test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  36 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.gui.AlignFrame;
  40 import jalview.gui.Desktop;
  41 import jalview.gui.Jalview2XML;
  42 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  45
  46 import java.io.File;
  47 import java.time.Instant;
  48 import java.util.ArrayList;
  49 import java.util.Date;
  50 import java.util.HashMap;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Map;
  53
  54 import org.testng.Assert;
  55 import org.testng.AssertJUnit;
  56 import org.testng.annotations.AfterClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 @Test(singleThreaded = true)
  61 public class Jalview2xmlTests
  62 {
  63
  64   /**
  65    * @throws java.lang.Exception
  66    */
  67   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  68   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  69   {
  70     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  71         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  72     jalview.bin.Cache.setProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED",
  73             Cache.date_format.format(Date.from(Instant.now().plusSeconds(
  74                     3600))));
  75   }
  76
  77   /**
  78    * @throws java.lang.Exception
  79    */
  80   @AfterClass(alwaysRun = true)
  81   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  82   {
  83     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  84   }
  85
  86   int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  87   {
  88     int numdsann = 0;
  89     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  90     {
  91       if (sq.getAnnotation() != null)
  92       {
  93         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  94         {
  95           if (dssa.isValidStruc())
  96           {
  97             numdsann++;
  98           }
  99         }
 100       }
 101     }
 102     return numdsann;
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 107   {
 108     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 109     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 110             .getAbsolutePath();
 111     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 112             inFile, FormatAdapter.FILE);
 113     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 114     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 115     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 116     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 117     assertTrue(
 118             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 119             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 120     assertTrue("Failed to store as a project.",
 121             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 122     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 123     af = null;
 124     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 125             FormatAdapter.FILE);
 126     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 127     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 128     assertTrue(
 129             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 130                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 131             olddsann == newdsann);
 132     System.out
 133             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 134                     + olddsann + ")");
 135     assertTrue(
 136             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 137             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 138   }
 139
 140   @Test(groups = { "Functional" })
 141   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 142   {
 143     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 144     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 145             .getAbsolutePath();
 146     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 147             inFile, FormatAdapter.FILE);
 148     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 149     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 150     assertTrue(
 151             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 152             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 153                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 154     assertTrue(
 155             "Recognise T-Coffee score from string",
 156             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 157                     .getAlignment(),
 158                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 159                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 160
 161     assertTrue("Failed to store as a project.",
 162             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 163     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 164     af = null;
 165     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 166             FormatAdapter.FILE);
 167     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 168     assertTrue(
 169             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 170             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 171                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 172     System.out
 173             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 174   }
 175
 176   @Test(groups = { "Functional" })
 177   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 178   {
 179     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 180     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 181             .getAbsolutePath();
 182     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 183             inFile, FormatAdapter.FILE);
 184     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 185     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 186     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 187             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 188     assertTrue(
 189             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 190             aa != null && aa.length > 0);
 191     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 192             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 193     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 194             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 195     cs.setSeqAssociated(true);
 196     gcs.setSeqAssociated(true);
 197     af.changeColour(cs);
 198     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 199     sg.setStartRes(57);
 200     sg.setEndRes(92);
 201     sg.cs = gcs;
 202     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 203     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 204     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 205     af.alignPanel.alignmentChanged();
 206     assertTrue("Failed to store as a project.",
 207             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 208     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 209     af = null;
 210     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 211             FormatAdapter.FILE);
 212     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 213
 214     // check for group and alignment colourschemes
 215
 216     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 217     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 218             .get(0).cs;
 219     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 220     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 221             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 222     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 223     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 224             __rcs.isSeqAssociated());
 225
 226     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 227     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 228     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 229             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 230     {
 231       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 232               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 233       {
 234         diffseqcols = true;
 235       }
 236     }
 237     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 238     System.out
 239             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 240
 241     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 242     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 243             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 244     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 245     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 246             __rcs.isSeqAssociated());
 247
 248     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 249             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 250     {
 251       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 252               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 253       {
 254         diffgseqcols = true;
 255       }
 256     }
 257     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 258     System.out
 259             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 260   }
 261
 262   @Test(groups = { "Functional" })
 263   public void gatherViewsHere() throws Exception
 264   {
 265     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 266             .getAlignFrames().length;
 267     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 268             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 269     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 270     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 271             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 272
 273   }
 274
 275   @Test(groups = { "Functional" })
 276   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 277   {
 278     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 279             Boolean.TRUE.toString());
 280     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
 281             Boolean.TRUE.toString());
 282     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 283             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 284     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 285     AlignmentViewPanel sps = null;
 286     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 287     {
 288       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 289       {
 290         sps = ap;
 291         break;
 292       }
 293     }
 294     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 295     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 296     AlignmentAnnotation refan = null;
 297     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 298             .getAlignmentAnnotation())
 299     {
 300       if (ra.graph != 0)
 301       {
 302         refan = ra;
 303         break;
 304       }
 305     }
 306     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 307     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 308     // compare the manually added temperature factor annotation
 309     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 310     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 311     {
 312       AlignmentAnnotation alaa;
 313       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 314       alaa.adjustForAlignment();
 315       if (ala.graph == refan.graph)
 316       {
 317         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 318         {
 319           sq.findPosition(p);
 320           try
 321           {
 322             assertTrue(
 323                     "Mismatch at alignment position " + p,
 324                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 325                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 326           } catch (NullPointerException q)
 327           {
 328             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 329                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 330                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 331           }
 332         }
 333       }
 334     }
 335
 336   }
 337
 338   @Test(groups = { "Functional" })
 339   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 340   {
 341     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 342             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 343     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 344     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 345     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 346     {
 347       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 348       {
 349         sps = ap;
 350       }
 351       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 352       {
 353         groups = ap;
 354       }
 355     }
 356     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 357     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 358
 359     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 360     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 361     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 362
 363     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 364     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 365             .getViewStyle()));
 366     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 367             .getViewStyle()));
 368
 369   }
 370
 371   /**
 372    * test store and recovery of expanded views
 373    *
 374    * @throws Exception
 375    */
 376   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 377   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 378   {
 379     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 380
 381     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 382             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 383     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 384     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 385     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 386
 387     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 388     // actually on the Desktop
 389     assertTrue(
 390             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window",
 391             af == Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()));
 392
 393     Desktop.explodeViews(af);
 394
 395     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 396     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 397             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 398     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 399     try
 400     {
 401       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 402     } catch (Error e)
 403     {
 404       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 405     } catch (Exception e)
 406     {
 407       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 408     }
 409     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 410     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 411     {
 412       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 413     }
 414     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 415             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 416     Assert.assertNotNull(af);
 417     Assert.assertEquals(
 418             Desktop.getAlignFrames().length,
 419             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 420     Assert.assertEquals(
 421             oldviews,
 422             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 427    * in each view.
