JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this...
[jalview.git] / help / help / html / io / exportseqreport.html
diff --git a/help/help/html/io/exportseqreport.html b/help/help/html/io/exportseqreport.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3f6a058
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,58 @@
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Viewing and exporting sequence annotation reports</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>Viewing and exporting sequence annotation reports</strong> <br />
+    Much of the information retrieved by Jalview about a sequence is
+    visualized on the alignment. Often, however, there are a huge number
+    of ontology terms, cross-references, links to publications and other
+    kinds of data associated with a sequence, and only some of these are shown in 
+    sequence ID tooltip. To show the full set of annotation and database links for
+    a sequence, right-click and select the
+    <strong>&quot;<em>(sequence's name)</em></em>&rarr;Sequence
+      Details ...&quot;
+    </strong> entry from the <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up menu</a>.
+  </p>
+  <p>
+    <strong>Annotation Reports for a range of sequences</strong><br />
+    If you would like to view database and metadata for a number of sequences,
+    simply select them all and then use the <strong>Selection&rarr;Sequence
+      Details ...</strong> entry in the <a href="../menus/popupMenu.html">pop-up
+      menu</a>.
+  </p>
+  <img src="seqreport.gif"
+    alt="Sequence Annotation is displayed as HTML in a report window" />
+  <p>
+    <strong>Copying and pasting annotation to other programs</strong><br>
+    The <strong>File&rarr;Save</strong> option in the sequence
+    annotation report window allows the report to be saved as HTML,
+    which will preserve links and any other metadata. It is also
+    possible to copy and paste the text to other programs, but in some
+    cases, the HTML will not be preserved. In that case, you can toggle
+    the display of HTML source code with the <strong>Edit&rarr;Show
+      HTML Source</strong> drop down menu entry.
+  </p>
+</body>
+</html>