test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  29 import jalview.api.ViewStyleI;
  30 import jalview.bin.Cache;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.gui.AlignFrame;
  37 import jalview.gui.Desktop;
  38 import jalview.gui.Jalview2XML;
  39 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  40 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42
  43 import java.io.File;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.HashMap;
  46 import java.util.List;
  47 import java.util.Map;
  48
  49 import org.testng.Assert;
  50 import org.testng.AssertJUnit;
  51 import org.testng.annotations.AfterClass;
  52 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  53 import org.testng.annotations.Test;
  54
  55 @Test(singleThreaded = true)
  56 public class Jalview2xmlTests
  57 {
  58
  59   /**
  60    * @throws java.lang.Exception
  61    */
  62   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  63   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  64   {
  65     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  66         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  67   }
  68
  69   /**
  70    * @throws java.lang.Exception
  71    */
  72   @AfterClass(alwaysRun = true)
  73   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  74   {
  75     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  76   }
  77
  78   int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  79   {
  80     int numdsann = 0;
  81     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  82     {
  83       if (sq.getAnnotation() != null)
  84       {
  85         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  86         {
  87           if (dssa.isValidStruc())
  88           {
  89             numdsann++;
  90           }
  91         }
  92       }
  93     }
  94     return numdsann;
  95   }
  96
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
  99   {
 100     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 101     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 102             .getAbsolutePath();
 103     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 104             inFile, FormatAdapter.FILE);
 105     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 106     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 107     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 108     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 109     assertTrue(
 110             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 111             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 112     assertTrue("Failed to store as a project.",
 113             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 114     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 115     af = null;
 116     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 117             FormatAdapter.FILE);
 118     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 119     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 120     assertTrue(
 121             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 122                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 123             olddsann == newdsann);
 124     System.out
 125             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 126                     + olddsann + ")");
 127     assertTrue(
 128             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 129             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 130   }
 131
 132   @Test(groups = { "Functional" })
 133   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 134   {
 135     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 136     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 137             .getAbsolutePath();
 138     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 139             inFile, FormatAdapter.FILE);
 140     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 141     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 142     assertTrue(
 143             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 144             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 145                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 146     assertTrue(
 147             "Recognise T-Coffee score from string",
 148             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 149                     .getAlignment(),
 150                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 151                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 152
 153     assertTrue("Failed to store as a project.",
 154             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 155     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 156     af = null;
 157     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 158             FormatAdapter.FILE);
 159     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 160     assertTrue(
 161             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 162             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 163                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 164     System.out
 165             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 166   }
 167
 168   @Test(groups = { "Functional" })
 169   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 170   {
 171     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 172     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 173             .getAbsolutePath();
 174     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 175             inFile, FormatAdapter.FILE);
 176     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 177     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 178     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 179             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 180     assertTrue(
 181             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 182             aa != null && aa.length > 0);
 183     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 184             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 185     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 186             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 187     cs.setSeqAssociated(true);
 188     gcs.setSeqAssociated(true);
 189     af.changeColour(cs);
 190     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 191     sg.setStartRes(57);
 192     sg.setEndRes(92);
 193     sg.cs = gcs;
 194     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 195     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 196     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 197     af.alignPanel.alignmentChanged();
 198     assertTrue("Failed to store as a project.",
 199             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 200     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 201     af = null;
 202     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 203             FormatAdapter.FILE);
 204     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 205
 206     // check for group and alignment colourschemes
 207
 208     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 209     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 210             .get(0).cs;
 211     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 212     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 213             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 214     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 215     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 216             __rcs.isSeqAssociated());
 217
 218     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 219     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 220     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 221             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 222     {
 223       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 224               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 225       {
 226         diffseqcols = true;
 227       }
 228     }
 229     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 230     System.out
 231             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 232
 233     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 234     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 235             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 236     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 237     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 238             __rcs.isSeqAssociated());
 239
 240     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 241             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 242     {
 243       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 244               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 245       {
 246         diffgseqcols = true;
 247       }
 248     }
 249     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 250     System.out
 251             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 252   }
 253
 254   @Test(groups = { "Functional" })
 255   public void gatherViewsHere() throws Exception
 256   {
 257     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 258             .getAlignFrames().length;
 259     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 260             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 261     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 262     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 263             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 264
 265   }
 266
 267   @Test(groups = { "Functional" })
 268   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 269   {
 270     Cache.applicationProperties.setProperty("STRUCT_FROM_PDB",
 271             Boolean.TRUE.toString());
 272     Cache.applicationProperties.setProperty("ADD_SS_ANN",
 273             Boolean.TRUE.toString());
 274     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 275             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 276     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 277     AlignmentViewPanel sps = null;
 278     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 279     {
 280       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 281       {
 282         sps = ap;
 283         break;
 284       }
 285     }
 286     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 287     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 288     AlignmentAnnotation refan = null;
 289     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 290             .getAlignmentAnnotation())
 291     {
 292       if (ra.graph != 0)
 293       {
 294         refan = ra;
 295         break;
 296       }
 297     }
 298     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 299     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 300     // compare the manually added temperature factor annotation
 301     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 302     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 303     {
 304       AlignmentAnnotation alaa;
 305       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 306       alaa.adjustForAlignment();
 307       if (ala.graph == refan.graph)
 308       {
 309         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 310         {
 311           sq.findPosition(p);
 312           try
 313           {
 314             assertTrue(
 315                     "Mismatch at alignment position " + p,
 316                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 317                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 318           } catch (NullPointerException q)
 319           {
 320             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 321                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 322                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 323           }
 324         }
 325       }
 326     }
 327
 328   }
 329
 330   @Test(groups = { "Functional" })
 331   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 332   {
 333     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 334             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 335     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 336     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 337     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 338     {
 339       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 340       {
 341         sps = ap;
 342       }
 343       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 344       {
 345         groups = ap;
 346       }
 347     }
 348     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 349     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 350
 351     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 352     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 353     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 354
 355     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 356     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 357             .getViewStyle()));
 358     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 359             .getViewStyle()));
 360
 361   }
 362
 363   /**
 364    * test store and recovery of expanded views - currently this is disabled
 365    * since the Desktop.explodeViews method doesn't seem to result in the views
 366    * being expanded to distinct align frames when executed programmatically.
