test/jalview/io/vcf/VCFLoaderTest.java

   1 package jalview.io.vcf;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   5
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
   8 import jalview.datamodel.Mapping;
   9 import jalview.datamodel.Sequence;
  10 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  11 import jalview.datamodel.SequenceI;
  12 import jalview.datamodel.features.SequenceFeatures;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.io.DataSourceType;
  15 import jalview.io.FileLoader;
  16 import jalview.io.gff.Gff3Helper;
  17 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  18 import jalview.util.MapList;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.io.PrintWriter;
  23 import java.util.List;
  24
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26
  27 public class VCFLoaderTest
  28 {
  29   private static final float DELTA = 0.00001f;
  30
  31   // columns 9717- of gene P30419 from Ensembl (much modified)
  32   private static final String FASTA = ""
  33           +
  34           /*
  35            * forward strand 'gene' and 'transcript' with two exons
  36            */
  37           ">gene1/1-25 chromosome:GRCh38:17:45051610:45051634:1\n"
  38           + "CAAGCTGGCGGACGAGAGTGTGACA\n"
  39           + ">transcript1/1-18\n--AGCTGGCG----AGAGTGTGAC-\n"
  40
  41           /*
  42            * reverse strand gene and transcript (reverse complement alleles!)
  43            */
  44           + ">gene2/1-25 chromosome:GRCh38:17:45051610:45051634:-1\n"
  45           + "TGTCACACTCTCGTCCGCCAGCTTG\n"
  46           + ">transcript2/1-18\n" + "-GTCACACTCT----CGCCAGCT--\n"
  47
  48           /*
  49            * 'gene' on chromosome 5 with two transcripts
  50            */
  51           + ">gene3/1-25 chromosome:GRCh38:5:45051610:45051634:1\n"
  52           + "CAAGCTGGCGGACGAGAGTGTGACA\n"
  53           + ">transcript3/1-18\n--AGCTGGCG----AGAGTGTGAC-\n"
  54           + ">transcript4/1-18\n-----TGG-GGACGAGAGTGTGA-A\n";
  55
  56   private static final String[] VCF = { "##fileformat=VCFv4.2",
  57       "##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description=\"Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed\">",
  58       "##reference=Homo_sapiens/GRCh38",
  59       "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO",
  60       // A/T,C variants in position 2 of gene sequence (precedes transcript)
  61       // should create 2 variant features with respective scores
  62       "17\t45051611\t.\tA\tT,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=5.0e-03,4.0e-03",
  63       // SNP G/C in position 4 of gene sequence, position 2 of transcript
  64       // insertion G/GA is transferred to nucleotide but not to peptide
  65       "17\t45051613\t.\tG\tGA,C\t1666.64\tRF\tAC=15;AF=3.0e-03,2.0e-03" };
  66
  67   @Test(groups = "Functional")
  68   public void testDoLoad() throws IOException
  69   {
  70     AlignmentI al = buildAlignment();
  71     VCFLoader loader = new VCFLoader(al);
  72
  73     File f = makeVcf();
  74
  75     loader.doLoad(f.getPath(), null);
  76
  77     /*
  78      * verify variant feature(s) added to gene
  79      * NB alleles at a locus may not be processed, and features added,
  80      * in the order in which they appear in the VCF record as method
  81      * VariantContext.getAlternateAlleles() does not guarantee order
  82      * - order of assertions here matches what we find (is not important)
  83      */
  84     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.getSequenceAt(0)
  85             .getSequenceFeatures();
  86     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
  87     assertEquals(geneFeatures.size(), 4);
  88     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
  89     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
  90     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
  91     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
  92     assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
  93     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,C");
  94     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
  95     sf = geneFeatures.get(1);
  96     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
  97     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
  98     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
  99     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 100     assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
 101     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "A,T");
 102
 103     sf = geneFeatures.get(2);
 104     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 105     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 106     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 107     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 108     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 109     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 110
 111     sf = geneFeatures.get(3);
