test/jalview/schemes/ScoreMatrixPrinter.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  22
  23 import java.util.Map;
  24
  25 import org.junit.Test;
  26
  27
  28 public class ScoreMatrixPrinter
  29 {
  30   @Test
  31   public void printAllMatrices()
  32   {
  33     for (Map.Entry<String,ScoreModelI> sm: ResidueProperties.scoreMatrices.entrySet())
  34     {
  35       System.out.println("Matrix "+sm.getKey());
  36       System.out.println(sm.getValue().toString());
  37     }
  38   }
  39   @Test
  40   public void printHTMLMatrices()
  41   {
  42     for (Map.Entry<String,ScoreModelI> _sm: ResidueProperties.scoreMatrices.entrySet())
  43     {
  44       if (_sm.getValue() instanceof ScoreMatrix)
  45       {
  46         ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) _sm.getValue();
  47         System.out.println("Matrix "+_sm.getKey());
  48         System.out.println(sm.outputMatrix(true));
  49       }
  50     }
  51   }
  52
  53 }