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JAL-629 Updated help docs and fixed structure image subvalues
[jalview.git] / help / help / html / features / clarguments-intro.html
diff --git a/help/help/html/features/clarguments-intro.html b/help/help/html/features/clarguments-intro.html
deleted file mode 100644 (file)
index 6fddf0c..0000000
--- a/help/help/html/features/clarguments-intro.html
+++ /dev/null
@@ -1,88 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
- * 
- * This file is part of Jalview.
- * 
- * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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- *  
- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License
- * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<title>Command Line: introduction</title>
-<body>
-
-  <h1>Command Line: introduction</h1>
-
-  <p>
-  <a href="clarguments.html">Command Line: summary</a>
-  <br/>
-  Command Line: introduction
-  <br/>
-  <a href="clarguments-basic.html">Command Line: basic usage</a>
-  <br/>
-  <a href="clarguments-advanced.html">Command Line: advanced usage</a>
-  <br/>
-  <a href="clarguments-argfiles.html">Command Line: argument files</a>
-  </p>
-
-  <hr/>
-
-  <p>
-  From version 2.11.3.0 Jalview processes a new set of command line arguments
-  which allow more powerful and flexible combinations of arguments, though can
-  also be used for very simple use cases too.
-  </p>
-
-  <p>
-  These new arguments are all accessed with a <code>--doubledash</code> form of
-  command line argument (with the one exception where simply opening one or more
-  files can be performed without any arguments other than the filenames).
-  </p>
-
-  <p>
-  The old command line arguments can still be used (see
-  <a href="clarguments-old.html">the old page on command line arguments</a>) so
-  existing scripts utilising them should not break.
-  <br/>
-  <strong>These are now deprecated and will be removed</strong> in a future version of Jalview.
-  </p>
-
-  <p>
-  However, you cannot mix old and new style arguments, so if you use any
-  <code>-singledash</code> arguments (with the exception of <code>-help</code> or <code>-h</code>), they will all be interpreted as
-  old style arguments with the new <code>--doubledash</code>
-  arguments being ignored.  If you have a script
-  that uses the old arguments without any dashes, and uses the bare-word
-  <code>open</code> then these will also be interpreted as old style arguments.
-  </p>
-  <p>
-  <strong>Warning!</strong> If you use command line arguments without any dashes and
-  <em>don't</em> use the bare-word argument <code>open</code> then all
-  your arguments will be interpreted as alignment files to be opened by the
-  new command line argument process!
-  </p>
-
-  <p>
-  To launch Jalview from the command line, see
-  <a href="commandline.html">running Jalview from the command line</a>.
-  </p>
-
-  <hr/>
-  Continue to <a href="clarguments-basic.html">Command Line: basic usage</a>.
-  <br/>
-  Return to <a href="clarguments.html">Command Line: summary</a>.
-
-
-</body>
-</html>