test/jalview/schemes/ColourSchemePropertyTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.datamodel.Alignment;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.datamodel.Sequence;
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class ColourSchemePropertyTest
  13 {
  14   @Test
  15   public void testGetColourName()
  16   {
  17     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcd");
  18     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq });
  19     ColourSchemeI cs = new ClustalxColourScheme(al, null);
  20     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Clustal");
  21     cs = new Blosum62ColourScheme();
  22     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Blosum62");
  23     cs = new PIDColourScheme();
  24     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "% Identity");
  25     cs = new HydrophobicColourScheme();
  26     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Hydrophobic");
  27     cs = new ZappoColourScheme();
  28     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Zappo");
  29     cs = new TaylorColourScheme();
  30     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Taylor");
  31     cs = new HelixColourScheme();
  32     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  33             "Helix Propensity");
  34     cs = new StrandColourScheme();
  35     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  36             "Strand Propensity");
  37     cs = new TurnColourScheme();
  38     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Turn Propensity");
  39     cs = new BuriedColourScheme();
  40     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Buried Index");
  41     cs = new NucleotideColourScheme();
  42     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "Nucleotide");
  43     cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
  44     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  45             "Purine/Pyrimidine");
  46     cs = new TCoffeeColourScheme(al);
  47     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "T-Coffee Scores");
  48     cs = new RNAHelicesColour(al);
  49     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "RNA Helices");
  50     cs = new RNAInteractionColourScheme();
  51     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs),
  52             "RNA Interaction type");
  53     cs = new UserColourScheme();
  54     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  55
  56     /*
  57      * UserColourScheme may have a bespoke name
  58      */
  59     ((UserColourScheme) cs).setName("stripy");
  60     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "stripy");
  61     ((UserColourScheme) cs).setName("");
  62     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  63     ((UserColourScheme) cs).setName(null);
  64     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(cs), "User Defined");
  65
  66     assertEquals(ColourSchemeProperty.getColourName(null), "None");
  67   }
  68 }