Merge branch 'merge/develop_JAL-1780_JAL-653_JAL-1892' into develop
[jalview.git] / examples / testdata / exonerateoutput.fullgff
diff --git a/examples/testdata/exonerateoutput.fullgff b/examples/testdata/exonerateoutput.fullgff
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9ab732e
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@@ -0,0 +1,261 @@
+Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
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+         ||||||!:!! !|||   !.!  !  !  !!.!  !! !!.!|||!!:||||||:!!|||
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+
+   163 : ProAspIleSerLeuAlaGluMetGluGluLysMetArgGlnHisLysValTyrGlnGlu :   182
+         ||||||!!:!!!! !!.!|||!!:||||||||||||||||||||||||!.!:!!!  |||
+         ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
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+
+   183 : GlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnLysGlnLysAspLysGluLeuSer :   202
+                     ..!|||:!!.....!..!:!!!  |||:!!|||..!:!!  !! !  !
+         ------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
+ 11151 : ------------ATGCAAAAGTCCTCGTCGGAACTCAAGAAGAAGTCCCAAATGCAACTC : 11104
+
+   203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu :   222
+         !.!||| ! :!!:!!  !..!..!:!:     !!.!|||   :::   :!!  !:!!!!:
+         LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
+ 11103 : AAGCAGGATCAGCAGAAACAACAAGTCGTCGCAAAGAAGCCCCGTTCGATCCTCCAGGAC : 11044
+
+   223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal :   242
+         |||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
+         AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
+ 11043 : GACATGGAGACGTCGGAGACCCTTTTCGCCGAGGAACGCAAGGAGGTCGTCTTTGAGGTG : 10984
+
+   243 : LysProTyrPheSerHisAlaIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn :   262
+         :::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+   263 : IlePheTyrPheAlaTyrArgAlaGlyTrpThrMetAsnArgThrAspTyrIle<->Thr :   281
+         |||||||||||||||||||||  !|||||||||||||||! !  !:!!  !:!!   ..!
+         IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
+ 10923 : ATCTTTTACTTTGCCTACCGTATGGGCTGGACCATGAACACCCAGAACGGCGTCTACGTG : 10864
+
+   282 : PheSerTyrSerIleLeuPheIleIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu :   301
+         .!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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+
+   302 : HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheValLeuValValThrLeuGluGlnIle :   321
+         |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
+         HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheIleLeuValValThrLeuGluGlnIle
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+
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+         ||||||:::|||||||||     !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
+         LeuAlaArgArgArgLysProPheProThrValMetMetTyrIleCysThrTyrLysGlu
+ 10743 : CTCGCGCGCCGTCGCAAGCCCTTCCCCACCGTCATGATGTACATCTGTACCTACAAGGAG : 10684
+
+   342 : ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleSerMetAspTyrProSerGlu :   361
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+
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+
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+         |||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
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+         |||:!!|||||||||||| !!.!.!:!|||||||||:!:|||!:!  !|||!!!:!!:::
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