 112     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 113     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 114     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 115     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 116     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 117     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 118
 119     /*
 120      * verify variant feature(s) added to transcript
 121      */
 122     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.getSequenceAt(1)
 123             .getSequenceFeatures();
 124     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 2);
 125     sf = transcriptFeatures.get(0);
 126     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 127     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 128     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 129     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 130     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 131     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,C");
 132     sf = transcriptFeatures.get(1);
 133     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 134     assertEquals(sf.getBegin(), 2);
 135     assertEquals(sf.getEnd(), 2);
 136     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 137     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 138     assertEquals(sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES), "G,GA");
 139
 140     /*
 141      * verify SNP variant feature(s) computed and added to protein
 142      * first codon AGC varies to ACC giving S/T
 143      */
 144     DBRefEntry[] dbRefs = al.getSequenceAt(1).getDBRefs();
 145     SequenceI peptide = null;
 146     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 147     {
 148       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 149       {
 150         peptide = dbref.getMap().getTo();
 151       }
 152     }
 153     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 154     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 155     sf = proteinFeatures.get(0);
 156     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 157     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 158     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 159     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 160     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ser1Thr");
 161   }
 162
 163   private File makeVcf() throws IOException
 164   {
 165     File f = File.createTempFile("Test", ".vcf");
 166     f.deleteOnExit();
 167     PrintWriter pw = new PrintWriter(f);
 168     for (String vcfLine : VCF)
 169     {
 170       pw.println(vcfLine);
 171     }
 172     pw.close();
 173     return f;
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Make a simple alignment with one 'gene' and one 'transcript'
 178    *
 179    * @return
 180    */
 181   private AlignmentI buildAlignment()
 182   {
 183     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(FASTA,
 184             DataSourceType.PASTE);
 185
 186     /*
 187      * map gene1 sequence to chromosome (normally done when the sequence is fetched
 188      * from Ensembl and transcripts computed)
 189      */
 190     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 191     SequenceI gene1 = alignment.findName("gene1");
 192     int[] to = new int[] { 45051610, 45051634 };
 193     int[] from = new int[] { gene1.getStart(), gene1.getEnd() };
 194     gene1.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(from, to,
 195             1, 1));
 196
 197     /*
 198      * map 'transcript1' to chromosome via 'gene1'
 199      * transcript1/1-18 is gene1/3-10,15-24
 200      * which is chromosome 45051612-45051619,45051624-45051633
 201      */
 202     to = new int[] { 45051612, 45051619, 45051624, 45051633 };
 203     SequenceI transcript1 = alignment.findName("transcript1");
 204     from = new int[] { transcript1.getStart(), transcript1.getEnd() };
 205     transcript1.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(
 206             from, to,
 207             1, 1));
 208
 209     /*
 210      * map gene2 to chromosome reverse strand
 211      */
 212     SequenceI gene2 = alignment.findName("gene2");
 213     to = new int[] { 45051634, 45051610 };
 214     from = new int[] { gene2.getStart(), gene2.getEnd() };
 215     gene2.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(from, to,
 216             1, 1));
 217
 218     /*
 219      * map 'transcript2' to chromosome via 'gene2'
 220      * transcript2/1-18 is gene2/2-11,16-23
 221      * which is chromosome 45051633-45051624,45051619-45051612
 222      */
 223     to = new int[] { 45051633, 45051624, 45051619, 45051612 };
 224     SequenceI transcript2 = alignment.findName("transcript2");
 225     from = new int[] { transcript2.getStart(), transcript2.getEnd() };
 226     transcript2.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "17", new MapList(
 227             from, to,
 228             1, 1));
 229
 230     /*
 231      * add a protein product as a DBRef on transcript1
 232      */
 233     SequenceI peptide1 = new Sequence("ENSP001", "SWRECD");
 234     MapList mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 },
