test/jalview/io/PfamFormatInputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4
   5 import java.io.IOException;
   6
   7 import org.testng.Assert;
   8 import org.testng.annotations.Test;
   9
  10 public class PfamFormatInputTest
  11 {
  12   @Test
  13   public void testPfamFormatNoLimits() throws IOException
  14   {
  15     AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile("ASEQ"
  16             + '\t' + "...--FFAFAFF--", DataSourceType.PASTE,
  17             FileFormat.Pfam);
  18     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
  19     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
  20             "Didn't extract limits from PFAM ID");
  21   }
  22
  23   @Test
  24   public void testPfamFormatValidLimits() throws IOException
  25   {
  26     AlignmentI al = new jalview.io.AppletFormatAdapter().readFile(
  27             "ASEQ/15-25" + '\t' + "...--FFAFAFF--",
  28  DataSourceType.PASTE,
  29             FileFormat.Pfam);
  30     Assert.assertEquals(1, al.getHeight(), "Wrong number of sequences");
  31     Assert.assertTrue(al.hasValidSequence(),
  32             "Didn't extract limits from PFAM ID");
  33   }
  34 }