test/jalview/io/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.bin.Jalview;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  37 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.gui.AlignFrame;
  41 import jalview.gui.Desktop;
  42 import jalview.gui.Jalview2XML;
  43 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  45 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  46 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  47
  48 import java.io.File;
  49 import java.util.ArrayList;
  50 import java.util.HashMap;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Map;
  53
  54 import org.testng.Assert;
  55 import org.testng.AssertJUnit;
  56 import org.testng.annotations.AfterClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 @Test(singleThreaded = true)
  61 public class Jalview2xmlTests
  62 {
  63
  64   /**
  65    * @throws java.lang.Exception
  66    */
  67   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  68   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  69   {
  70     /*
  71      * use read-only test properties file
  72      */
  73     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  74
  75     /*
  76      * set news feed last read to a future time to ensure no
  77      * 'unread' news item is displayed
  78      */
  79     String oneHourFromNow = Cache.date_format
  80             .format(System.currentTimeMillis() + 3600 * 1000);
  81     Cache.setProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED", oneHourFromNow);
  82
  83     Jalview.main(new String[] {});
  84   }
  85
  86   /**
  87    * @throws java.lang.Exception
  88    */
  89   @AfterClass(alwaysRun = true)
  90   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  91   {
  92     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  93   }
  94
  95   int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  96   {
  97     int numdsann = 0;
  98     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  99     {
 100       if (sq.getAnnotation() != null)
 101       {
 102         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
 103         {
 104           if (dssa.isValidStruc())
 105           {
 106             numdsann++;
 107           }
 108         }
 109       }
 110     }
 111     return numdsann;
 112   }
 113
 114   @Test(groups = { "Functional" })
 115   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 116   {
 117     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 118     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 119             .getAbsolutePath();
 120     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 121             inFile, FormatAdapter.FILE);
 122     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 123     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 124     assertTrue("Didn't find any dataset annotations", olddsann > 0);
 125     af.rnahelicesColour_actionPerformed(null);
 126     assertTrue(
 127             "Couldn't apply RNA helices colourscheme",
 128             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 129     assertTrue("Failed to store as a project.",
 130             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 131     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 132     af = null;
 133     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 134             FormatAdapter.FILE);
 135     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 136     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 137     assertTrue(
 138             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 139                     + olddsann + " and now " + newdsann,
 140             olddsann == newdsann);
 141     System.out
 142             .println("Read in same number of annotations as originally present ("
 143                     + olddsann + ")");
 144     assertTrue(
 145             "RNA helices colourscheme was not applied on import.",
 146             af.getViewport().getGlobalColourScheme() instanceof jalview.schemes.RNAHelicesColour);
 147   }
 148
 149   @Test(groups = { "Functional" })
 150   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 151   {
 152     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 153     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 154             .getAbsolutePath();
 155     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 156             inFile, FormatAdapter.FILE);
 157     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 158     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 159     assertTrue(
 160             "Didn't set T-coffee colourscheme",
 161             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 162                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 163     assertTrue(
 164             "Recognise T-Coffee score from string",
 165             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport()
 166                     .getAlignment(),
 167                     jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColourName(af
 168                             .getViewport().getGlobalColourScheme())) != null);
 169
 170     assertTrue("Failed to store as a project.",
 171             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 172     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 173     af = null;
 174     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 175             FormatAdapter.FILE);
 176     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 177     assertTrue(
 178             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.",
 179             af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass()
 180                     .equals(jalview.schemes.TCoffeeColourScheme.class));
 181     System.out
 182             .println("T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 183   }
 184
 185   @Test(groups = { "Functional" })
 186   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 187   {
 188     String inFile = "examples/uniref50.fa", inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 189     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 190             .getAbsolutePath();
 191     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 192             inFile, FormatAdapter.FILE);
 193     assertTrue("Didn't read input file " + inFile, af != null);
 194     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, FormatAdapter.FILE, null, null);
 195     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 196             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 197     assertTrue(
 198             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.",
 199             aa != null && aa.length > 0);
 200     AnnotationColourGradient cs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 201             aa[0], null, AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 202     AnnotationColourGradient gcs = new jalview.schemes.AnnotationColourGradient(
 203             aa[0], null, AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 204     cs.setSeqAssociated(true);
 205     gcs.setSeqAssociated(true);
 206     af.changeColour(cs);
 207     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 208     sg.setStartRes(57);
 209     sg.setEndRes(92);
 210     sg.cs = gcs;
 211     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 212     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 213     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 214     af.alignPanel.alignmentChanged();
 215     assertTrue("Failed to store as a project.",
 216             af.saveAlignment(tfile, "Jalview"));
 217     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 218     af = null;
 219     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 220             FormatAdapter.FILE);
 221     assertTrue("Failed to import new project", af != null);
 222
 223     // check for group and alignment colourschemes
 224
 225     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 226     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups()
 227             .get(0).cs;
 228     assertTrue("Didn't recover global colourscheme", _rcs != null);
 229     assertTrue("Didn't recover annotation colour global scheme",
 230             _rcs instanceof AnnotationColourGradient);
 231     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 232     assertTrue("Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 233             __rcs.isSeqAssociated());
