test/jalview/io/JSONFileTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
   5 import org.testng.annotations.AfterMethod;
   6 import org.testng.annotations.Test;
   7 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
   8 import org.testng.AssertJUnit;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.Annotation;
  13 import jalview.datamodel.Sequence;
  14 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  15 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  16 import jalview.datamodel.SequenceI;
  17 import jalview.gui.AlignFrame;
  18 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  19 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  20 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeaturesDisplayed;
  21
  22 import java.io.IOException;
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.HashMap;
  25
  26 public class JSONFileTest
  27 {
  28
  29   private int TEST_SEQ_HEIGHT = 0;
  30
  31   private int TEST_GRP_HEIGHT = 0;
  32
  33   private int TEST_ANOT_HEIGHT = 0;
  34
  35   private AlignFrame af;
  36
  37   AlignmentI alignment;
  38
  39   AlignmentPanel alignPanel;
  40
  41   HashMap<String, SequenceI> testSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
  42   HashMap<String, AlignmentAnnotation> testAnnots = new HashMap<String, AlignmentAnnotation>();
  43   HashMap<String, SequenceGroup> testGrps = new HashMap<String, SequenceGroup>();
  44
  45   @BeforeMethod
  46   public void setup() throws Exception
  47   {
  48     // create and add sequences
  49     Sequence[] seqs = new Sequence[5];
  50     seqs[0] = new Sequence("FER_CAPAN",
  51             "SVSATMISTSFMPRKPAVTSL-KPIPNVGE--ALF", 3, 34);
  52     seqs[1] = new Sequence("FER1_SOLLC",
  53             "SISGTMISTSFLPRKPAVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  54     seqs[2] = new Sequence("Q93XJ9_SOLTU",
  55             "SISGTMISTSFLPRKPVVTSL-KAISNVGE--ALF", 3, 34);
  56     seqs[3] = new Sequence("FER1_PEA",
  57             "ALYGTAVSTSFLRTQPMPMSV-TTTKAFSN--GFL", 6, 37);
  58     seqs[4] = new Sequence("Q7XA98_TRIPR",
  59             "ALYGTAVSTSFMRRQPVPMSV-ATTTTTKAFPSGF", 6, 39);
  60
  61     // create and add sequence features
  62     SequenceFeature seqFeature2 = new SequenceFeature("feature_x",
  63             "desciption", "status", 6, 15, "Jalview");
  64     SequenceFeature seqFeature3 = new SequenceFeature("feature_x",
  65             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
  66     SequenceFeature seqFeature4 = new SequenceFeature("feature_x",
  67             "desciption", "status", 9, 18, "Jalview");
  68     seqs[2].addSequenceFeature(seqFeature2);
  69     seqs[3].addSequenceFeature(seqFeature3);
  70     seqs[4].addSequenceFeature(seqFeature4);
  71
  72     // add created features to features displayed
  73     FeaturesDisplayed fDis = new FeaturesDisplayed();
  74     fDis.setVisible("feature_x");
  75     // jsonFile.setDisplayedFeatures(fDis);
  76     // jsonFile.setShowSeqFeatures(true);
  77
  78     for (Sequence seq : seqs)
  79     {
  80       seq.setDatasetSequence(seq);
  81       testSeqs.put(seq.getName(), seq);
  82       // jsonFile.seqs.add(seq);
  83     }
  84
  85     // create and add sequence groups
  86     ArrayList<SequenceI> grpSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
  87     grpSeqs.add(seqs[1]);
  88     grpSeqs.add(seqs[2]);
  89     grpSeqs.add(seqs[3]);
  90     grpSeqs.add(seqs[4]);
  91     ColourSchemeI scheme = JSONFile.getJalviewColorScheme("zappo");
  92     SequenceGroup seqGrp = new SequenceGroup(grpSeqs, "JGroup:1883305585",
  93             scheme, true, true, false, 21, 29);
  94     seqGrp.setShowNonconserved(false);
  95     seqGrp.setDescription(null);
  96     // jsonFile.seqGroups.add(seqGrp);
  97     testGrps.put(seqGrp.getName(), seqGrp);
  98
  99     // create and add annotation
 100     Annotation[] annot = new Annotation[35];
 101     annot[0] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 102     annot[1] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 103     annot[2] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 104     annot[3] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 105     annot[4] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 106     annot[5] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 107     annot[6] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 108     annot[7] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 109     annot[8] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 110     annot[9] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 111     annot[10] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 112     annot[11] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 113     annot[12] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 114     annot[13] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 115     annot[14] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 116     annot[15] = new Annotation("β", "", 'E', 0);
