unused/appletgui/PaintRefresher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  25 \r
  26 import java.awt.Component;\r
  27 import java.util.Enumeration;\r
  28 import java.util.Hashtable;\r
  29 import java.util.List;\r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  * \r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class PaintRefresher\r
  39 {\r
  40   static Hashtable components;\r
  41 \r
  42   /**\r
  43    * DOCUMENT ME!\r
  44    * \r
  45    * @param comp\r
  46    *          DOCUMENT ME!\r
  47    * @param al\r
  48    *          DOCUMENT ME!\r
  49    */\r
  50   public static void Register(Component comp, String seqSetId)\r
  51   {\r
  52     if (components == null)\r
  53     {\r
  54       components = new Hashtable();\r
  55     }\r
  56 \r
  57     if (components.containsKey(seqSetId))\r
  58     {\r
  59       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);\r
  60       if (!comps.contains(comp))\r
  61       {\r
  62         comps.addElement(comp);\r
  63       }\r
  64     }\r
  65     else\r
  66     {\r
  67       Vector vcoms = new Vector();\r
  68       vcoms.addElement(comp);\r
  69       components.put(seqSetId, vcoms);\r
  70     }\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public static void RemoveComponent(Component comp)\r
  74   {\r
  75     if (components == null)\r
  76     {\r
  77       return;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     Enumeration en = components.keys();\r
  81     while (en.hasMoreElements())\r
  82     {\r
  83       String id = en.nextElement().toString();\r
  84       Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
  85       comps.removeElement(comp);\r
  86       if (comps.size() == 0)\r
  87       {\r
  88         components.remove(id);\r
  89       }\r
  90     }\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public static void Refresh(Component source, String id)\r
  94   {\r
  95     Refresh(source, id, false, false);\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public static void Refresh(Component source, String id,\r
  99           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)\r
 100   {\r
 101     if (components == null)\r
 102     {\r
 103       return;\r
 104     }\r
 105 \r
 106     Component comp;\r
 107     Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
 108 \r
 109     if (comps == null)\r
 110     {\r
 111       return;\r
 112     }\r
 113 \r
 114     Enumeration e = comps.elements();\r
 115     while (e.hasMoreElements())\r
 116     {\r
 117       comp = (Component) e.nextElement();\r
 118 \r
 119       if (comp == source)\r
 120       {\r
 121         continue;\r
 122       }\r
 123 \r
 124       if (!comp.isValid())\r
 125       {\r
 126         comps.removeElement(comp);\r
 127       }\r
 128       else if (validateSequences && comp instanceof AlignmentPanel\r
 129               && source instanceof AlignmentPanel)\r
 130       {\r
 131         validateSequences(((AlignmentPanel) source).av.getAlignment(),\r
 132                 ((AlignmentPanel) comp).av.getAlignment());\r
 133       }\r
 134 \r
 135       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)\r
 136       {\r
 137         ((AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();\r
 138       }\r
 139 \r
 140       comp.repaint();\r
 141     }\r
 142   }\r
 143 \r
 144   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)\r
 145   {\r
 146     SequenceI[] a1;\r
 147     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 148     {\r
 149       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment()\r
 150               .getSequencesArray();\r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       a1 = source.getSequencesArray();\r
 155     }\r
 156 \r
 157     SequenceI[] a2;\r
 158     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 159     {\r
 160       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 161     }\r
 162     else\r
 163     {\r
 164       a2 = comp.getSequencesArray();\r
 165     }\r
 166 \r
 167     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;\r
 168 \r
 169     if (iSize == jSize)\r
 170     {\r
 171       return;\r
 172     }\r
 173 \r
 174     boolean exists = false;\r
 175     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 176     {\r
 177       exists = false;\r
 178 \r
 179       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 180       {\r
 181         if (a2[j] == a1[i])\r
 182         {\r
 183           exists = true;\r
 184           break;\r
 185         }\r
 186       }\r
 187 \r
 188       if (!exists)\r
 189       {\r
 190         if (i < comp.getHeight())\r
 191         {\r
 192           // TODO: the following does not trigger any recalculation of\r
 193           // height/etc, or maintain the dataset\r
 194           List<SequenceI> alsq;\r
 195           synchronized (alsq = comp.getSequences())\r
 196           {\r
 197             alsq.add(i, a1[i]);\r
 198           }\r
 199         }\r
 200         else\r
 201         {\r
 202           comp.addSequence(a1[i]);\r
 203         }\r
 204 \r
 205         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 206         {\r
 207           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment()\r
 208                   .getSequencesArray();\r
 209         }\r
 210         else\r
 211         {\r
 212           a2 = comp.getSequencesArray();\r
 213         }\r
 214 \r
 215         jSize = a2.length;\r
 216       }\r
 217     }\r
 218 \r
 219     iSize = a1.length;\r
 220     jSize = a2.length;\r
 221 \r
 222     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 223     {\r
 224       exists = false;\r
 225       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 226       {\r
 227         if (a2[j] == a1[i])\r
 228         {\r
 229           exists = true;\r
 230           break;\r
 231         }\r
 232       }\r
 233 \r
 234       if (!exists)\r
 235       {\r
 236         comp.deleteSequence(a2[j]);\r
 237       }\r
 238     }\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)\r
 242   {\r
 243     Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
 244     Vector tmp = new Vector();\r
 245     int i, iSize = comps.size();\r
 246     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 247     {\r
 248       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
 249       {\r
 250         tmp.addElement(comps.elementAt(i));\r
 251       }\r
 252     }\r
 253     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];\r
 254     for (int ix = 0; ix < result.length; ix++)\r
 255     {\r
 256       result[ix] = (AlignmentPanel) tmp.elementAt(ix);\r
 257     }\r
 258 \r
 259     return result;\r
 260   }\r
 261 \r
 262 }\r