test/jalview/io/Jalview2xmlBase.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.bin.Instance;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.Desktop;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import java.util.Date;
  32
  33 import org.testng.annotations.AfterClass;
  34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  35 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  36
  37 public class Jalview2xmlBase
  38 {
  39
  40   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  41   public void setUpJvOptionPane()
  42   {
  43     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  44     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  45   }
  46
  47   /**
  48    * @throws java.lang.Exception
  49    */
  50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  51   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  52   {
  53     /*
  54      * use read-only test properties file
  55      */
  56     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  57
  58     /*
  59      * set news feed last read to a future time to ensure no
  60      * 'unread' news item is displayed
  61      */
  62     Date oneHourFromNow = new Date(System.currentTimeMillis() + 3600 * 1000);
  63     Cache.setDateProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED", oneHourFromNow);
  64
  65     Jalview.main(new String[] {});
  66   }
  67
  68   /**
  69    * @throws java.lang.Exception
  70    */
  71   @AfterClass(alwaysRun = true)
  72   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  73   {
  74     jalview.bin.Instance.getDesktop().closeAll_actionPerformed(null);
  75   }
  76
  77   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  78   public static void clearDesktop()
  79   {
  80     if (Instance.getDesktop() != null && Desktop.getFrames() != null
  81             && Desktop.getFrames().length > 0)
  82     {
  83       Instance.getDesktop().closeAll_actionPerformed(null);
  84     }
  85   }
  86
  87   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  88   {
  89     int numdsann = 0;
  90     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  91     {
  92       if (sq.getAnnotation() != null)
  93       {
  94         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  95         {
  96           if (dssa.isValidStruc())
  97           {
  98             numdsann++;
  99           }
 100         }
 101       }
 102     }
 103     return numdsann;
 104   }
 105
 106 }