test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

   1 package jalview.ws.jabaws;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import java.awt.Component;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13
  14 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  15 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  17 import jalview.datamodel.Annotation;
  18 import jalview.gui.Jalview2XML;
  19 import jalview.io.AnnotationFile;
  20 import jalview.io.FormatAdapter;
  21 import jalview.io.StockholmFileTest;
  22 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  23 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  24 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  25 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
  26 import jalview.ws.jws2.dm.JabaOption;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  29
  30 import org.junit.AfterClass;
  31 import org.junit.BeforeClass;
  32 import org.junit.Test;
  33
  34 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  35
  36 public class RNAStructExportImport
  37 {
  38   public static String testseqs = "examples/unfolded_RF00031.aln";
  39
  40   public static Jws2Discoverer disc;
  41
  42   public static Jws2Instance rnaalifoldws;
  43
  44   jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient alifoldClient;
  45
  46   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  47
  48   @BeforeClass
  49   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  50   {
  51
  52
  53     jalview.bin.Cache.initLogger();
  54     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  55
  56     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  57     {
  58
  59       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("rnaalifoldws"))
  60       {
  61         rnaalifoldws = svc;
  62       }
  63     }
  64
  65     System.out.println("State of rnaalifoldws: " + rnaalifoldws);
  66
  67     if (rnaalifoldws == null) System.exit(0);
  68
  69     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  70
  71     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  72
  73     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  74
  75   }
  76
  77   @AfterClass
  78   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  79   {
  80     if (af != null)
  81     {
  82       af.setVisible(false);
  83       af.dispose();
  84     }
  85   }
  86
  87   @Test
  88   public void testRNAStructExport()
  89   {
  90
  91
  92     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
  93
  94     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
  95
  96
  97     do
  98     {
  99       try
 100       {
 101         Thread.sleep(50);
 102       } catch (InterruptedException x)
 103       {
 104       }
 105       ;
 106     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 107
 108
 109     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 110
 111     testAnnotationFileIO("Testing RNAalifold Annotation IO", orig_alig);
 112
 113   }
 114
 115   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 116   {
 117     try
 118     {
 119         // what format would be appropriate for RNAalifold annotations?
 120       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("PFAM",
 121               al.getSequencesArray());
 122
 123
 124       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 125               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 126               al.getProperties());
 127       assertTrue(
 128               "Test "
 129                       + testname
 130                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 131               anfileout != null);
 132       assertTrue(
 133               "Test "
 134                       + testname
 135                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 136               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 137
 138       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 139               + "\n<<EOF\n");
 140
 141       // again what format would be appropriate?
 142       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 143               FormatAdapter.PASTE, "PFAM");
 144       assertTrue(
 145               "Test "
 146                       + testname
 147                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 148               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 149                       FormatAdapter.PASTE));
 150
 151       // test for consistency in io
 152       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
 153       return;
 154     } catch (Exception e)
 155     {
 156       e.printStackTrace();
 157     }
 158     fail("Test "
 159             + testname
 160             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 161   }
 162
 163   @Test
 164   public void testRnaalifoldSettingsRecovery()
 165   {
 166     List<compbio.metadata.Argument> opts = new ArrayList<compbio.metadata.Argument>();
 167     for (compbio.metadata.Argument rg : (List<compbio.metadata.Argument>) rnaalifoldws
 168             .getRunnerConfig().getArguments())
 169     {
 170       if (rg.getDescription().contains("emperature"))
 171       {
 172         try
 173         {
 174           rg.setValue("292");
 175         } catch (WrongParameterException q)
 176         {
 177           fail("Couldn't set the temperature parameter "
 178                   + q.getStackTrace());
 179         }
 180         opts.add(rg);
 181       }
 182       if (rg.getDescription().contains("max"))
 183       {
 184         opts.add(rg);
 185       }
 186     }
 187     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, opts);
 188
 189     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 190
 191     do
 192     {
 193       try
 194       {
 195         Thread.sleep(50);
 196       } catch (InterruptedException x)
 197       {
 198       }
 199       ;
 200     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 201     AutoCalcSetting oldacs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(alifoldClient.getCalcId());
 202     String oldsettings = oldacs.getWsParamFile();
 203     // write out parameters
 204     jalview.gui.AlignFrame nalf=null;
 205     assertTrue("Couldn't write out the Jar file",new Jalview2XML(false).SaveAlignment(af, "testRnalifold_param.jar","trial parameter writeout"));
 206     assertTrue("Couldn't read back the Jar file",(nalf = new Jalview2XML(false).LoadJalviewAlign("testRnalifold_param.jar"))!=null);
 207     if (nalf!=null)
 208     {
 209       AutoCalcSetting acs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(alifoldClient.getCalcId());
 210       assertTrue("Calc ID settings not recovered from viewport stash", acs.equals(oldacs));
 211       assertTrue("Serialised Calc ID settings not identical to those recovered from viewport stash", acs.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 212       JMenu nmenu=new JMenu();
 213       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(nmenu, rnaalifoldws, af);
 214       assertTrue("Couldn't get menu entry for service",nmenu.getItemCount()>0);
 215       for (Component itm: nmenu.getMenuComponents())
 216       {
 217         if (itm instanceof JMenuItem)
 218         {
 219           JMenuItem i = (JMenuItem) itm;
 220           if (i.getText().equals(rnaalifoldws.getAlignAnalysisUI().getAAconToggle()))
 221                   {
 222             i.doClick();
 223             break;
 224                   }
 225         }
 226       }
 227       while (af.getViewport().isCalcInProgress())
 228       {
 229         try { Thread.sleep(200);
 230         } catch (Exception x) {};
 231       }
 232       AutoCalcSetting acs2 = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(alifoldClient.getCalcId());
 233       assertTrue("Calc ID settings after recalculation has not been recovered.", acs2.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 234     }
 235   }
 236 }