JAL-2375 JAL-2376 First commit of implementation for Phyre2 result browsing, template...

[jalview.git] / examples / testdata / phyre2results / 56da5616b4559c93 / assembler.pssm

diff --git a/examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/assembler.pssm b/examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/assembler.pssm
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7425fa3
--- /dev/null
+++ b/examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/assembler.pssm
@@ -0,0 +1,144 @@
+M   -6  -6  -7  -8  -6  -5  -7  -8  -6   2  -2  -6  11  -5  -7  -6  -5  -6  -6  -4
+A    3   0  -1   6  -6   3   1  -4  -1  -6  -6   1  -5  -6  -5  -2  -3  -7  -5  -5
+S    4  -3  -3   0  -4  -2  -1   0  -1  -1  -1  -3  -1  -2   2   2   1  -5  -2  -1
+V    3  -4  -5  -4   0  -3  -5  -3  -5   1   1  -4   2  -3   1  -1   1  -5  -4   4
+S   -1   3  -1   1  -3   1   2   1   0  -3  -2   2  -1  -3  -3   0   0  -4   0  -2
+A    3   2   0   0  -3  -1   0   0  -4  -3  -3  -1  -4  -4  -2   1   3  -6  -4  -3
+T    2  -1  -3  -3  -3   1   0   0   6  -2   0  -3   1  -5  -4   0   2  -5  -1  -1
+M    1  -6  -7  -7  -2  -6  -7  -7  -7   1   5  -6  -1   0  -7  -4  -3  -1  -3   3
+I   -1   1  -3  -4  -6   0  -1  -4   0  -1  -1   0   0   1  -3  -3  -2  -1   7  -1
+S    2  -2  -1  -1   4  -1   1  -2  -4  -1  -1  -2   0  -1  -2   0   0  -5  -2   2
+T    0   0  -5  -8  10  -5  -5  -5  -2  -3   1  -4   0  -4  -7  -1  -3   1  -4  -4
+S   -3  -5  -1  -3  -3  -5  -5   7  -7  -9  -9  -3  -8  -9  -5  -2  -4  -8  -9  -9
+F   -2  -7  -7  -7  -7  -7  -7  -6  -4   0  -1  -6   0   2   7  -3  -3   0  -3   3
+M    2  -1  -2   2  -6   0   1   0  -1  -2  -4  -2  -1  -6   4   0   0  -6  -5  -3
+P    2   1  -3   0  -3  -1   0   3  -5  -3  -3  -1   2  -6   4  -1  -2  -6  -6  -3
+R   -1  -2  -3   0  -5  -2   1  -2  -1  -3   1  -2   6   4  -1  -1  -2  -5   0  -3
+K   -2   3   1  -2  -4   2  -4  -5   0   2   2  -1   6  -2  -5  -3  -3  -6  -2  -1
+P   -1   0  -1   3  -3   1   1  -3  -2   4  -1  -1  -3  -1  -3  -1  -1  -5   0   1
+A    3   1  -3  -2  -3  -2  -2  -3   7  -6  -3   0   0   0  -5  -1  -2   1  -1  -4
+V    1  -1  -3  -5   0   0  -2  -3  -2   1   0  -2   0   2  -3  -2   0  -2   0   4
+T   -1   2  -5  -2  -4   0   6  -6  -4  -5  -2  -2  -1  -7  -4  -2  -1  -4  -4  -4
+S    2   3   0  -1  -3   1   0  -2   0  -2   0   0  -2  -3  -2   2  -1  -5  -1  -2
+L    2  -2  -2  -4  -1  -4  -3   0   2  -1  -1  -6  -1   7  -4  -2  -2  -2   1  -1
+K    2   0  -2  -2   2  -2  -3   2   0  -2   0  -2  -1  -2  -4   0   1   5   0   0