 235             3, 1);
 236     Mapping map = new Mapping(peptide1, mapList);
 237     DBRefEntry product = new DBRefEntry("", "", "ENSP001", map);
 238     transcript1.addDBRef(product);
 239
 240     /*
 241      * add a protein product as a DBRef on transcript2
 242      */
 243     SequenceI peptide2 = new Sequence("ENSP002", "VTLSPA");
 244     mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 }, 3, 1);
 245     map = new Mapping(peptide2, mapList);
 246     product = new DBRefEntry("", "", "ENSP002", map);
 247     transcript2.addDBRef(product);
 248
 249     /*
 250      * map gene3 to chromosome
 251      */
 252     SequenceI gene3 = alignment.findName("gene3");
 253     to = new int[] { 45051610, 45051634 };
 254     from = new int[] { gene3.getStart(), gene3.getEnd() };
 255     gene3.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(from, to,
 256             1, 1));
 257
 258     /*
 259      * map 'transcript3' to chromosome
 260      */
 261     SequenceI transcript3 = alignment.findName("transcript3");
 262     to = new int[] { 45051612, 45051619, 45051624, 45051633 };
 263     from = new int[] { transcript3.getStart(), transcript3.getEnd() };
 264     transcript3.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(
 265             from, to,
 266             1, 1));
 267
 268     /*
 269      * map 'transcript4' to chromosome
 270      */
 271     SequenceI transcript4 = alignment.findName("transcript4");
 272     to = new int[] { 45051615, 45051617, 45051619, 45051632, 45051634,
 273         45051634 };
 274     from = new int[] { transcript4.getStart(), transcript4.getEnd() };
 275     transcript4.setGeneLoci("homo_sapiens", "GRCh38", "5", new MapList(
 276             from, to,
 277             1, 1));
 278
 279     /*
 280      * add a protein product as a DBRef on transcript3
 281      */
 282     SequenceI peptide3 = new Sequence("ENSP003", "SWRECD");
 283     mapList = new MapList(new int[] { 1, 18 }, new int[] { 1, 6 }, 3, 1);
 284     map = new Mapping(peptide3, mapList);
 285     product = new DBRefEntry("", "", "ENSP003", map);
 286     transcript3.addDBRef(product);
 287
 288     return alignment;
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Test with 'gene' and 'transcript' mapped to the reverse strand of the
 293    * chromosome. The VCF variant positions (in forward coordinates) should get
 294    * correctly located on sequence positions.
 295    *
 296    * @throws IOException
 297    */
 298   @Test(groups = "Functional")
 299   public void testDoLoad_reverseStrand() throws IOException
 300   {
 301     AlignmentI al = buildAlignment();
 302
 303     VCFLoader loader = new VCFLoader(al);
 304
 305     File f = makeVcf();
 306
 307     loader.doLoad(f.getPath(), null);
 308
 309     /*
 310      * verify variant feature(s) added to gene2
 311      * gene/1-25 maps to chromosome 45051634- reverse strand
 312      * variants A/T, A/C at 45051611 and G/GA,G/C at 45051613 map to
 313      * T/A, T/G and C/TC,C/G at gene positions 24 and 22 respectively
 314      */
 315     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.getSequenceAt(2)
 316             .getSequenceFeatures();
 317     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 318     assertEquals(geneFeatures.size(), 4);
 319     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
 320     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 321     assertEquals(sf.getBegin(), 22);
 322     assertEquals(sf.getEnd(), 22);
 323     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 324     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 325     assertEquals("C,G", sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES));
 326
 327     sf = geneFeatures.get(1);
 328     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 329     assertEquals(sf.getBegin(), 22);
 330     assertEquals(sf.getEnd(), 22);
 331     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 332     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 333     assertEquals("C,TC", sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES));
 334
 335     sf = geneFeatures.get(2);
 336     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 337     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
 338     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
 339     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 340     assertEquals(sf.getScore(), 4.0e-03, DELTA);
 341     assertEquals("T,G", sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES));
 342
 343     sf = geneFeatures.get(3);
 344     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 345     assertEquals(sf.getBegin(), 24);
 346     assertEquals(sf.getEnd(), 24);
 347     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 348     assertEquals(sf.getScore(), 5.0e-03, DELTA);
 349     assertEquals("T,A", sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES));
 350
 351     /*
 352      * verify variant feature(s) added to transcript2
 353      * variants G/GA,G/C at position 22 of gene overlap and map to
