unused/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;\r
   4 import jalview.api.AlignmentViewPanel;\r
   5 import jalview.api.ViewStyleI;\r
   6 import jalview.bin.JalviewLite;\r
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
   9 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;\r
  10 \r
  11 import java.awt.BorderLayout;\r
  12 import java.awt.Dimension;\r
  13 import java.awt.GridLayout;\r
  14 \r
  15 import javax.swing.JPanel;\r
  16 \r
  17 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame\r
  18 {\r
  19   private static final long serialVersionUID = 1L;\r
  20 \r
  21   private AlignFrame topFrame;\r
  22 \r
  23   private AlignFrame bottomFrame;\r
  24 \r
  25   private JPanel outermost;\r
  26   \r
  27 \r
  28   /**\r
  29    * Constructor\r
  30    */\r
  31   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)\r
  32   {\r
  33     topFrame = af1;\r
  34     bottomFrame = af2;\r
  35     init();\r
  36   }\r
  37 \r
  38   /**\r
  39    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second\r
  40    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to\r
  41    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a\r
  42    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).\r
  43    */\r
  44   public void init()\r
  45   {\r
  46     constructSplit();\r
  47 \r
  48     /*\r
  49      * Try to make and add dna/protein sequence mappings\r
  50      */\r
  51     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;\r
  52     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;\r
  53     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();\r
  54     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();\r
  55     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport\r
  56             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);\r
  57     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport\r
  58             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);\r
  59 \r
  60     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(\r
  61             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());\r
  62     if (mapped)\r
  63     {\r
  64       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager\r
  65               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);\r
  66       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());\r
  67       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);\r
  68       ssm.addCommandListener(cdna);\r
  69       ssm.addCommandListener(protein);\r
  70     }\r
  71 \r
  72     /*\r
  73      * Now mappings exist, can compute cDNA consensus on protein alignment\r
  74      */\r
  75     protein.initComplementConsensus();\r
  76     AlignmentViewPanel ap = topAlignment.isNucleotide() ? bottomFrame.alignPanel\r
  77             : topFrame.alignPanel;\r
  78     protein.updateConsensus(ap);\r
  79 \r
  80     adjustLayout();\r
  81   }\r
  82 \r
  83   /**\r
  84    * \r
  85    */\r
  86   protected void constructSplit()\r
  87   {\r
  88     setMenuBar(null);\r
  89     outermost = new JPanel(new GridLayout(2, 1));\r
  90 \r
  91     JPanel topPanel = new JPanel();\r
  92     JPanel bottomPanel = new JPanel();\r
  93     outermost.add(topPanel);\r
  94     outermost.add(bottomPanel);\r
  95 \r
  96     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);\r
  97     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);\r
  98   }\r
  99 \r
 100   /**\r
 101    * Make any adjustments to the layout\r
 102    */\r
 103   protected void adjustLayout()\r
 104   {\r
 105     AlignmentViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()\r
 106             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;\r
 107     AlignmentViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport\r
 108             : topFrame.viewport;\r
 109 \r
 110     /*\r
 111      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.\r
 112      */\r
 113     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle\r
 114     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged\r
 115     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();\r
 116     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();\r
 117     int w3 = Math.max(w1, w2);\r
 118     if (w1 != w3)\r
 119     {\r
 120       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();\r
 121       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,\r
 122               d.height));\r
 123     }\r
 124     if (w2 != w3)\r
 125     {\r
 126       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();\r
 127       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,\r
 128               d.height));\r
 129     }\r
 130 \r
 131     /*\r
 132      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna\r
 133      */\r
 134     if (protein != null && cdna != null)\r
 135     {\r
 136       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();\r
 137       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;\r
 138       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());\r
 139       protein.setViewStyle(vs);\r
 140     }\r
 141   }\r
 142 \r
 143         /**\r
 144          * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the\r
 145          * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame\r
 146          * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.\r
 147          * \r
 148          * @param af\r
 149          * @param panel\r
 150          */\r
 151         private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, JPanel panel) {\r
 152                 panel.setLayout(new BorderLayout());\r
 153                 JPanel menuPanel = af.makeEmbeddedPopupMenu(af.getJMenuBar(), true, false);\r
 154                 panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);\r
 155                 panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
 156                 panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 157 \r
 158                 af.setSplitFrame(this);\r
 159         }\r
 160 \r
 161   /**\r
 162    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.\r
 163    * \r
 164    * @param embedded\r
 165    * @param applet\r
 166    */\r
 167   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)\r
 168   {\r
 169     createSplitFrameWindow(embedded, applet);\r
 170     validate();\r
 171     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 172     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);\r
 173     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 174     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);\r
 175   }\r
 176 \r
 177   /**\r
 178    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if\r
 179    * embed=true) add it to the applet container instead.\r
 180    * \r
 181    * @param embed\r
 182    * @param applet\r
 183    */\r
 184   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)\r
 185   {\r
 186     if (embed)\r
 187     {\r
 188       applet.add(outermost);\r
 189       applet.validate();\r
 190     }\r
 191     else\r
 192     {\r
 193       this.add(outermost);\r
 194       int width = Math.max(topFrame.frameWidth, bottomFrame.frameWidth);\r
 195       int height = topFrame.frameHeight + bottomFrame.frameHeight;\r
 196       JalviewLite.addFrame(this, this.getTitle(), width, height);\r
 197     }\r
 198   }\r
 199 \r
 200   /**\r
 201    * Returns the contained AlignFrame complementary to the one given (or null if\r
 202    * no match to top or bottom component).\r
 203    * \r
 204    * @param af\r
 205    * @return\r
 206    */\r
 207   public AlignFrame getComplement(AlignFrame af)\r
 208   {\r
 209     if (topFrame == af)\r
 210     {\r
 211       return bottomFrame;\r
 212     }\r
 213     else if (bottomFrame == af)\r
 214     {\r
 215       return topFrame;\r
 216     }\r
 217     return null;\r
 218   }\r
 219 }\r