+P    3   0  -2  -1  -4   0   0  -1  -2  -2  -2   0  -3  -2   3   1   0  -5  -4   0
+I    3   0  -1   1  -2   0   0   1   1  -2  -1   0  -2  -4   1   1   0  -2  -4  -2
+P    1   1  -1   0  -3   1   0  -1   0  -2   0   0  -1  -2   1   1   0   4  -2  -1
+N    1   1   0   0  -3   0  -1   3   0  -3  -2   0  -2  -2   2   0  -1  -3  -2  -1
+V    0   0  -2   0  -1   0   0  -1   0   0   1  -1   0   0   1   0   0   3  -1   1
+G    1   0   0   0  -3  -1  -1   1   4  -3  -2  -1  -3  -2   4   0  -1  -4  -3  -1
+E    1   1  -1   0  -2   0   1  -1   0  -1  -1   0  -2   1   1   0   1  -2  -1  -1
+A    1   1  -2   0  -2   0   3  -2  -1  -1   0   0  -1  -3  -1   1   0  -4  -2   1
+L    0   2  -1  -1  -2   1   0  -2   5  -2   0  -1   0  -1   1   0   0  -2  -1  -1
+F    0  -1  -1  -2   0   0   0  -1   1   0   0  -2   0   3   1  -1  -1  -3   0   1
+G    0   0  -1  -1  -1   1   3   0   4  -2  -2  -1  -2  -2   1   0   0  -2  -2  -1
+L    1   1  -1   0  -3   0   0  -1   1  -1  -1   0  -1   1   1   0   0  -1   1   0
+K    1   0  -1   0  -2   0   2  -1  -1  -2  -2   0  -2   3   1   0  -1  -3  -1  -2
+S    2   0  -1   0  -1   0   0   0   0  -3  -2  -1  -2   1   1   2   0  -4  -1  -1
+A    3   0  -1  -1  -4  -1  -1   0  -3  -2  -2  -1  -3   2   2   0   1  -4  -2  -1
+N    2   1   0   0  -2  -1   0   0   0  -2  -2  -1  -3  -3   3   1   0   0  -2  -1
+G    2   0   0   0  -2   0   0   0  -1  -1  -2   0  -1  -1   2   1   1  -4  -2   0
+G    2   0  -1  -1  -2  -1   1   1  -1  -2  -2  -1  -3  -4   2   2   0  -2  -4  -1
+K    1   1   0   1  -3   0   1   0   0  -2  -1   0  -1  -3   2   0  -1  -4  -3   0
+V    1   0  -1   1  -3   0   1  -1  -1   0  -1  -1  -1  -1   1   0   1  -1  -2   1
+T    1   0  -1   0  -3  -1   0   1  -1  -2  -2   0  -2  -2   2   1   2  -4  -3   0
+C    1  -1  -2   2  -1  -1   1   1  -1  -2  -2  -1  -2  -3   3   0   0  -3  -4  -1
+M    1  -2  -1   2  -4  -1   0   1  -1  -2  -2  -2   4  -3   1  -1   0  -5  -3   0
+A    1   0  -1   1  -3   2   2   0  -2  -3  -3   0  -2  -2   1   0   1  -4  -3  -1
+S    1  -1   0  -1  -3  -1   1   1  -2  -3  -3   0  -1  -3   3   2   3  -5  -3  -1
+Y    1  -1  -3  -2   1  -1  -2  -1   4  -1  -2  -1  -2   5  -2  -3  -3  -1   4   0
+K   -1   2   0   0  -4   2   2  -4  -1  -3  -3   3  -2  -4  -2   0   3  -2  -3  -2
+V   -1  -7  -7  -7  -2  -7  -7  -6  -4   4   0  -7  -2   0  -4  -5  -4  -7  -4   6
+K   -2   2  -1  -3  -3   0   1  -6  -2  -3  -3   1  -3  -4  -4   0   5  -7  -3   0
+L   -4  -8  -8  -5  -2  -7  -6  -8  -3   5   3  -8  -1   4  -6  -7  -6  -7  -5   4