 354      * C/TC,C/G at position 17 of transcript
 355      */
 356     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.getSequenceAt(3)
 357             .getSequenceFeatures();
 358     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 2);
 359     sf = transcriptFeatures.get(0);
 360     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 361     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 362     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 363     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 364     assertEquals(sf.getScore(), 2.0e-03, DELTA);
 365     assertEquals("C,G", sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES));
 366
 367     sf = transcriptFeatures.get(1);
 368     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 369     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 370     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 371     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 372     assertEquals(sf.getScore(), 3.0e-03, DELTA);
 373     assertEquals("C,TC", sf.getValue(Gff3Helper.ALLELES));
 374
 375     /*
 376      * verify variant feature(s) computed and added to protein
 377      * last codon GCT varies to GGT giving A/G in the last peptide position
 378      */
 379     DBRefEntry[] dbRefs = al.getSequenceAt(3).getDBRefs();
 380     SequenceI peptide = null;
 381     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 382     {
 383       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 384       {
 385         peptide = dbref.getMap().getTo();
 386       }
 387     }
 388     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 389     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 390     sf = proteinFeatures.get(0);
 391     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 392     assertEquals(sf.getBegin(), 6);
 393     assertEquals(sf.getEnd(), 6);
 394     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 395     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Ala6Gly");
 396   }
 397
 398   /**
 399    * Tests that if VEP consequence (CSQ) data is present in the VCF data, then
 400    * it is added to the variant feature, but restricted where possible to the
 401    * consequences for a specific transcript
 402    *
 403    * @throws IOException
 404    */
 405   @Test(groups = "Functional")
 406   public void testDoLoad_vepCsq() throws IOException
 407   {
 408     AlignmentI al = buildAlignment();
 409
 410     VCFLoader loader = new VCFLoader(al);
 411
 412     /*
 413      * VCF data file with variants at gene3 positions
 414      * 1 C/A
 415      * 5 C/T
 416      * 9 CGT/C (deletion)
 417      * 13 C/G, C/T
 418      * 17 A/AC (insertion), A/G
 419      */
 420     loader.doLoad("test/jalview/io/vcf/testVcf.dat", null);
 421
 422     /*
 423      * verify variant feature(s) added to gene3
 424      */
 425     List<SequenceFeature> geneFeatures = al.findName("gene3")
 426             .getSequenceFeatures();
 427     SequenceFeatures.sortFeatures(geneFeatures, true);
 428     assertEquals(geneFeatures.size(), 7);
 429     SequenceFeature sf = geneFeatures.get(0);
 430     assertEquals(sf.getBegin(), 1);
 431     assertEquals(sf.getEnd(), 1);
 432     assertEquals(sf.getScore(), 0.1f, DELTA);
 433     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,A");
 434     // gene features include Consequence for all transcripts
 435     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 436
 437     sf = geneFeatures.get(1);
 438     assertEquals(sf.getBegin(), 5);
 439     assertEquals(sf.getEnd(), 5);
 440     assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
 441     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 442     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 443
 444     sf = geneFeatures.get(2);
 445     assertEquals(sf.getBegin(), 9);
 446     assertEquals(sf.getEnd(), 11); // deletion over 3 positions
 447     assertEquals(sf.getScore(), 0.3f, DELTA);
 448     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "CGG,C");
 449     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 450
 451     sf = geneFeatures.get(3);
 452     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
 453     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
 454     assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
 455     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 456     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 457
 458     sf = geneFeatures.get(4);
 459     assertEquals(sf.getBegin(), 13);
 460     assertEquals(sf.getEnd(), 13);
 461     assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
 462     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
 463     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 464
 465     sf = geneFeatures.get(5);
 466     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 467     assertEquals(sf.getEnd(), 17);
 468     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 469     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 470     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 471
 472     sf = geneFeatures.get(6);
