import org.testng.AssertJUnit;
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 import jalview.json.binding.v1.BioJSReleasePojo;
  16 import jalview.json.binding.v1.BioJSRepositoryPojo;
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  19 public class BioJsHTMLOutputTest
  20 {
  21
  22   @Test
  23   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  24   {
  25     String bjsTemplate = null;
  26     try
  27     {
  28       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  29       try
  30       {
  31         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  32         // version of BioJS template
  33         Thread.sleep(1000 * 3);
  34       } catch (InterruptedException e)
  35       {
  36         e.printStackTrace();
  37       }
  38       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  39       // System.out.println(bjsTemplate);
  40     } catch (IOException e)
  41     {
  42       e.printStackTrace();
  43     }
  44     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  45   }
  46
  47   @Test(expectedExceptions = NullPointerException.class)
  48   public void expectedNullPointerException()
  49   {
  50     try
  51     {
  52       BioJsHTMLOutput.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  53     } catch (URISyntaxException e)
  54     {
  55       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  56       e.printStackTrace();
  57     }
  58   }
  59
  60   @Test
  61   public void getBioJsMSAVersions()
  62   {
  63     TreeMap<String, File> versions = null;
  64     try
  65     {
  66       BioJsHTMLOutput
  67               .refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  68       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  69     } catch (URISyntaxException e)
  70     {
  71       AssertJUnit.fail("Expception occured while testing!");
  72       e.printStackTrace();
  73     }
  74     AssertJUnit.assertNotNull("No versions found", versions);
  75     AssertJUnit.assertTrue("One or more Templates required", versions.size() > 0);
  76     System.out
  77             .println("Number of discovered versions : "
  78             + versions.size());
  79     for (String v : versions.keySet())
  80     {
  81       System.out.println("version : " + v);
  82       System.out.println("File : " + versions.get(v));
  83     }
  84
  85     System.out.println("\nCurrent latest version : "
  86             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  87     AssertJUnit.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
  88             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  89
  90   }
  91
  92   @Test
  93   public void testBioJsUpdate()
  94   {
  95     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
  96     AssertJUnit.assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
  97     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
  98     AssertJUnit.assertNotNull("Null response read from url!", response);
  99     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
 100     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 101     System.out
 102 .println(">>> latest version : "
 103             + repository.getLatestReleaseVersion());
 104     System.out.println(">>> repo count : "
 105             + repository.getReleases().size());
 106     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 107     {
 108       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 109       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 110       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 111     }
 112   }
 113
 114   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 115   {
 116     try
 117     {
 118       final URL url = new URL(urlString);
 119       final URLConnection conn = url.openConnection();
 120       conn.connect();
 121       return true;
 122     } catch (MalformedURLException e)
 123     {
 124       throw new RuntimeException(e);
 125     } catch (IOException e)
 126     {
 127       return false;
 128     }
 129   }
 130 }