unused/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)\r
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3\r
  10  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  11  *  \r
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  16  * \r
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.\r
  20  */\r
  21 package jalview.appletgui;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.EditCommand.Action;\r
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  31 import jalview.util.MessageManager;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.JFrame;\r
  34 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  35 import java.awt.event.AdjustmentEvent;\r
  36 import java.awt.event.AdjustmentListener;\r
  37 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  38 import java.awt.event.WindowListener;\r
  39 import java.util.ArrayList;\r
  40 import java.util.List;\r
  41 import java.util.Stack;\r
  42 import java.util.Vector;\r
  43 \r
  44 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,\r
  45         WindowListener\r
  46 {\r
  47   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  48 \r
  49   float[] redundancy;\r
  50 \r
  51   SequenceI[] originalSequences;\r
  52 \r
  53   JFrame frame;\r
  54 \r
  55   Vector redundantSeqs;\r
  56 \r
  57   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  58   {\r
  59     super(ap, 0, false, null);\r
  60 \r
  61     redundantSeqs = new Vector();\r
  62     this.ap = ap;\r
  63     undoButton.setVisible(true);\r
  64     applyButton.setVisible(true);\r
  65     allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  66 \r
  67     label.setText(MessageManager\r
  68             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));\r
  69     valueField.setText("100");\r
  70 \r
  71     slider.setVisibleAmount(1);\r
  72     slider.setMinimum(0);\r
  73     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
  74     slider.setValue(100);\r
  75 \r
  76     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  77     {\r
  78       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  79       {\r
  80         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  81         sliderValueChanged();\r
  82       }\r
  83     });\r
  84 \r
  85     frame = new JFrame();\r
  86     frame.add(this);\r
  87     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager\r
  88             .getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);\r
  89 \r
  90     frame.addWindowListener(this);\r
  91 \r
  92     Thread worker = new Thread(this);\r
  93     worker.start();\r
  94   }\r
  95 \r
  96   /**\r
  97    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except\r
  98    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the\r
  99    * slider to dynamically hide redundant sequences\r
 100    * \r
 101    * @param threshold\r
 102    *          DOCUMENT ME!\r
 103    * @param sel\r
 104    *          DOCUMENT ME!\r
 105    * \r
 106    * @return DOCUMENT ME!\r
 107    */\r
 108   public void run()\r
 109   {\r
 110     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));\r
 111 \r
 112     slider.setVisible(false);\r
 113     applyButton.setEnabled(false);\r
 114     valueField.setVisible(false);\r
 115 \r
 116     validate();\r
 117 \r
 118     String[] omitHidden = null;\r
 119 \r
 120     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 121     int height;\r
 122 \r
 123     int start, end;\r
 124 \r
 125     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))\r
 126     {\r
 127       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());\r
 128       start = sg.getStartRes();\r
 129       end = sg.getEndRes();\r
 130     }\r
 131     else\r
 132     {\r
 133       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();\r
 134       start = 0;\r
 135       end = ap.av.getAlignment().getWidth();\r
 136     }\r
 137 \r
 138     height = originalSequences.length;\r
 139 \r
 140     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,\r
 141             omitHidden, start, end, false);\r
 142     label.setText(MessageManager\r
 143             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));\r
 144     slider.setVisible(true);\r
 145     applyButton.setEnabled(true);\r
 146     valueField.setVisible(true);\r
 147 \r
 148     validate();\r
 149     sliderValueChanged();\r
 150     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 151   }\r
 152 \r
 153   void sliderValueChanged()\r
 154   {\r
 155     if (redundancy == null)\r
 156     {\r
 157       return;\r
 158     }\r
 159 \r
 160     float value = slider.getValue();\r
 161 \r
 162     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();\r
 163     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 164     {\r
 165       if (value <= redundancy[i])\r
 166       {\r
 167         redundantSequences.add(originalSequences[i]);\r
 168       }\r
 169     }\r
 170 \r
 171     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSequences);\r
 172     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);\r
 173 \r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void applyButton_actionPerformed()\r
 177   {\r
 178     Vector del = new Vector();\r
 179 \r
 180     undoButton.setEnabled(true);\r
 181 \r
 182     float value = slider.getValue();\r
 183     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 184 \r
 185     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 186     {\r
 187       if (value <= redundancy[i])\r
 188       {\r
 189         del.addElement(originalSequences[i]);\r
 190       }\r
 191     }\r
 192 \r
 193     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame\r
 194     // will\r
 195     // actually restore these sequences.\r
 196     if (del.size() > 0)\r
 197     {\r
 198       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];\r
 199 \r
 200       int width = 0;\r
 201       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 202       {\r
 203         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 204         if (deleted[i].getLength() > width)\r
 205         {\r
 206           width = deleted[i].getLength();\r
 207         }\r
 208       }\r
 209 \r
 210       EditCommand cut = new EditCommand(MessageManager.getString("action.remove_redundancy"),\r
 211               Action.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());\r
 212       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();\r
 213       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 214       {\r
 215         alignment.deleteSequence(deleted[i]);\r
 216         if (sg != null)\r
 217         {\r
 218           sg.deleteSequence(deleted[i], false);\r
 219         }\r
 220       }\r
 221 \r
 222       historyList.push(cut);\r
 223 \r
 224       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);\r
 225 \r
 226       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);\r
 227        ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 228     }\r
 229 \r
 230   }\r
 231 \r
 232   public void undoButton_actionPerformed()\r
 233   {\r
 234     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();\r
 235     command.undoCommand(null);\r
 236 \r
 237     if (ap.av.getHistoryList().contains(command))\r
 238     {\r
 239       ap.av.getHistoryList().remove(command);\r
 240       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 241       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 242     }\r
 243 \r
 244     ap.paintAlignment(true);\r
 245 \r
 246     if (historyList.size() == 0)\r
 247     {\r
 248       undoButton.setEnabled(false);\r
 249     }\r
 250   }\r
 251 \r
 252   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 253   {\r
 254     try\r
 255     {\r
 256       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 257       slider.setValue(i);\r
 258     } catch (Exception ex)\r
 259     {\r
 260       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 261     }\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void windowOpened(WindowEvent evt)\r
 265   {\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 269   {\r
 270     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void windowClosed(WindowEvent evt)\r
 274   {\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public void windowActivated(WindowEvent evt)\r
 278   {\r
 279   }\r
 280 \r
 281   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)\r
 282   {\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void windowIconified(WindowEvent evt)\r
 286   {\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)\r
 290   {\r
 291   }\r
 292 }\r