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JAL-629 Updated help docs and fixed structure image subvalues
[jalview.git] / help / help / html / features / clarguments-basic.html
diff --git a/help/help/html/features/clarguments-basic.html b/help/help/html/features/clarguments-basic.html
index b557f4f..626fb8c 100644 (file)
--- a/help/help/html/features/clarguments-basic.html
+++ b/help/help/html/features/clarguments-basic.html
@@ -19,21 +19,21 @@
  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
-<title>Jalview Command Line Arguments: basic usage</title>
+<title>Command Line: basic usage</title>
 <body>
 
-  <h1>Jalview Command Line Arguments: basic usage</h1>
+  <h1>Command Line: basic usage</h1>
 
   <p>
-  <a href="clarguments.html">Jalview Command Line Arguments: summary</a>
+  <a href="clarguments.html">Command Line: introduction</a>
   <br/>
-  <a href="clarguments-intro.html">Jalview Command Line Arguments: introduction</a>
+  Command Line: basic usage
   <br/>
-  Jalview Command Line Arguments: basic usage
+  <a href="clarguments-advanced.html">Command Line: advanced usage</a>
   <br/>
-  <a href="clarguments-advanced.html">Jalview Command Line Arguments: advanced usage</a>
+  <a href="clarguments-argfiles.html">Command Line: argument files</a>
   <br/>
-  <a href="clarguments-argfiles.html">Jalview Command Line Arguments: argfiles</a>
+  <a href="clarguments-reference.html">Command Line: reference</a>
   </p>
 
   <hr/>
@@ -557,7 +557,7 @@
   <h3><a name="all"></a><code>--all / -noall</code></h3>
 
   <p>
-  When using the <code>--all</code> argument, following arguments will apply to all of the previously opened alignment windows.  You can turn this behaviour off for following arguments using the <code>--noall</code> argument.  The arguments that can apply to all previously opened alignments are:
+  When using the <code>--all</code> argument, following arguments will apply to all of the previously opened alignment windows.  You can turn this behaviour off again for following arguments using the <code>--noall</code> argument.  The arguments that can apply to all previously opened alignments are:
   <br/>
   <code>--colour</code>
   <br/>
@@ -627,7 +627,7 @@
   <h2><a name="alloutputwildcard"></a>The all output wildcard: <code>--output "*.ext"</code>,  <code>--image "*.ext"</code></h2>
 
   <p>
-  Purely as an intuitive syntactic sweetener, you can use the <code>--output</code> wildcard <code>*</code> <em>at the beginning of the output filename</em> as shorthand for <code>--all --output {dirname}/{basename}</code> followed by whatever you put after the <code>*</code>.  For example, to achieve the same as the thumbnails example above, you could use
+  Purely as an intuitive syntactic sweetener, you can use the <code>--output</code> wildcard <code>*</code> <em>at the beginning of the output filename</em> as shorthand for <code>--all --output {dirname}/{basename}</code> followed by whatever you put after the '<code>*</code>'.  For example, to achieve the same as the thumbnails example above, you could use
   <pre>
   jalview --open */*.fa --image "*.png" --colour gecos-flower --width 256 --height 256 --close --headless
   </pre>
@@ -642,7 +642,7 @@
   </p>
 
   <p>
-  <strong>Important!</strong>  Please note that using a bareword <code>*.ext</code> (i.e. without an escape or quotation marks) in a shell command line will potentially be expanded by the shell to a list of all the files in the current directory ending with <code>.ext</code> <em>before</em> this value is passed to Jalview.  This will result in the first of these files being overwritten (multiple times)!  If you shell-escape the <code>*</code> (usually with a backslash '\') or enclose the value in quotation marks ('"*.ext"') then the shell will not expand the wildcard.
+  <strong>Important!</strong>  Please note that using a bareword <code>*.ext</code> (i.e. without an escape or quotation marks) in a shell command line will potentially be expanded by the shell to a list of all the files in the current directory ending with <code>.ext</code> <em>before</em> this value is passed to Jalview.  This will result in the first of these files being overwritten (multiple times)!  If you shell-escape the <code>*</code> (usually with a backslash '\') or enclose the value in quotation marks (<code>"*.ext"</code> - that's including the quotation marks) then the shell will not expand the wildcard.
   </p>
 
   <p>
@@ -653,10 +653,9 @@
   </p>
 
   <hr/>
-  Continue to <a href="clarguments-advanced.html">Jalview Command Line Arguments: advanced usage</a>.
+  Continue to <a href="clarguments-advanced.html">Command Line: advanced usage</a>.
   <br/>
-  Return to <a href="clarguments.html">Jalview Command Line Arguments: summary</a>.
-
+  <a href="clarguments-reference.html">Command Line: reference</a>
 
 </body>
 </html>