 428    *
 429    * @throws Exception
 430    */
 431   @Test(groups = { "Functional" })
 432   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 433   {
 434     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 435     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 436             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 437     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 438     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 439
 440     // remember reference sequence for each panel
 441     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 442
 443     /*
 444      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 445      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 446      */
 447     int n = 1;
 448     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 449     {
 450       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 451       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 452       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 453       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 454       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 455
 456       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 457       // todo refactor this to an alignment view controller
 458       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 459       av.setColourByReferenceSeq(true);
 460       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 461
 462       n++;
 463     }
 464     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 465             ".jvp");
 466     try
 467     {
 468       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 469     } catch (Throwable e)
 470     {
 471       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 472     }
 473     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 474     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 475     {
 476       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 477     }
 478
 479     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 480             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 481     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 482
 483     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 484     {
 485       // check representative
 486       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 487       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 488       Assert.assertNotNull(rep,
 489               "Couldn't restore sequence representative from project");
 490       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 491       // will be different.
 492       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 493       // load/saves.
 494       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 495               rep.toString(),
 496               "Representative wasn't the same when recovered.");
 497       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 498               "Display reference sequence view setting not set.");
 499       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 500               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 501     }
 502   }
 503
 504   @Test(groups = { "Functional" })
 505   public void testIsVersionStringLaterThan()
 506   {
 507     /*
 508      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 509      * compatible
 510      */
 511     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 512     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 513     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 514     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 515             "Development Build"));
 516     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 517             "DEVELOPMENT BUILD"));
 518     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 519             "Development Build"));
 520     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 521     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 522     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 523     assertTrue(Jalview2XML
 524             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 525     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 526             "Automated Build"));
 527     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 528             "AUTOMATED BUILD"));
 529
 530     /*
 531      * same version returns true i.e. compatible
 532      */
 533     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 534     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 535     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 536     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 538
 539     /*
 540      * later version returns true
 541      */
 542     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 547
 548     /*
 549      * earlier version returns false
 550      */
 551     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 552     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 553     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 554     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 555     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 560    * representative sequence) in each view.
 561    *
 562    * @throws Exception
 563    */
 564   @Test(groups = { "Functional" })
 565   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 566   {
 567     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 568     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 569             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
 570     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 571     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 572     // make a second view of the alignment
 573     af.newView_actionPerformed(null);
 574
 575     /*
 576      * remember representative and hidden sequences marked
 577      * on each panel
 578      */
 579     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 580     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 581
 582     /*
 583      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 584      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 585      */
 586     int n = 1;
 587     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 588     {
 589       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 590       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 591       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 592       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 593       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 594       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 595       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 596       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 597       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 598
 599       /*
 600        * have rep sequence represent itself and the one before it
 601        * this hides the group (except for the rep seq)
 602        */
 603       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 604       sg.addSequence(repSeq, false);
 605       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 606       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 607       sg.setSeqrep(repSeq);
 608       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 609       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 610       av.setSelectionGroup(sg);
 611       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 612
 613       /*
 614        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 615        * (it does not create a group on the alignment)
 616        */
 617       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 618       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 619       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 620       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 621       assertTrue("alignment has groups", alignment.getGroups().isEmpty());
 622       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av.getHiddenRepSequences();
 623       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 624       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 625       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 626       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 627       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 628       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 629
 630       n++;
 631     }
 632     File tfile = File
 633             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 634             ".jvp");
 635     try
 636     {
 637       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 638     } catch (Throwable e)
 639     {
 640       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 641     }
 642     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 643     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 644     {
 645       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 646     }
 647
 648     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 649             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 650     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 651
 652     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 653     {
 654       String viewName = ap.getViewName();
 655       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 656       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 657       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 658       assertNotNull(groups);
 659       assertTrue("Alignment has groups", groups.isEmpty());
 660       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 661               .getHiddenRepSequences();
 662       assertNotNull("No hidden represented sequences", hiddenRepSeqsMap);
 663       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 664       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 665               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 666                       .getDisplayId(true));
 667
 668       /*
 669        * verify hidden sequences in restored panel
 670        */
 671       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 672       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 673       assertEquals(
 674               "wrong number of restored hidden sequences in "
 675                       + ap.getViewName(),
 676               hidden.size(), hs.getSize());
 677     }
 678   }
 679 }