git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
deleted jbake example directory and the old biojs template directory
[jalview.git] / examples-jbake / assets / plantfdx.features
diff --git a/examples-jbake/assets/plantfdx.features b/examples-jbake/assets/plantfdx.features
deleted file mode 100644 (file)
index a23d152..0000000
--- a/examples-jbake/assets/plantfdx.features
+++ /dev/null
@@ -1,118 +0,0 @@
-HELIX  d4d189
-MOD_RES        47e459
-TRANSIT        6f949b
-TURN   1d1e2d
-METAL  70686e
-SIGNAL 92c7dd
-VARIANT        60beac
-Pfam   dc206a
-CONFLICT       c46c6e
-STRAND 25c54c
-
-STARTGROUP     uniprot
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
-Chloroplast    FER_CAPAN       -1      1       47      TRANSIT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
-Phosphothreonine       FER_CAPAN       -1      136     136     MOD_RES
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
-Chloroplast    FER1_SOLLC      -1      1       47      TRANSIT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
-Evidence: EI4  Q93XJ9_SOLTU    -1      1       48      SIGNAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html> Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
-Chloroplast    FER1_PEA        -1      1       52      TRANSIT
-L -> I (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      59      59      VARIANT
-I -> L (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      85      85      VARIANT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
-YPTS -> PPPA (in Ref. 2)       FER1_PEA        -1      132     135     CONFLICT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_138</a></html> Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
-Chloroplast    FER1_MESCR      -1      1       51      TRANSIT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_134</a></html> FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
-Chloroplast    FER1_SPIOL      -1      1       50      TRANSIT
-STRAND FER1_SPIOL      -1      52      59      STRAND
-TURN   FER1_SPIOL      -1      60      61      TURN
-STRAND FER1_SPIOL      -1      62      69      STRAND
-TURN   FER1_SPIOL      -1      70      71      TURN
-HELIX  FER1_SPIOL      -1      74      80      HELIX
-TURN   FER1_SPIOL      -1      81      82      TURN
-STRAND FER1_SPIOL      -1      88      92      STRAND
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL
-TURN   FER1_SPIOL      -1      96      97      TURN
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL
-STRAND FER1_SPIOL      -1      98      104     STRAND
-TURN   FER1_SPIOL      -1      109     110     TURN
-HELIX  FER1_SPIOL      -1      116     121     HELIX
-TURN   FER1_SPIOL      -1      122     122     TURN
-STRAND FER1_SPIOL      -1      123     125     STRAND
-HELIX  FER1_SPIOL      -1      126     128     HELIX
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
-STRAND FER1_SPIOL      -1      130     133     STRAND
-STRAND FER1_SPIOL      -1      135     138     STRAND
-HELIX  FER1_SPIOL      -1      142     144     HELIX
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_133</a></html> FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
-I -> V         FER3_RAPSA      -1      8       8       VARIANT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL
-S -> T         FER3_RAPSA      -1      55      55      VARIANT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
-R -> K         FER3_RAPSA      -1      91      91      VARIANT
-M -> V         FER3_RAPSA      -1      95      95      VARIANT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
-Chloroplast    FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>   FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
-Chloroplast    FER2_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_118</a></html> Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
-Chloroplast    FER1_MAIZE      -1      1       52      TRANSIT
-STRAND FER1_MAIZE      -1      57      59      STRAND
-STRAND FER1_MAIZE      -1      72      74      STRAND
-HELIX  FER1_MAIZE      -1      76      80      HELIX
-TURN   FER1_MAIZE      -1      81      84      TURN
-STRAND FER1_MAIZE      -1      90      97      STRAND
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL
-TURN   FER1_MAIZE      -1      98      99      TURN
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL
-TURN   FER1_MAIZE      -1      118     119     TURN
-HELIX  FER1_MAIZE      -1      120     123     HELIX
-TURN   FER1_MAIZE      -1      128     129     TURN
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
-STRAND FER1_MAIZE      -1      132     135     STRAND
-STRAND FER1_MAIZE      -1      137     141     STRAND
-TURN   FER1_MAIZE      -1      142     142     TURN
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html> FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_127</a></html> O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
-ENDGROUP       uniprot