 367    *
 368    * @throws Exception
 369    */
 370   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 371   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 372   {
 373     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 374             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 375     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 376     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 377     {
 378       final AlignFrame xaf = af;
 379       af = null;
 380       new Thread(new Runnable()
 381       {
 382         @Override
 383         public void run()
 384         {
 385           Desktop.instance.explodeViews(xaf);
 386         }
 387       }).start();
 388       Thread.sleep(1000);
 389     }
 390     // int times = 0;
 391     // while (++times < 5 && Desktop.getAlignFrames().length < )
 392     // {
 393     // Thread.sleep(300);
 394     // }
 395     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 396     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 397             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 398     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 399     try
 400     {
 401       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 402     } catch (Error e)
 403     {
 404       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 405     } catch (Exception e)
 406     {
 407       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 408     }
 409     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 410     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 411     {
 412       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 413     }
 414     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 415             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 416     Assert.assertNotNull(af);
 417     Assert.assertEquals(
 418             Desktop.getAlignFrames().length,
 419             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 420     Assert.assertEquals(
 421             oldviews,
 422             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 427    * in each view.
 428    *
 429    * @throws Exception
 430    */
 431   @Test(groups = { "Functional" })
 432   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 433   {
 434     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 435     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 436             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 437     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 438     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 439
 440     /*
 441      * remember representative and hidden sequences marked
 442      * on each panel
 443      */
 444     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 445     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 446
 447     /*
 448      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 449      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 450      */
 451     int n = 1;
 452     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 453     {
 454       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 455       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 456       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 457       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 458       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 459       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 460       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 461
 462       /*
 463        * hide rep sequence and the one before it
 464        */
 465       SequenceI seqToHide = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 466       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 467       sg.addSequence(seqToHide, false);
 468       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 469       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 470       av.setSelectionGroup(sg);
 471       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(seqToHide, true);
 472
 473       /*
 474        * record names of hidden sequences
 475        */
 476       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 477       for (SequenceI seq : hs.hiddenSequences)
 478       {
 479         if (seq != null)
 480         {
 481           hiddenNames.add(seq.getName());
 482         }
 483       }
 484       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 485       // todo refactor this to an alignment view controller
 486       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 487       av.setColourByReferenceSeq(true);
 488       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 489
 490       n++;
 491     }
 492     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 493             ".jvp");
 494     try
 495     {
 496       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 497     } catch (Throwable e)
 498     {
 499       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 500     }
 501     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 502     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 503     {
 504       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 505     }
 506
 507     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 508             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 509     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 510
 511     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 512     {
 513       // check representative
 514       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 515       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 516       Assert.assertNotNull(rep,
 517               "Couldn't restore sequence representative from project");
 518       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 519       // will be different.
 520       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 521       // load/saves.
 522       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 523               rep.toString(),
 524               "Representative wasn't the same when recovered.");
 525       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 526               "Display reference sequence view setting not set.");
 527       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 528               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 529
 530       /*
 531        * verify hidden sequences in restored panel
 532        */
 533       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 534       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 535       assertEquals(
 536               "wrong number of restored hidden sequences in "
 537                       + ap.getViewName(),
 538               hidden.size(), hs.getSize());
 539     }
 540   }
 541
 542   @Test(groups = { "Functional" })
 543   public void testIsVersionStringLaterThan()
 544   {
 545     /*
 546      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 547      * compatible
 548      */
 549     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 551     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 553             "Development Build"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 555             "DEVELOPMENT BUILD"));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 557             "Development Build"));
 558     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 560     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 561     assertTrue(Jalview2XML
 562             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 563     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 564             "Automated Build"));
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 566             "AUTOMATED BUILD"));
 567
 568     /*
 569      * same version returns true i.e. compatible
 570      */
 571     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 572     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 573     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 576
 577     /*
 578      * later version returns true
 579      */
 580     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 581     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 582     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 583     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 584     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 585
 586     /*
 587      * earlier version returns false
 588      */
 589     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 590     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 591     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 592     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 593     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 594   }
 595 }