 117     annot[16] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 118     annot[17] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 119     annot[18] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 120     annot[19] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 121     annot[20] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 122     annot[21] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 123     annot[22] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 124     annot[23] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 125     annot[24] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 126     annot[25] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 127     annot[26] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 128     annot[27] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 129     annot[28] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 130     annot[29] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 131     annot[30] = new Annotation("α", "", 'H', 0);
 132     annot[31] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 133     annot[32] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 134     annot[33] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 135     annot[34] = new Annotation("", "", '\u0000', 0);
 136
 137     AlignmentAnnotation alignAnnot = new AlignmentAnnotation(
 138             "Secondary Structure", "New description", annot);
 139     // jsonFile.annotations.add(alignAnnot);
 140     testAnnots.put(alignAnnot.label, alignAnnot);
 141
 142     // Alignment al = new Alignment(seqs);
 143     TEST_SEQ_HEIGHT = testSeqs.size();
 144     TEST_GRP_HEIGHT = testGrps.size();
 145     TEST_ANOT_HEIGHT = testAnnots.size();
 146   }
 147
 148   @AfterMethod
 149   public void tearDown() throws Exception
 150   {
 151   }
 152
 153   @Test
 154   public void testParse()
 155   {
 156     String jsonFile = "examples/example.json";
 157     AppletFormatAdapter rf = new AppletFormatAdapter();
 158     Alignment al = null;
 159     try
 160     {
 161       al = rf.readFile(jsonFile, AppletFormatAdapter.FILE,
 162               JSONFile.FILE_DESC);
 163     } catch (IOException e)
 164     {
 165       e.printStackTrace();
 166     }
 167     assertNotNull("Couldn't read supplied alignment data.", al);
 168
 169     int passedCount = 0;
 170     for (SequenceI seq : al.getSequences())
 171     {
 172       SequenceI expectedSeq = testSeqs.get(seq.getName());
 173       AssertJUnit.assertTrue("Failed Sequence Test  for >>> " + seq.getName(),
 174               isSeqMatched(expectedSeq, seq));
 175       passedCount++;
 176     }
 177     AssertJUnit.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 178             TEST_SEQ_HEIGHT, passedCount);
 179
 180     passedCount = 0;
 181     for (SequenceGroup seqGrp : al.getGroups())
 182     {
 183       SequenceGroup expectedGrp = testGrps.get(seqGrp.getName());
 184       AssertJUnit.assertTrue(
 185               "Failed SequenceGroup Test for >>> " + seqGrp.getName(),
 186               isGroupMatched(expectedGrp, seqGrp));
 187       passedCount++;
 188     }
 189     AssertJUnit.assertEquals("Some SequenceGroups did not pass the test",
 190             TEST_GRP_HEIGHT, passedCount);
 191
 192     passedCount = 0;
 193     for (AlignmentAnnotation annot : al.getAlignmentAnnotation())
 194     {
 195       AlignmentAnnotation expectedAnnot = testAnnots.get(annot.label);
 196       AssertJUnit.assertTrue("Failed AlignmentAnnotation Test for >>> "
 197               + annot.label, isAnnotationMatched(expectedAnnot, annot));
 198       passedCount++;
 199     }
 200     AssertJUnit.assertEquals("Some Sequences did not pass the test",
 201             TEST_ANOT_HEIGHT, passedCount);
 202
 203     // af = new AlignFrame(al, 700, 500);
 204     // AlignViewport viewport = af.getViewport();
 205     // alignPanel = new AlignmentPanel(af, viewport);
 206   }
 207
 208   public boolean isAnnotationMatched(AlignmentAnnotation eAnnot,
 209           AlignmentAnnotation annot)
 210   {
 211     if (!eAnnot.label.equals(annot.label)
 212             || !eAnnot.description.equals(annot.description)
 213             || eAnnot.annotations.length != annot.annotations.length)
 214     {
 215       return false;
 216     }
 217
 218     for (int x = 0; x < annot.annotations.length; x++)
