git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / help / html / features / creatinFeatures.html
diff --git a/help/help/html/features/creatinFeatures.html b/help/help/html/features/creatinFeatures.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..68a594a
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/features/creatinFeatures.html
@@ -0,0 +1,65 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Creating Sequence Features</title>
+</head>
+<body>
+  <strong>Creating Sequence Features</strong>
+  <p>
+    Jalview can create sequence features from the matches of a <a
+      href="search.html">regular expression search</a>, or from the
+    currently selected area via the <strong>&quot;selection&#8594;Create
+      sequence feature&quot;</strong> entry in the <a
+      href="../menus/popupMenu.html">selection area popup menu</a>. In
+    both cases, the <strong>Create Features</strong> dialog box will
+    then be opened:
+  </p>
+  <p>
+    <img src="crnewfeature.gif">
+  </p>
+  <p>Select or enter the attributes for the features being created,
+    and then press OK to create the new features.</p>
+  <p>Each attribute is described below:
+  <ul>
+    <li><strong>Sequence Feature Name</strong>
+      <p>Either give the new features a new name or use the menu to
+        re-use an existing feature name.</p></li>
+    <li><strong>Feature group</strong>
+      <p>Enter a new group name, or re-use an existing group from
+        the pull-down menu.</p></li>
+    <li><strong>Feature Colour</strong>
+      <p>Keep the existing colour for this feature's name and group,
+        or select the colour box to open a colour chooser to pick a
+        different one.</p></li>
+    <li><strong>Description</strong>
+      <p>Enter a description for all the features being created.
+        Each feature defined on a sequence may have its own description
+        that will be displayed in the tooltip for the feature in that
+        region.</p></li>
+  </ul>
+  </p>
+  <p>
+    <em>Sequence Feature Creation was introduced in Jalview Version
+      2.2</em>
+  </p>
+</body>
+</html>