test/jalview/renderer/OverviewResColourFinderTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignViewport;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  32 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35
  36 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  37 import org.testng.annotations.Test;
  38
  39 public class OverviewResColourFinderTest
  40 {
  41
  42   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  43   public void setUpJvOptionPane()
  44   {
  45     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  46     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testGetResidueBoxColour_none()
  51   {
  52     SequenceI seq = new Sequence("name", "MA--TVLGSPRAPAFF");
  53     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  54     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  55     ResidueColourFinder rcf = new OverviewResColourFinder();
  56
  57     // gaps are grey, residues white
  58     assertEquals(Color.white, rcf.getResidueColour(av.getResidueShading(),
  59             null, seq, 0, null));
  60     assertEquals(Color.lightGray, rcf
  61             .getResidueColour(av.getResidueShading(), null, seq, 2, null));
  62   }
  63
  64   @Test(groups = { "Functional" })
  65   public void testGetResidueBoxColour_zappo()
  66   {
  67     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
  68                                                             // gap
  69     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  70     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
  71     ResidueColourFinder rcf = new OverviewResColourFinder();
  72     av.setGlobalColourScheme(new ZappoColourScheme());
  73
  74     // @see ResidueProperties.zappo
  75     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(av.getResidueShading(),
  76             null, seq, 0, null)); // M
  77     assertEquals(Color.green, rcf.getResidueColour(av.getResidueShading(),
  78             null, seq, 2, null)); // T
  79     assertEquals(Color.magenta, rcf.getResidueColour(av.getResidueShading(),
  80             null, seq, 5, null)); // G
  81     assertEquals(Color.orange, rcf.getResidueColour(av.getResidueShading(),
  82             null, seq, 12, null)); // F
  83
  84     // gap colour not specified so gaps are lightGray
  85     assertEquals(Color.lightGray, rcf
  86             .getResidueColour(av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
  87
  88     // gap colour not specified so gaps are lightGray
  89     assertEquals(Color.lightGray, rcf
  90             .getResidueColour(av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
  91
  92   }
  93
  94   @Test(groups = { "Functional" })
  95   public void testGetResidueBoxColour_userdef()
  96   {
  97     SequenceI seq = new Sequence("name", "MAT--GSPRAPAFF"); // FER1_MAIZE... + a
  98                                                             // gap
  99     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
 100     final AlignViewport av = new AlignViewport(al);
 101     ResidueColourFinder rcf = new OverviewResColourFinder();
 102
 103     Color[] newColours = new Color[24];
 104     for (int i = 0; i < 24; i++)
 105     {
 106       newColours[i] = null;
 107     }
 108
 109     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 110
 111     // gap colour not specified so gaps are lightGray
 112     assertEquals(Color.lightGray, rcf
 113             .getResidueColour(av.getResidueShading(), null, seq, 3, null));
 114
 115     newColours[23] = Color.pink;
 116     av.setGlobalColourScheme(new UserColourScheme(newColours));
 117
 118     // gap colour specified as pink
 119     assertEquals(Color.pink, rcf.getResidueColour(av.getResidueShading(),
 120             null, seq, 3, null));
 121   }
 122 }