JAL-629 More docs. Usage statement. Adjust some logging output to respect --quiet.
[jalview.git] / help / help / html / features / clarguments-ng.html
index a6c91fe..799462b 100644 (file)
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 <title>Jalview Command Line Arguments (next generation)</title>
 <body>
 
-  <h1>Jalview Command Line Arguments (version 2.11.3.0 and later)</h1>
+  <h1>Jalview Command Line Arguments (next generation)</h1>
 
   <p>
   For a summary of Jalview command line arguments see <a href="clarguments-ng-summary.html">Summary
@@ -44,7 +44,7 @@
   <p>
   The old command line arguments can still be used (see
   <a href="clarguments.html">the old page on command line arguments</a>) so
-  existing scripts utilising them should not break.
+  existing scripts utilising them should not break.  <strong>These will be removed</strong> in a future version of Jalview.
   </p>
 
   <p>
@@ -58,7 +58,7 @@
   <strong>Note!</strong> If you use command line arguments without any dashes and
   <em>don't</em> use the bare-word argument <code>open</code> then all
   your arguments will be interpreted as alignment files to be opened by the
-  new command line argument process.
+  new command line argument process!
   </p>
 
   <p>