test/jalview/ws/jabaws/DisorderAnnotExportImport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25 import org.testng.annotations.AfterClass;
  26 import org.testng.annotations.Test;
  27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  28 import org.testng.Assert;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.io.AnnotationFile;
  32 import jalview.io.FormatAdapter;
  33 import jalview.io.StockholmFileTest;
  34 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  35 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  36 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  37
  38 import java.util.ArrayList;
  39 import java.util.List;
  40
  41 public class DisorderAnnotExportImport
  42 {
  43   public static String testseqs = "examples/uniref50.fa";
  44
  45   public static Jws2Discoverer disc;
  46
  47   public static List<Jws2Instance> iupreds;
  48
  49   jalview.ws.jws2.AADisorderClient disorderClient;
  50
  51   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  52
  53   @BeforeClass
  54   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  55   {
  56
  57     jalview.bin.Cache.initLogger();
  58     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  59     iupreds = new ArrayList<Jws2Instance>();
  60     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  61     {
  62       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("iupredws"))
  63       {
  64         iupreds.add(svc);
  65       }
  66     }
  67     assertTrue("Couldn't discover any IUPred services to use to test.",
  68             iupreds.size() > 0);
  69     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  70     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  71     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  72   }
  73
  74   @AfterClass
  75   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  76   {
  77     if (af != null)
  78     {
  79       af.setVisible(false);
  80       af.dispose();
  81     }
  82   }
  83
  84   /**
  85    * test for patches to JAL-1294
  86    */
  87   @Test
  88   public void testDisorderAnnotExport()
  89   {
  90     disorderClient = new AADisorderClient(iupreds.get(0), af, null, null);
  91     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(disorderClient);
  92     do
  93     {
  94       try
  95       {
  96         Thread.sleep(50);
  97       } catch (InterruptedException x)
  98       {
  99       }
 100       ;
 101     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 102     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 103     // NOTE: Consensus annotation row cannot be exported and reimported
 104     // faithfully - so we remove them
 105     List<AlignmentAnnotation> toremove = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
 106     for (AlignmentAnnotation aa : orig_alig.getAlignmentAnnotation())
 107     {
 108       if (aa.autoCalculated)
 109       {
 110         toremove.add(aa);
 111       }
 112     }
 113     for (AlignmentAnnotation aa : toremove)
 114     {
 115       orig_alig.deleteAnnotation(aa);
 116     }
 117     testAnnotationFileIO("Testing IUPred Annotation IO", orig_alig);
 118
 119   }
 120
 121   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 122   {
 123     try
 124     {
 125       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("PFAM",
 126               al.getSequencesArray());
 127       String anfileout = new AnnotationFile()
 128               .printAnnotationsForAlignment(al);
 129       assertTrue(
 130               "Test "
 131                       + testname
 132                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 133               anfileout != null);
 134       assertTrue(
 135               "Test "
 136                       + testname
 137                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 138               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 139
 140       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 141               + "\n<<EOF\n");
 142
 143       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 144               FormatAdapter.PASTE, "PFAM");
 145       assertTrue(
 146               "Test "
 147                       + testname
 148                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 149               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 150                       FormatAdapter.PASTE));
 151
 152       // test for consistency in io
 153       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new, true);
 154       return;
 155     } catch (Exception e)
 156     {
 157       e.printStackTrace();
 158     }
 159     Assert.fail("Test "
 160             + testname
 161             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 162   }
 163
 164 }