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JAL-3567 JAL-3407 document sequence features report and the additional info provided...
[jalview.git] / help / help / html / features / seqfeaturereport.html
diff --git a/help/help/html/features/seqfeaturereport.html b/help/help/html/features/seqfeaturereport.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..340df5c
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/features/seqfeaturereport.html
@@ -0,0 +1,54 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Sequence Feature Reports</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>Sequence Feature Reports</strong> <br /> Sequence features
+    can carry a number of attributes. To view all the attributes for a
+    particular sequence feature, mouse over the feature and <em>right-click</em>
+    to open the <a href="../menus/popupMenu.html#featuredetails">Popup Menu</a> and
+    select the feature's entry from the <em>Feature Details</em>
+    submenu.
+  </p>
+  <img src="seqfeaturesrep.png" width="460"
+    alt="Full details for a particular Sequence Feature can be displayed as HTML in a report window" />
+  <p>
+    <em>Virtual Feature Reports</em><br /> When a sequence feature
+    report is shown for features mapped between CDS and Protein
+    sequences, the report will include both the original and mapped
+    feature's location.
+  </p>
+  <p>
+    <strong>Copying and pasting annotation to other programs</strong><br>
+    The <strong>File&rarr;Save</strong> option in the sequence
+    annotation report window allows the report to be saved as HTML,
+    which will preserve links and any other metadata. It is also
+    possible to copy and paste the text to other programs, but in some
+    cases, the HTML will not be preserved. In that case, you can toggle
+    the display of HTML source code with the <strong>Edit&rarr;Show
+      HTML Source</strong> drop down menu entry.
+  </p>
+  <em>Feature Reports were added in Jalview 2.11.</em>
+</body>
+</html>