+I    1   1   0  -1  -2   1   0  -3   3   1  -1   1  -1  -2  -3   0   1  -2  -1   0
+T   -2   1   1  -1  -2  -1  -2  -2   0   1   0   0  -1   3   1  -1   0  -1   0   0
+P   -1   0   1   3  -5   1   1  -1  -1  -4  -1  -1  -2  -3   1   3   1  -5  -3  -3
+D   -2   0   1   2  -6  -1  -2   5  -5  -4  -5  -1  -4  -4   1  -2  -3  -6  -4  -5
+G   -1   2   0   0  -4   2   1   1   1  -2  -2   2  -2  -2  -2   0   0  -2  -1  -2
+P   -1   0   1   1  -2   1   2   1   0  -1  -2   0  -2  -3  -1   0   1  -4  -2   0
+I    0   1  -1  -2  -1   0  -1  -3   2   1   0   1   0   0  -2  -1   0  -1   2   1
+E   -1   1  -2  -1  -1   1   3  -4   0  -1  -3  -2  -2  -3  -2   2   3  -5  -3   0
+F   -2  -3  -6  -2  -1  -4  -5  -5  -5   3   1  -4  -1   5  -6  -4  -2   3   1   3
+D    0   0  -1   2  -2   2   3  -3   1  -3  -2   0  -1  -2   1   0   1   0  -1  -1
+C    2  -4  -2  -4   5  -4  -4  -2  -3   0  -1  -4   1  -1  -2  -2  -1   1  -2   4
+P    0   1   1   2   0   0   1   0  -1  -3  -3   1  -2  -4   4   0  -1  -2  -2  -3
+D    1   0  -1   1   1   0   2   0  -1  -3  -4   0  -2  -3   3   0  -1  -5  -3  -1
+N   -2  -2   1   3  -6   0   1   5   0  -6  -5  -2  -2  -6  -3  -1  -1  -6  -2  -4
+V   -1   1  -2   1  -1   3   4  -2  -1  -2  -2   1  -1  -3  -2  -1   2  -5  -2  -1
+Y   -2   0   3   0  -1  -3  -2  -3  -1  -2  -3  -1  -2  -2   0   3   4  -1   2  -2
+I   -2  -5  -6  -6  -4  -5  -2  -6  -6   4   4  -5   1   0  -6  -5  -4   3  -4   2
+L   -2  -1  -5  -5   0  -1  -4  -3   0   0   5  -4   1   0  -5  -2  -1   1   0   0
+D   -1   0   1   4  -4   1   3  -2   1  -2  -2   0  -1  -1  -3   0   0  -4  -1  -2
+Q    3  -1  -1  -2   0   0  -1  -1   0   0  -1  -1   0  -1  -1   1  -1  -4   0   1
+A    4  -7  -7  -7   1  -3  -4  -1  -7   0   3  -6   2  -2  -7  -1  -4  -7  -6   0
+E   -1   3  -3  -2  -6   1   4  -4  -1   0   2   0   0  -3  -4  -3  -3  -1  -2  -2
+E    1   4  -1   2  -6   1   3  -2   0  -4  -3   1  -2  -3  -4   0  -2  -2  -3  -4
+A    4  -3   3  -3   0   3   0  -2   5  -4  -1  -2  -3  -4  -8   0  -3  -1  -4   0
+G   -3  -1   1   0  -9  -2  -3   6   0  -9  -4  -1  -3  -3  -4  -4  -4  -9  -3  -5
+H   -2  -3  -3  -3  -1  -4  -3  -4  -1   5   2  -5   0  -1  -1  -3  -4  -1   0   4
+D    0   0   0   3  -1   1   1  -1   3  -2  -4  -1  -1  -1   3  -1  -1  -1   0  -2
+L   -2  -3  -2  -4  -1  -3  -3  -8   1   4   3  -4   1   0   0  -3  -2   1  -2   3
+P   -2   1   0   0   0  -2   1  -1   0  -3  -2  -1   1  -2   5  -2  -3   0   0  -3
+Y    1  -2   0  -3   0  -2  -4  -3   4  -3  -4  -2  -1   2  -3   3  -1   2   5  -2