 234
 235     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 236     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 237     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 238             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 239     {
 240       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0]) != _rcs
 241               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5]))
 242       {
 243         diffseqcols = true;
 244       }
 245     }
 246     assertTrue("Got Different sequence colours", diffseqcols);
 247     System.out
 248             .println("Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 249
 250     assertTrue("Didn't recover group colourscheme", _rgcs != null);
 251     assertTrue("Didn't recover annotation colour group colourscheme",
 252             _rgcs instanceof AnnotationColourGradient);
 253     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 254     assertTrue("Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated",
 255             __rcs.isSeqAssociated());
 256
 257     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment().getWidth(); p < pSize
 258             && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 259     {
 260       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1]) != _rgcs
 261               .findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2]))
 262       {
 263         diffgseqcols = true;
 264       }
 265     }
 266     assertTrue("Got Different group sequence colours", diffgseqcols);
 267     System.out
 268             .println("Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 269   }
 270
 271   @Test(groups = { "Functional" })
 272   public void gatherViewsHere() throws Exception
 273   {
 274     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0 : Desktop
 275             .getAlignFrames().length;
 276     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 277             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 278     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 279     assertTrue("Didn't gather the views in the example file.",
 280             Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount);
 281
 282   }
 283
 284   @Test(groups = { "Functional" })
 285   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 286   {
 287     // TODO: Make this pass without setting StructureParser.JALVIEW_PARSER
 288     // StructureImportSettings
 289     // .setDefaultPDBFileParser(StructureParser.JALVIEW_PARSER);
 290     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 291     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 292     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 293             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 294     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 295     AlignmentViewPanel sps = null;
 296     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 297     {
 298       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 299       {
 300         sps = ap;
 301         break;
 302       }
 303     }
 304     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 305     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 306     AlignmentAnnotation refan = null;
 307     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 308             .getAlignmentAnnotation())
 309     {
 310       if (ra.graph != 0)
 311       {
 312         refan = ra;
 313         break;
 314       }
 315     }
 316     assertTrue("Annotation secondary structure not found.", refan != null);
 317     assertTrue("Couldn't find 1a70 null chain", sq != null);
 318     // compare the manually added temperature factor annotation
 319     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 320     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 321     {
 322       AlignmentAnnotation alaa;
 323       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 324       alaa.adjustForAlignment();
 325       if (ala.graph == refan.graph)
 326       {
 327         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 328         {
 329           sq.findPosition(p);
 330           try
 331           {
 332             assertTrue(
 333                     "Mismatch at alignment position " + p,
 334                     (alaa.annotations[p] == null && refan.annotations[p] == null)
 335                             || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value);
 336           } catch (NullPointerException q)
 337           {
 338             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position "
 339                     + p + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 340                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 341           }
 342         }
 343       }
 344     }
 345
 346   }
 347
 348   @Test(groups = { "Functional" })
 349   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 350   {
 351     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 352             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 353     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 354     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 355     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 356     {
 357       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 358       {
 359         sps = ap;
 360       }
 361       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 362       {
 363         groups = ap;
 364       }
 365     }
 366     assertTrue("Couldn't find the structure view", sps != null);
 367     assertTrue("Couldn't find the MAFFT view", groups != null);
 368
 369     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 370     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 371     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 372
 373     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 374     AssertJUnit.assertFalse(groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 375             .getViewStyle()));
 376     Assert.assertTrue(structureStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport()
 377             .getViewStyle()));
 378
 379   }
 380
 381   /**
 382    * test store and recovery of expanded views
 383    *
 384    * @throws Exception
 385    */
 386   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 387   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 388   {
 389     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 390
 391     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 392             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 393     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 394     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 395     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 396
 397     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 398     // actually on the Desktop
 399     assertTrue(
 400             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window",
 401             af == Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()));
 402
 403     Desktop.explodeViews(af);
 404
 405     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 406     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 407             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 408     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 409     try
 410     {
 411       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 412     } catch (Error e)
 413     {
 414       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 415     } catch (Exception e)
 416     {
 417       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 418     }
 419     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 420     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 421     {
 422       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 423     }
 424     af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 425             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 426     Assert.assertNotNull(af);
 427     Assert.assertEquals(
 428             Desktop.getAlignFrames().length,
 429             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 430     Assert.assertEquals(
 431             oldviews,
 432             Desktop.getAlignmentPanels(af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 437    * in each view.
