JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...

[jalview.git] / help / help / html / colourSchemes / blosum.html
diff --git a/help/help/html/colourSchemes/blosum.html b/help/help/html/colourSchemes/blosum.html

new file mode 100755 (executable)

index 0000000..c52c0ce
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/colourSchemes/blosum.html
@@ -0,0 +1,43 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Blosum Colour Scheme</title>
+<style type="text/css">
+<!--
+td {
+       text-align: center;
+}
+-->
+</style>
+</head>
+
+<body>
+
+  <p>
+    <strong>Blosum62</a></strong>
+  </p>
+  <p>Gaps are coloured white. If a residue matches the consensus
+    sequence residue at that position it is coloured dark blue. If it
+    does not match the consensus residue but the 2 residues have a
+    positive Blosum62 score, it is coloured light blue.</p>
+</body>
+</html>