+S    0   0   0   0   2   0   0  -1   1   0  -1   0   1   0   0   0   0  -2   1   0
+C   -4  -6  -5  -5  11  -5   0   0  -5  -5  -5  -5  -5  -6  -5   0  -5  -5  -5  -5
+R    1   4  -1  -2   1   0  -1   3   1  -4  -3   0  -1  -2  -4  -1  -1   2  -1  -3
+A    1  -1   1  -1   2   0   0   3   0  -2  -3  -2   2  -4  -4   1  -1  -2  -3  -2
+G   -2  -7  -3  -4  -7  -4  -5   7  -3  -2  -8  -4  -7  -1  -7  -3  -7   3  -7  -4
+S    2  -1   0  -2   1  -1  -2   0  -1   1  -1  -2   0  -1  -4   1   2   3  -1   1
+C   -7  -9  -8  -2  12  -8  -9  -8  -8  -7  -7  -8   2  -8  -8  -2  -7  -8  -2  -7
+S    0   1  -2  -4   2  -1  -2   5   1  -3  -5  -2  -1  -4  -3   1  -1  -2  -4  -4
+S    1  -1  -2  -3   0  -1   0   0  -3  -2  -2   0   0  -4  -5   2   4  -6  -3  -1
+C   -6  -8  -8  -3  11  -1  -8  -8  -8  -7  -2  -8  -7  -8  -8  -1  -2  -8  -8  -7
+A    0   2  -3  -2   0   1   0  -2   2   0   0   3   1  -1  -1  -1   0   1  -1   0
+G    1  -2  -4  -5   4  -1  -2   0   0   1  -1  -2   1  -1  -5  -1   1  -5  -1   4
+K   -2   3  -1  -1  -4   1   1  -1   1  -1  -2   2   1  -1   0  -1   0   3   0  -1
+I   -2  -2  -5  -5   2  -2  -5  -3  -1   2   3   0   0  -1  -2  -4  -2   1  -1   4
+A   -1   1  -2  -1  -1   0   0  -3  -1   2   2   0   0  -1  -2  -1   1  -1  -2   2
+G    0  -2   0   2  -1   0   3   0   0  -5  -4   1  -4  -2  -2   3  -1  -1  -2  -3
+G   -2  -3  -2  -2  -6  -2  -3   7  -6  -7  -5  -3  -6  -2  -3  -3  -2  -6  -3  -4
+A    0   0   0   1  -1   1   4  -2  -1  -2  -3   1  -2  -3   0   0   1   0  -4  -2
+V   -1  -5  -4  -3  -5  -2  -3  -4  -2   2  -2  -3  -1  -1   4  -2  -2  -2   0   5
+D   -1   2   1   4  -2   0   2  -2   1  -2  -3   0  -4  -3  -1   0   1  -1  -2  -2
+Q   -1  -1  -1   1  -1   2   0  -3   5  -3   0  -1   3  -2   0  -1  -1  -2   2  -2
+T    0   3  -1   1  -4   0   1   0   1  -1  -1   0  -2  -3   1   1   0  -4  -2  -2
+D   -1   0  -1   4  -3  -1   3   0   1  -3  -3   0  -1  -3   0   0  -1  -1  -2  -2
+G    0   1   1   0  -1   1   0   0   1  -1  -1   0   1  -2   1   0   0   0   0  -1
+N   -1   0   0   1  -1   1   1   0   0  -1  -2  -1   0   1   2   0   0  -3   1  -1
+F    1  -1   0  -1   0  -1  -1   1   0   0   1  -1   0   1  -1  -1   0   0   0   0
+L   -1  -2  -2  -2   0  -2  -2  -3  -1   1   4  -3   0   0  -2  -1   0   0  -2   0
+D   -1   0  -1   2  -5  -1   3  -2  -1  -3  -3   1  -1  -3   0   2   2  -5  -2  -3
+D    1   0  -1   3   0   0   3  -1  -1  -3  -3   0  -1  -5   2   0  -1  -1  -1  -2
+D    1   0  -2   3  -1   0   4  -3   0  -1  -3   0  -2  -2  -1  -1  -1  -1  -1  -3
