Merge branch 'task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview'...
[jalview.git] / getdown / src / getdown / core / src / main / java / com / threerings / getdown / data / Application.java
index 2dddd6f..7c2a427 100644 (file)
@@ -286,7 +286,6 @@ public class Application
        _envc = envc;
        _config = getLocalPath(envc.appDir, CONFIG_FILE);
        _backupConfig = getLocalPath(envc.appDir, BACKUP_CONFIG_DIR+File.separator+CONFIG_FILE);
-       log.warning("Backup config file now", "_backupConfig", _backupConfig, "exists", _backupConfig.exists(), "isReadable", _backupConfig.canRead());
     }
 
     /**
@@ -820,14 +819,16 @@ public class Application
             ARG: for (int i = 0; i < _jvmargs.size(); i++) {
               if (_jvmargs.get(i) instanceof java.lang.String && _jvmargs.get(i).startsWith("-Xmx")) {
                 _jvmargs.remove(i);
+                break ARG;
               }
             }
             addAll(maxMemHeapArg, _jvmargs);
+            log.info("Max memory set", "maxMemHeapArg", maxMemHeapArg[0]);
             
           }
 
         } else if (jvmmempc != -1) {
-          System.out.println("'jvmmempc' value must be in range 0 to 100 (read as '"+Integer.toString(jvmmempc)+"')");
+          log.warning("'jvmmempc' value must be in range 0 to 100 (read as '"+Integer.toString(jvmmempc)+"')");
         }
 
         // get the set of optimum JVM arguments
@@ -1129,7 +1130,7 @@ public class Application
           if (j > -1) {
             ext = filename.substring(j+1);
           }
-          if (LOCATOR_FILE_EXTENSION.equals(ext.toLowerCase())) {
+          if (ext != null && LOCATOR_FILE_EXTENSION.equals(ext.toLowerCase())) {
             // this file extension should have been dealt with in Getdown class
           } else {
             _appargs.add(0, "-open");