 473     assertEquals(sf.getBegin(), 17);
 474     assertEquals(sf.getEnd(), 17); // insertion
 475     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 476     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 477     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 2);
 478
 479     /*
 480      * verify variant feature(s) added to transcript3
 481      * at columns 5 (1), 17 (2), positions 3, 11
 482      * note the deletion at columns 9-11 is not transferred since col 11
 483      * has no mapping to transcript 3
 484      */
 485     List<SequenceFeature> transcriptFeatures = al.findName("transcript3")
 486             .getSequenceFeatures();
 487     SequenceFeatures.sortFeatures(transcriptFeatures, true);
 488     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 3);
 489     sf = transcriptFeatures.get(0);
 490     assertEquals(sf.getBegin(), 3);
 491     assertEquals(sf.getEnd(), 3);
 492     assertEquals(sf.getScore(), 0.2f, DELTA);
 493     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 494     // transcript features only have Consequence for that transcripts
 495     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 496     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript3"));
 497
 498     sf = transcriptFeatures.get(1);
 499     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 500     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 501     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 502     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 503     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 504     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript3"));
 505
 506     sf = transcriptFeatures.get(2);
 507     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 508     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 509     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 510     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 511     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 512     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript3"));
 513
 514     /*
 515      * verify variants computed on protein product for transcript3
 516      * peptide is SWRECD
 517      * codon variants are AGC/AGT position 1 which is synonymous
 518      * and GAG/GGG which is E/G in position 4
 519      * the insertion variant is not transferred to the peptide
 520      */
 521     DBRefEntry[] dbRefs = al.findName("transcript3").getDBRefs();
 522     SequenceI peptide = null;
 523     for (DBRefEntry dbref : dbRefs)
 524     {
 525       if (dbref.getMap().getMap().getFromRatio() == 3)
 526       {
 527         peptide = dbref.getMap().getTo();
 528       }
 529     }
 530     List<SequenceFeature> proteinFeatures = peptide.getSequenceFeatures();
 531     assertEquals(proteinFeatures.size(), 1);
 532     sf = proteinFeatures.get(0);
 533     assertEquals(sf.getFeatureGroup(), "VCF");
 534     assertEquals(sf.getBegin(), 4);
 535     assertEquals(sf.getEnd(), 4);
 536     assertEquals(sf.getType(), SequenceOntologyI.SEQUENCE_VARIANT);
 537     assertEquals(sf.getDescription(), "p.Glu4Gly");
 538
 539     /*
 540      * verify variant feature(s) added to transcript4
 541      * at columns 13 (2) and 17 (2), positions 7 and 11
 542      */
 543     transcriptFeatures = al.findName("transcript4").getSequenceFeatures();
 544     SequenceFeatures.sortFeatures(transcriptFeatures, true);
 545     assertEquals(transcriptFeatures.size(), 4);
 546     sf = transcriptFeatures.get(0);
 547     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
 548     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
 549     assertEquals(sf.getScore(), 0.5f, DELTA);
 550     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,T");
 551     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 552     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript4"));
 553
 554     sf = transcriptFeatures.get(1);
 555     assertEquals(sf.getBegin(), 7);
 556     assertEquals(sf.getEnd(), 7);
 557     assertEquals(sf.getScore(), 0.4f, DELTA);
 558     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "C,G");
 559     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 560     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript4"));
 561
 562     sf = transcriptFeatures.get(2);
 563     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 564     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 565     assertEquals(sf.getScore(), 0.7f, DELTA);
 566     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,G");
 567     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 568     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript4"));
 569
 570     sf = transcriptFeatures.get(3);
 571     assertEquals(sf.getBegin(), 11);
 572     assertEquals(sf.getEnd(), 11);
 573     assertEquals(sf.getScore(), 0.6f, DELTA);
 574     assertEquals(sf.getValue("alleles"), "A,AC");
 575     assertEquals(((String) sf.getValue("CSQ")).split(",").length, 1);
 576     assertTrue(sf.getValue("CSQ").toString().contains("transcript4"));
 577   }
 578 }