 438    *
 439    * @throws Exception
 440    */
 441   @Test(groups = { "Functional" })
 442   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 443   {
 444     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 445     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 446             "examples/exampleFile_2_7.jar", FormatAdapter.FILE);
 447     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 448     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 449
 450     // remember reference sequence for each panel
 451     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 452
 453     /*
 454      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 455      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 456      */
 457     int n = 1;
 458     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 459     {
 460       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 461       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 462       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 463       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 464       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 465
 466       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 467       // todo refactor this to an alignment view controller
 468       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 469       av.setColourByReferenceSeq(true);
 470       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 471
 472       n++;
 473     }
 474     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 475             ".jvp");
 476     try
 477     {
 478       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 479     } catch (Throwable e)
 480     {
 481       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 482     }
 483     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 484     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 485     {
 486       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 487     }
 488
 489     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 490             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 491     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 492
 493     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 494     {
 495       // check representative
 496       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 497       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 498       Assert.assertNotNull(rep,
 499               "Couldn't restore sequence representative from project");
 500       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 501       // will be different.
 502       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 503       // load/saves.
 504       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 505               rep.toString(),
 506               "Representative wasn't the same when recovered.");
 507       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 508               "Display reference sequence view setting not set.");
 509       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 510               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 511     }
 512   }
 513
 514   @Test(groups = { "Functional" })
 515   public void testIsVersionStringLaterThan()
 516   {
 517     /*
 518      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 519      * compatible
 520      */
 521     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 522     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 523     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 524     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 525             "Development Build"));
 526     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 527             "DEVELOPMENT BUILD"));
 528     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 529             "Development Build"));
 530     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 531     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 532     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 533     assertTrue(Jalview2XML
 534             .isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 535     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 536             "Automated Build"));
 537     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 538             "AUTOMATED BUILD"));
 539
 540     /*
 541      * same version returns true i.e. compatible
 542      */
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 547     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 548
 549     /*
 550      * later version returns true
 551      */
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 555     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 556     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 557
 558     /*
 559      * earlier version returns false
 560      */
 561     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 562     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 563     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 564     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 565     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 570    * representative sequence) in each view.
 571    *
 572    * @throws Exception
 573    */
 574   @Test(groups = { "Functional" })
 575   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 576   {
 577     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 578     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 579             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
 580     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
 581     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 582     // make a second view of the alignment
 583     af.newView_actionPerformed(null);
 584
 585     /*
 586      * remember representative and hidden sequences marked
 587      * on each panel
 588      */
 589     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<String, SequenceI>();
 590     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<String, List<String>>();
 591
 592     /*
 593      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 594      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 595      */
 596     int n = 1;
 597     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 598     {
 599       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 600       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 601       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 602       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 603       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 604       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 605       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 606       List<String> hiddenNames = new ArrayList<String>();
 607       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 608
 609       /*
 610        * have rep sequence represent itself and the one before it
 611        * this hides the group (except for the rep seq)
 612        */
 613       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 614       sg.addSequence(repSeq, false);
 615       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 616       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 617       sg.setSeqrep(repSeq);
 618       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 619       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 620       av.setSelectionGroup(sg);
 621       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 622
 623       /*
 624        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 625        * (it does not create a group on the alignment)
 626        */
 627       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 628       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 629       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 630       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 631       assertTrue("alignment has groups", alignment.getGroups().isEmpty());
 632       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av.getHiddenRepSequences();
 633       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 634       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 635       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 636       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 637       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 638       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 639
 640       n++;
 641     }
 642     File tfile = File
 643             .createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 644             ".jvp");
 645     try
 646     {
 647       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 648     } catch (Throwable e)
 649     {
 650       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 651     }
 652     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 653     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 654     {
 655       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 656     }
 657
 658     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 659             tfile.getAbsolutePath(), FormatAdapter.FILE);
 660     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 661
 662     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 663     {
 664       String viewName = ap.getViewName();
 665       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 666       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 667       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 668       assertNotNull(groups);
 669       assertTrue("Alignment has groups", groups.isEmpty());
 670       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 671               .getHiddenRepSequences();
 672       assertNotNull("No hidden represented sequences", hiddenRepSeqsMap);
 673       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 674       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 675               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 676                       .getDisplayId(true));
 677
 678       /*
 679        * verify hidden sequences in restored panel
 680        */
 681       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 682       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 683       assertEquals(
 684               "wrong number of restored hidden sequences in "
 685                       + ap.getViewName(),
 686               hidden.size(), hs.getSize());
 687     }
 688   }
 689 }