JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...

[jalview.git] / help / help / html / colourSchemes / pid.html
diff --git a/help/help/html/colourSchemes/pid.html b/help/help/html/colourSchemes/pid.html

new file mode 100755 (executable)

index 0000000..3a5e631
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/colourSchemes/pid.html
@@ -0,0 +1,58 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Percentage Identity Colour Scheme</title>
+<style type="text/css">
+<!--
+td {
+       text-align: center;
+}
+-->
+</style>
+</head>
+
+<body>
+  <p>
+    <strong>PID Colours</strong><br> <br> The PID option
+    colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage
+    of the residues in each column that agree with the consensus
+    sequence. Only the residues that agree with the consensus residue
+    for each column are coloured.
+  </p>
+  <div align="center">
+    <table width="200" border="1">
+      <tr>
+        <td bgcolor="#6464FF">&gt; 80 %</td>
+      </tr>
+      <tr>
+        <td bgcolor="#9999FF">&gt; 60 %</td>
+      </tr>
+      <tr>
+        <td bgcolor="#CCCCFF">&gt; 40%</td>
+      </tr>
+      <tr>
+        <td>&lt; 40%</td>
+      </tr>
+    </table>
+  </div>
+</body>
+</html>