git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / help / html / calculations / pairwise.html
diff --git a/help/help/html/calculations/pairwise.html b/help/help/html/calculations/pairwise.html
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..1090253
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/calculations/pairwise.html
@@ -0,0 +1,58 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Pairwise Alignment</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong>
+  </p>
+  <p>
+    This calculation is performed on the selected sequences only. Java
+    is not the fastest language in the world and aligning more than a
+    handful of sequences will take a fair amount of time. <br> For
+    each pair of sequences the best global alignment is found using
+    BLOSUM62 as the scoring matrix. The scores reported are the raw
+    scores. The sequences are aligned using a dynamic programming
+    technique and using the following gap penalties :
+  </p>
+  <p>
+    Gap open : 12 <br> Gap extend : 2
+  </p>
+  <p>When you select the pairwise alignment option, a new window
+    will come up which displays the alignments in a text format, for
+    example:</p>
+  <p>
+  <pre>
+    FER1_SPIOL/5-13 TTMMGMAT<br />
+                    |. .. ||<br />
+    FER1_MESCR/5-15 TAALSGAT
+    </pre>
+  shows the aligned sequences, where '|' links identical residues, and
+  (for peptide) '.' links residues that have a positive PAM250 score.
+  <p>The window also shows information about the alignment such as
+    alignment score, length and percentage identity between the
+    sequences.</p>
+  <p>A button is also provided to allow you to view the sequences as
+    an alignment.</p>
+</body>
+</html>