+Q   -3   1  -3   3  -2   1   5   0   0  -3  -1   0   0  -2  -1  -4  -3  -1  -2  -4
+L    1   2  -1  -1  -2   0   0  -2   1   1   1   1   1  -1  -1  -2  -2  -1  -2   1
+E    2   0  -1   2  -6   1   3  -1  -2  -3  -3   0  -3  -6   1   0   0  -6  -5  -3
+E    1   0   2   2  -2   2   2  -1   0  -4  -4   1  -1  -3   1   0  -2  -6  -3  -4
+G   -3   0   3   2  -6  -1  -2   5   0  -6  -6  -1  -6  -6  -3  -2  -1  -6  -2  -4
+W   -3   0  -3  -3   1   0   1  -4   0   0  -1   0   1   1  -4   0  -1   4   5   0
+V    0   5  -7  -8   1  -3  -5  -5  -3   4  -2  -4   3   0  -5  -5  -1  -8  -3   3
+L   -3  -3  -4  -9   0  -1  -8  -9   0  -3   6  -5   4  -3  -5  -8  -2  -3  -3  -4
+T    4  -6  -6  -7  -1  -6  -6  -1  -7   1   1  -6   1  -3   1   1   2  -7  -4  -2
+C   -8 -10 -10  -3  12 -10 -10 -10 -10  -9  -9 -10  -9 -10 -10  -4  -8 -10 -10  -9
+V   -3   0  -3  -5   6   6  -4  -5  -3   0  -4  -2   1  -4  -7  -1  -2  -8  -7   3
+A    3  -4  -2  -7   5  -6  -5  -2  -2  -2  -3  -6  -1  -4  -7   4   3  -8  -3   0
+Y   -1   5  -3  -5  -2   0  -2  -4   1  -1  -2   2  -2   0  -2  -2   1  -1   3   1
+P    3  -8  -8  -8   1  -7  -6  -4  -8   0  -2  -7  -3  -4   6  -1  -4  -9  -8   3
+Q    0   2  -1  -1   0   0   0  -3  -1  -1   1   2   0  -2  -3  -1   1  -3  -2   1
+S   -2  -4  -2   0  -3  -2   1   3   0  -8  -8  -2  -3  -8  -4   5   2  -8  -7  -6
+D   -2  -2   1   7  -8  -4   0   1  -1  -8  -9  -3  -8  -9   2  -2  -3  -9  -8  -8
+V   -2  -4  -7  -7   4  -6  -5  -4  -7   3   4  -5   5  -3  -7  -5  -3  -6  -3   4
+T   -3  -1  -3  -2  -6  -2   3  -5  -1   0  -3   0  -3  -6  -6  -1   3  -1  -3   4
+I   -5  -7  -8  -8  -2  -7  -8  -6  -8   5   3  -6   0  -1  -7  -7  -4  -7  -6   5
+E   -2   2  -2   4  -4   1   5  -6  -1  -5  -4   0  -6  -2  -6  -1  -2  -7  -2  -1
+T    0  -4  -6  -6  -2  -5  -6  -6  -6   3   3  -5  -1   1  -3  -2   2  -2  -3   2
+H   -2  -1  -1   1  -5   0   0  -1   3  -1  -1  -2  -4  -1   5  -1  -1  -5  -1  -3
+K    0  -2  -1   2  -2   1   3  -2  -2  -3  -4   0  -4  -3   2   1   0  -5   2  -1
+E    0   0  -1   2  -3   1   5  -3  -1  -3  -2  -1  -2  -1   0  -1  -2  -5   1  -3
+A    0  -1  -2   4  -5  -1   3  -2  -1  -3  -5  -3  -5  -3   3   3  -2  -2  -5  -3
+E    0   3  -2   2  -6  -1   6  -4  -4  -6  -3  -2  -2  -6  -4  -2  -2  -6  -3  -2
+L   -4  -3  -6  -6  -4  -5  -3  -6  -5   3   4  -2   2   1  -5  -5  -3  -4  -1   3
+V    2  -2  -3  -1  -3  -1  -2  -3  -1   2   2  -2  -1   2  -2  -1  -1   2  -2   2
+G    0  -3  -2  -3  -4  -3  -3   5  -3  -5  -5  -3  -4  -5  -3   5  -2  -5  -4  -4