git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / help / html / features / seqmappings.html
diff --git a/help/help/html/features/seqmappings.html b/help/help/html/features/seqmappings.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ce41702
--- /dev/null
+++ b/help/help/html/features/seqmappings.html
@@ -0,0 +1,50 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Mapping Between Different Sequences</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>Mapping Between Different Sequences</strong>
+  </p>
+  <!--  TODO: review and check if this page is really needed -->
+  <p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between
+    sequences in different domains, based on alignment, or by the use of
+    explicit mappings provided by databases.</p>
+  <p>
+    The most familiar mapping is the one used to identify the
+    coordinates corresponding to a displayed sequence when viewing a PDB
+    file associated with a sequence (see <a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing
+      PDB Files&quot;</a> for more information.
+  </p>
+  <p>
+    The newest form of mapping supported by Jalview is the
+    correspondence between DNA and protein sequences. This mapping can
+    be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records
+    retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, and
+    allows sequence features to be mapped directly from UniProt das
+    sources to their coding region on EMBL sequence records.
+  </p>
+  <em><a href="siftsmapping.html">SIFTS Mapping</a> between PDB and
+    UniProt data was introduced in Jalview 2.10</em>
+</body>
+</html>