utils/getdown/bin/jalview.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 declare -a ARGS=("${@}")
   4 ARG1=$1
   5
   6 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   7 function readlinkf() {
   8   FINDFILE="$1"
   9   FILE="${FINDFILE}"
  10   PREVFILE=""
  11   C=0
  12   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  13   FOUND=0
  14   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  15     PREVFILE="${FILE}"
  16     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  17     if [ -z "${FILE}" ]; then
  18       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  19       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  20       FOUND=1
  21     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  22       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  23       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  24     fi
  25     C=$((C+1))
  26   done
  27   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  28     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  29     exit 1
  30   fi
  31   echo "${FILE}"
  32 }
  33
  34 ISMACOS=0
  35 if [ "$( uname -s )" = "Darwin" ]; then
  36   ISMACOS=1
  37 fi
  38
  39 # check for headless mode
  40 HEADLESS=0
  41 for ARG in "${@}"; do
  42   if [ "${ARG}" = "--headless" ]; then
  43     HEADLESS=1
  44   elif [ "${ARG}" = "--gui" ]; then
  45     # --gui takes precedence over --headless
  46     HEADLESS=0
  47     break
  48   fi
  49 done
  50
  51 declare -a JVMARGS=()
  52
  53 # set vars for being inside the macos App Bundle
  54 if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  55 # MACOS ONLY
  56   DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  57   APP="${DIR%.app/Contents/*}".app
  58   if [ "${APP}" = "${APP%.app}" ]; then
  59     echo "Could not find Jalview.app" >&2
  60     exit 2
  61   fi
  62   APPDIR="${APP}/Contents/Resources/app"
  63   JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  64   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Xdock:icon=${APPDIR}/resource/jalview_logo.png" )
  65 else
  66 # NOT MACOS
  67   DIR="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
  68   APPDIR="${DIR%/bin}"
  69   JAVA="${APPDIR}/jre/bin/java"
  70 fi
  71
  72 if [ "${HEADLESS}" = 1 ]; then
  73   # this suppresses the Java icon appearing in the macOS Dock and maybe other things in other OSes
  74   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Djava.awt.headless=true" )
  75 fi
  76
  77 SYSJAVA=java
  78 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  79
  80 CLASSPATH=""
  81 # save an array of JAR paths in case we're in WSL (see later)
  82 declare -a JARPATHS=()
  83 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
  84   # always check grep and sed regexes on macos -- they're not the same
  85 for JAR in $(grep -e '^code[[:space:]]*=[[:space:]]*' "${GETDOWNTXT}" | while read -r line; do echo $line | sed -E -e 's/code[[:space:]]*=[[:space:]]*//;'; done);
  86   do
  87     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
  88     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
  89     JARPATHS=( "${JARPATHS[@]}" "${APPDIR}/${JAR}" )
  90   done
  91 else
  92   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
  93   exit 3
  94 fi
  95
  96 # WINDOWS ONLY (Cygwin or WSL)
  97 # change paths for Cygwin or Windows Subsystem for Linux (WSL)
  98 if [ "${ISMACOS}" != 1 ]; then # older macos doesn't like uname -o, best to avoid
  99   if [ "$(uname -o)" = "Cygwin" ]; then
 100   # CYGWIN
 101     CLASSPATH=$(cygpath -pw "${CLASSPATH}")
 102     # now for some arg paths fun. only translating paths starting with './', '../', '/' or '~'
 103     ARGS=()
 104     for ARG in "${@}"; do
 105       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 106         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(cygpath -aw "${ARG}")" )
 107       else
 108         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 109       fi
 110     done
 111   elif uname -r | grep -i microsoft | grep -i wsl >/dev/null; then
 112   # WSL
 113     CLASSPATH=""
 114     for JARPATH in "${JARPATHS[@]}"; do
 115       [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH};"
 116       CLASSPATH="${CLASSPATH}$(wslpath -aw "${JARPATH}")"
 117     done
 118     ARGS=()
 119     for ARG in "${@}"; do
 120       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 121         # annoyingly wslpath does not work if the file doesn't exist!
 122         ARGBASENAME="$(basename "${ARG}")"
 123         ARGDIRNAME="$(dirname "${ARG}")"
 124         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(wslpath -aw "${ARGDIRNAME}")\\${ARGBASENAME}" )
 125       else
 126         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 127       fi
 128     done
 129     JAVA="${JAVA}.exe"
 130     SYSJAVA="java.exe"
 131   fi
 132 fi
 133
 134 # get console width -- three ways to try, just in case
 135 if command -v tput 2>&1 >/dev/null; then
 136   COLUMNS=$(tput cols) 2>/dev/null
 137 elif command -v stty 2>&1 >/dev/null; then
 138   COLUMNS=$(stty size | cut -d" " -f2) 2>/dev/null
 139 elif command -v resize 2>&1 >/dev/null; then
 140   COLUMNS=$(resize -u | grep COLUMNS= | sed -e 's/.*=//;s/;//') 2>/dev/null
 141 fi
 142 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-DCONSOLEWIDTH=${COLUMNS}" )
 143 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Dgetdownappdir=${APPDIR}" )
 144
 145 # Is there a bundled Java?  If not just try one in the PATH (do need .exe in WSL)
 146 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
 147   JAVA=$SYSJAVA
 148   echo "Cannot find bundled java, using system ${JAVA} and hoping for the best!" >&2
 149 fi
 150
 151 "${JAVA}" "${JVMARGS[@]}" -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"