JAL-3247 Allowing 'file' protocol URL with empty domain in a .jvl file
[jalview.git] / getdown / src / getdown / core / src / main / java / com / threerings / getdown / data / Application.java
index 0a49739..b6ae55d 100644 (file)
@@ -581,6 +581,10 @@ public class Application
         // first determine our application base, this way if anything goes wrong later in the
         // process, our caller can use the appbase to download a new configuration file
         _appbase = config.getString("appbase");
+        // override if a Version Locator file has been used
+        if (newAppbase != null) {
+          _appbase = newAppbase.toString();
+        }
         if (_appbase == null) {
             throw new RuntimeException("m.missing_appbase");
         }
@@ -767,7 +771,7 @@ public class Application
 
         // add the launch specific application arguments
         _appargs.addAll(_envc.appArgs);
-
+        
         // look for custom arguments
         fillAssignmentListFromPairs("extra.txt", _txtJvmArgs);
 
@@ -1043,11 +1047,32 @@ public class Application
             args.add(_class);
         }
 
+        // almost finally check the startup file arguments
+        for (File f : startupFiles) {
+          _appargs.add(f.getAbsolutePath());
+          break; // Only add one file to open
+        }
+        
+        // check if one arg with recognised extension
+        if ( _appargs.size() == 1 && _appargs.get(0) != null ) {
+          String filename = _appargs.get(0);
+          String ext = null;
+          int j = filename.lastIndexOf('.');
+          if (j > -1) {
+            ext = filename.substring(j+1);
+          }
+          if (startupFileExtensions.contains(ext.toLowerCase())) {
+            _appargs.add(0, "-open");
+          } else if (locatorFileExtension.equals(ext.toLowerCase())) {
+            // deal with this when first encountered in Getdown!
+          }
+        }
+
         // finally add the application arguments
         for (String string : _appargs) {
             args.add(processArg(string));
         }
-
+        
         String[] envp = createEnvironment();
         String[] sargs = args.toArray(new String[args.size()]);
         log.info("Running " + StringUtil.join(sargs, "\n  "));
@@ -1760,6 +1785,23 @@ public class Application
     {
         return new File(appdir, path);
     }
+    
+    public void addStartupFile (File f) {
+      startupFiles.add(f);
+    }
+
+    public void newAppbase (URL url) {
+      if (
+              url.getHost().endsWith(".jalview.org")
+              || url.equals("jalview.org")
+              || (url.getProtocol().equals("file") && url.getHost().equals(""))
+                      ) {
+        newAppbase = url;
+        log.info("Appbase set to Java Version Locator url '"+url.toString()+"'");
+        return;
+      }
+      log.info("Java Version Locator url '"+url.toString()+"' does not have a jalview.org domain. Ignoring");
+    }
 
     protected final EnvConfig _envc;
     protected File _config;
@@ -1804,6 +1846,8 @@ public class Application
 
     protected List<String> _jvmargs = new ArrayList<>();
     protected List<String> _appargs = new ArrayList<>();
+    protected List<File> startupFiles = new ArrayList<>();
+    protected URL newAppbase;
 
     protected String[] _optimumJvmArgs;
 
@@ -1824,4 +1868,7 @@ public class Application
 
     protected static final String ENV_VAR_PREFIX = "%ENV.";
     protected static final Pattern ENV_VAR_PATTERN = Pattern.compile("%ENV\\.(.*?)%");
+    
+    public static final List<String> startupFileExtensions = Arrays.asList(new String[] { "jvp" });
+    public static final String locatorFileExtension = "jvl";
 }