 219     {
 220       Annotation y = annot.annotations[x];
 221       Annotation z = annot.annotations[x];
 222
 223       if (!y.displayCharacter.equals(z.displayCharacter)
 224               || y.value != z.value
 225               || y.secondaryStructure != z.secondaryStructure)
 226       {
 227         return false;
 228       }
 229     }
 230     return true;
 231   }
 232
 233   public boolean isSeqMatched(SequenceI expectedSeq, SequenceI actualSeq)
 234   {
 235     System.out.println("Testing >>> " + actualSeq.getName());
 236
 237     if (expectedSeq.getName().equals(actualSeq.getName())
 238             && expectedSeq.getSequenceAsString().equals(
 239                     actualSeq.getSequenceAsString())
 240             && expectedSeq.getStart() == actualSeq.getStart()
 241             && expectedSeq.getEnd() == actualSeq.getEnd()
 242             && featuresMatched(expectedSeq, actualSeq))
 243     {
 244       return true;
 245     }
 246     return false;
 247   }
 248
 249   public boolean isGroupMatched(SequenceGroup expectedGrp,
 250           SequenceGroup actualGrp)
 251   {
 252
 253     System.out.println("Testing >>> " + actualGrp.getName());
 254     System.out.println(expectedGrp.getName() + " | " + actualGrp.getName());
 255     System.out.println(expectedGrp.getColourText() + " | "
 256             + actualGrp.getColourText());
 257     System.out.println(expectedGrp.getDisplayBoxes() + " | "
 258             + actualGrp.getDisplayBoxes());
 259     System.out.println(expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() + " | "
 260             + actualGrp.getIgnoreGapsConsensus());
 261     System.out.println(expectedGrp.getSequences().size() + " | "
 262             + actualGrp.getSequences().size());
 263     System.out.println(expectedGrp.getStartRes() + " | "
 264             + actualGrp.getStartRes());
 265     System.out.println(expectedGrp.getEndRes() + " | "
 266             + actualGrp.getEndRes());
 267
 268     if (expectedGrp.getName().equals(actualGrp.getName())
 269             && expectedGrp.getColourText() == actualGrp.getColourText()
 270             && expectedGrp.getDisplayBoxes() == actualGrp.getDisplayBoxes()
 271             && expectedGrp.getIgnoreGapsConsensus() == actualGrp
 272                     .getIgnoreGapsConsensus()
 273             && expectedGrp.cs.equals(actualGrp.cs)
 274             && expectedGrp.getSequences().size() == actualGrp
 275                     .getSequences().size()
 276             && expectedGrp.getStartRes() == actualGrp.getStartRes()
 277             && expectedGrp.getEndRes() == actualGrp.getEndRes())
 278     {
 279       return true;
 280     }
 281     return false;
 282   }
 283
 284   private boolean featuresMatched(SequenceI seq1, SequenceI seq2)
 285   {
 286     boolean matched = false;
 287     try
 288     {
 289       if (seq1 == null && seq2 == null)
 290       {
 291         return true;
 292       }
 293
 294       SequenceFeature[] inFeature = seq1.getSequenceFeatures();
 295       SequenceFeature[] outFeature = seq2.getSequenceFeatures();
 296
 297       if (inFeature == null && outFeature == null)
 298       {
 299         return true;
 300       }
 301       else if ((inFeature == null && outFeature != null)
 302               || (inFeature != null && outFeature == null))
 303       {
 304         return false;
 305       }
 306
 307       int testSize = inFeature.length;
 308       int matchedCount = 0;
 309       for (SequenceFeature in : inFeature)
 310       {
 311         for (SequenceFeature out : outFeature)
 312         {
 313           System.out.println(out.getType() + " | " + in.getType());
 314           System.out.println(out.getBegin() + " | " + in.getBegin());
 315           System.out.println(out.getEnd() + " | " + in.getEnd());
 316
 317           if (inFeature.length == outFeature.length
 318                   && in.getBegin() == out.getBegin()
 319                   && in.getEnd() == out.getEnd()
 320                   && in.getScore() == out.getScore()
 321                   && in.getFeatureGroup().equals(out.getFeatureGroup())
 322                   && in.getType().equals(out.getType()))
 323           {
 324
 325             ++matchedCount;
 326           }
 327         }
 328       }
 329       System.out.println("matched count >>>>>> " + matchedCount);
 330       if (testSize == matchedCount)
 331       {
 332         matched = true;
 333       }
 334     } catch (Exception e)
 335     {
 336       e.printStackTrace();
 337     }
 338     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>> features matched : " + matched);
 339     return matched;
 340   }
 341 }