test/jalview/structures/models/AAStructureBindingModelTest.java

   1 package jalview.structures.models;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Alignment;
   8 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   9 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  10 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  14 import jalview.structure.AtomSpec;
  15 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  16 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel.SuperposeData;
  17
  18 import java.util.Arrays;
  19 import java.util.List;
  20
  21 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  22 import org.testng.annotations.Test;
  23
  24 /**
  25  * Unit tests for non-abstract methods of abstract base class
  26  *
  27  * @author gmcarstairs
  28  *
  29  */
  30 public class AAStructureBindingModelTest
  31 {
  32   private static final String PDB_1 = "HEADER    COMPLEX (ANTI-ONCOGENE/ANKYRIN REPEATS) 30-SEP-96   1YCS              \n"
  33           + "ATOM      2  CA  VAL A  97      24.134   4.926  45.821  1.00 47.43           C  \n"
  34           + "ATOM      9  CA  PRO A  98      25.135   8.584  46.217  1.00 41.60           C  \n"
  35           + "ATOM     16  CA  SER A  99      28.243   9.596  44.271  1.00 39.63           C  \n"
  36           + "ATOM     22  CA  GLN A 100      31.488  10.133  46.156  1.00 35.60           C  \n"
  37           + "ATOM     31  CA  LYS A 101      33.323  11.587  43.115  1.00 41.69           C  \n";
  38
  39   private static final String PDB_2 = "HEADER    HYDROLASE                               09-SEP-09   3A6S              \n"
  40           + "ATOM      2  CA  MET A   1      15.366 -11.648  24.854  1.00 32.05           C  \n"
  41           + "ATOM     10  CA  LYS A   2      16.846  -9.215  22.340  1.00 25.68           C  \n"
  42           + "ATOM     19  CA  LYS A   3      15.412  -6.335  20.343  1.00 19.42           C  \n"
  43           + "ATOM     28  CA  LEU A   4      15.629  -5.719  16.616  1.00 15.49           C  \n"
  44           + "ATOM     36  CA  GLN A   5      14.412  -2.295  15.567  1.00 12.19           C  \n";
  45
  46   private static final String PDB_3 = "HEADER    STRUCTURAL GENOMICS                     04-MAR-03   1OOT              \n"
  47           + "ATOM      2  CA  SER A   1      29.427   3.330  -6.578  1.00 32.50           C  \n"
  48           + "ATOM      8  CA  PRO A   2      29.975   3.340  -2.797  1.00 17.62           C  \n"
  49           + "ATOM     16  CA ALYS A   3      26.958   3.024  -0.410  0.50  8.78           C  \n"
  50           + "ATOM     33  CA  ALA A   4      26.790   4.320   3.172  1.00 11.98           C  \n"
  51           + "ATOM     39  CA AVAL A   5      24.424   3.853   6.106  0.50 13.83           C  \n";
  52
  53   AAStructureBindingModel testee;
  54
  55   AlignmentI al = null;
  56
  57   /**
  58    * Set up test conditions with three aligned sequences,
  59    */
  60   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  61   public void setUp()
  62   {
  63     SequenceI seq1 = new Sequence("1YCS", "-VPSQK");
  64     SequenceI seq2 = new Sequence("3A6S", "MK-KLQ");
  65     SequenceI seq3 = new Sequence("1OOT", "SPK-AV");
  66     al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2, seq3 });
  67     al.setDataset(null);
  68
  69     PDBEntry[] pdbFiles = new PDBEntry[3];
  70     pdbFiles[0] = new PDBEntry("1YCS", "A", Type.PDB, "1YCS.pdb");
  71     pdbFiles[1] = new PDBEntry("3A6S", "B", Type.PDB, "3A6S.pdb");
  72     pdbFiles[2] = new PDBEntry("1OOT", "A", Type.PDB, "1OOT.pdb");
  73     String[][] chains = new String[3][];
  74     SequenceI[][] seqs = new SequenceI[3][];
  75     seqs[0] = new SequenceI[] { seq1 };
  76     seqs[1] = new SequenceI[] { seq2 };
  77     seqs[2] = new SequenceI[] { seq3 };
  78     StructureSelectionManager ssm = new StructureSelectionManager();
  79
  80     ssm.setMapping(new SequenceI[] { seq1 }, null, PDB_1,
  81             AppletFormatAdapter.PASTE);
  82     ssm.setMapping(new SequenceI[] { seq2 }, null, PDB_2,
  83             AppletFormatAdapter.PASTE);
  84     ssm.setMapping(new SequenceI[] { seq3 }, null, PDB_3,
  85             AppletFormatAdapter.PASTE);
  86
  87     testee = new AAStructureBindingModel(ssm, pdbFiles, seqs, chains, null)
  88     {
  89       @Override
  90       public String[] getPdbFile()
  91       {
  92         /*
  93          * fudge 'filenames' to match those generated when PDBFile parses PASTE
  94          * data
  95          */
  96         return new String[] { "INLINE1YCS", "INLINE3A6S", "INLINE1OOT" };
  97       }
  98
  99       @Override
 100       public void updateColours(Object source)
 101       {
 102       }
 103
 104       @Override
 105       public void releaseReferences(Object svl)
 106       {
 107       }
 108
 109       @Override
 110       public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 111       {
 112       }
 113     };
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Verify that the method determines that columns 2, 5 and 6 of the alignment
 118    * are alignable in structure
 119    */
 120   @Test(groups = { "Functional" })
 121   public void testFindSuperposableResidues()
 122   {
 123     SuperposeData[] structs = new SuperposeData[al.getHeight()];
 124     for (int i = 0; i < structs.length; i++)
 125     {
 126       structs[i] = testee.new SuperposeData(al.getWidth());
 127     }
 128     /*
 129      * initialise array of 'superposable columns' to true (would be false for
 130      * hidden columns)
 131      */
 132     boolean[] matched = new boolean[al.getWidth()];
 133     Arrays.fill(matched, true);
 134
 135     int refStructure = testee
 136             .findSuperposableResidues(al, matched, structs);
 137
 138     assertEquals(0, refStructure);
 139
 140     /*
 141      * only ungapped, structure-mapped columns are superposable
 142      */
 143     assertFalse(matched[0]); // gap in first sequence
 144     assertTrue(matched[1]);
 145     assertFalse(matched[2]); // gap in second sequence
 146     assertFalse(matched[3]); // gap in third sequence
 147     assertTrue(matched[4]);
 148     assertTrue(matched[5]);
 149   }
 150
 151   @Test(groups = { "Functional" })
 152   public void testFindSuperposableResidues_hiddenColumn()
 153   {
 154     SuperposeData[] structs = new SuperposeData[al.getHeight()];
 155     for (int i = 0; i < structs.length; i++)
 156     {
 157       structs[i] = testee.new SuperposeData(al.getWidth());
 158     }
 159     /*
 160      * initialise array of 'superposable columns' to true (would be false for
 161      * hidden columns)
 162      */
 163     boolean[] matched = new boolean[al.getWidth()];
 164     Arrays.fill(matched, true);
 165     // treat column 5 of the alignment as hidden
 166     matched[4] = false;
 167
 168     int refStructure = testee
 169             .findSuperposableResidues(al, matched, structs);
 170
 171     assertEquals(0, refStructure);
 172
 173     // only ungapped, structure-mapped columns are not superposable
 174     assertFalse(matched[0]);
 175     assertTrue(matched[1]);
 176     assertFalse(matched[2]);
 177     assertFalse(matched[3]);
 178     assertFalse(matched[4]); // superposable, but hidden, column
 179     assertTrue(matched[5]);
 180   }
 181 }